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- PDB-3t72: PhoB(E)-Sigma70(4)-(RNAP-Betha-flap-tip-helix)-DNA Transcription ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t72
タイトルPhoB(E)-Sigma70(4)-(RNAP-Betha-flap-tip-helix)-DNA Transcription Activation Sub-Complex
要素
  • PHO BOX DNA (STRAND 1)
  • PHO BOX DNA (STRAND 2)
  • Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
  • RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / WINGED-HELIX MOTIF / TRANSCRIPTION ACTIVATION / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / sigma factor antagonist complex / phosphorelay response regulator activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / response to heat ...bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / sigma factor antagonist complex / phosphorelay response regulator activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / response to heat / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily ...Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / : / RNA polymerase sigma factor RpoD / Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 4.33 Å
データ登録者Blanco, A.G. / Canals, A. / Bernues, J. / Sola, M. / Coll, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: The structure of a transcription activation subcomplex reveals how sigma (70) is recruited to PhoB promoters.
著者: Blanco, A.G. / Canals, A. / Bernues, J. / Sola, M. / Coll, M.
履歴
登録2011年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Derived calculations
改定 1.22013年12月18日Group: Structure summary
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
B: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
C: PHO BOX DNA (STRAND 1)
D: PHO BOX DNA (STRAND 2)
E: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
F: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
G: PHO BOX DNA (STRAND 1)
H: PHO BOX DNA (STRAND 2)
I: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
J: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
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L: PHO BOX DNA (STRAND 2)
M: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
N: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
O: PHO BOX DNA (STRAND 1)
P: PHO BOX DNA (STRAND 2)
R: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
S: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
T: PHO BOX DNA (STRAND 1)
U: PHO BOX DNA (STRAND 2)
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W: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
X: PHO BOX DNA (STRAND 1)
Y: PHO BOX DNA (STRAND 2)
Z: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
1: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
2: PHO BOX DNA (STRAND 1)
3: PHO BOX DNA (STRAND 2)
4: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
5: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
6: PHO BOX DNA (STRAND 1)
7: PHO BOX DNA (STRAND 2)
8: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
9: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
a: PHO BOX DNA (STRAND 1)
b: PHO BOX DNA (STRAND 2)
c: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
d: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
e: PHO BOX DNA (STRAND 1)
f: PHO BOX DNA (STRAND 2)
g: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
h: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
i: PHO BOX DNA (STRAND 1)
j: PHO BOX DNA (STRAND 2)
k: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
l: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
m: PHO BOX DNA (STRAND 1)
n: PHO BOX DNA (STRAND 2)
o: RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta
q: RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)501,14850
ポリマ－501,14850
非ポリマー00
水00
1
A: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
B: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
C: PHO BOX DNA (STRAND 1)
D: PHO BOX DNA (STRAND 2)
q: RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9965
ポリマ－50,9965
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
F: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
G: PHO BOX DNA (STRAND 1)
H: PHO BOX DNA (STRAND 2)
o: RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9965
ポリマ－50,9965
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
J: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
K: PHO BOX DNA (STRAND 1)
L: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
ポリマ－39,9164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
N: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
O: PHO BOX DNA (STRAND 1)
P: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
ポリマ－39,9164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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5
R: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
S: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
T: PHO BOX DNA (STRAND 1)
U: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
ポリマ－39,9164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
V: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
W: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
X: PHO BOX DNA (STRAND 1)
Y: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
ポリマ－39,9164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
Z: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
1: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
2: PHO BOX DNA (STRAND 1)
3: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
ポリマ－39,9164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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8
4: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
5: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
6: PHO BOX DNA (STRAND 1)
7: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
ポリマ－39,9164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
8: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
9: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
a: PHO BOX DNA (STRAND 1)
b: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
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非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
c: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
d: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
e: PHO BOX DNA (STRAND 1)
f: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
ポリマ－39,9164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
g: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
h: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
i: PHO BOX DNA (STRAND 1)
j: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
ポリマ－39,9164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
k: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
l: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
m: PHO BOX DNA (STRAND 1)
n: PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9164
ポリマ－39,9164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)277.300, 161.400, 260.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is that formed by chains A,B,C,D,q and r

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要素

#1: タンパク質 ...
Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11971.624 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: phoB, b0399, JW0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFJ5
#2: DNA鎖
PHO BOX DNA (STRAND 1)


分子量: 8035.216 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized DNA / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖
PHO BOX DNA (STRAND 2)


分子量: 7937.140 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized DNA / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Sigma-70 / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11080.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039, EKO11_4334, rpoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00579, UniProt: E8Y6A0, DNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8-10% PEG 4000, 100 mM KCl, 10 mM magnesium chloride, 50 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2542,1.2554,1.2498
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月27日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.25421
21.25541
31.24981
反射解像度: 4.33→50 Å / Num. all: 73615 / Num. obs: 73615 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DNAデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 4.33→50 Å / Num. reflection obs: 73615
詳細: CLOSE CONTACTS OF DNA ATOMS WITH SYMMETRY-EQUIVALENT NEIGHBOUR DNA MOLECULES FORMING PSEUDO-CONTINUOUS HELICES ARE DUE TO LACK OF ATOMIC POSITIONAL REFINEMENT
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.33→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2634 12720 0 0 15354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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