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万見
- PDB-4ckm: Structure of the N-terminal domain of Leishmania SAS-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ckm
タイトルStructure of the N-terminal domain of Leishmania SAS-6
要素SAS-6
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BASAL BODY / CENTRIOLE / CARTWHEEL / TRYPANOSOMATIDS
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary basal body / centrosome
類似検索 - 分子機能
SAS-6, C-terminal coiled coil / : / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal domain / Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者van Breugel, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structure of the SAS-6 cartwheel hub from Leishmania major.
著者: van Breugel, M. / Wilcken, R. / McLaughlin, S.H. / Rutherford, T.J. / Johnson, C.M.
履歴
登録2014年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _software.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAS-6
B: SAS-6
C: SAS-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1826
ポリマ－59,0413
非ポリマー1413
水2,756153
1
A: SAS-6

A: SAS-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3612
ポリマ－39,3612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
Buried area1490 Å2
ΔGint-7.6 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
2
B: SAS-6
C: SAS-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5015
ポリマ－39,3612
非ポリマー1413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-19.3 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.250, 84.250, 239.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.00687, 0.3062, -0.9519), (-0.7846, -0.5919, -0.1847), (-0.62, 0.7456, 0.2443)309.2, 201.6, 176
2given(-0.8694, -0.4361, -0.2325), (-0.007432, 0.482, -0.8761), (0.4941, -0.76, -0.4223)212.3, 279.4, 360.9

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要素

#1: タンパク質 SAS-6


分子量: 19680.324 Da / 分子数: 3 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 97-274 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET28 DERIVATIVE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: E9AFQ5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED BY MAD USING A DATASET OBTAINED FROM CRYSTALS OF THE SELENOMETHIONINE DERIVATIVE.
結晶化pH: 5.1
詳細: 100 MM BISTRIS PH 5.1, 200 MM MGCL2, 20% (W/V) PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.86 Å / Num. obs: 48008 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0047精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→79.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.924 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24534 2398 5 %RANDOM
Rwork0.20839 ---
obs0.21024 45569 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.513 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----3.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→79.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3356 0 8 153 3517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193466
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.9924731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70137658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0255427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.43523.252163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.22115570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6851531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.23317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21996
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1030.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.170.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1225.0071702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1165.0031701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0687.4842122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4945.3751764
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7167.9352606
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 184 -
Rwork0.355 3307 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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