PDB-4ckp: Structure of an N-terminal fragment of Leishmania SAS-6 that cont...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ckp

タイトル

Structure of an N-terminal fragment of Leishmania SAS-6 that contains part of its coiled coil domain

要素

SAS-6

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / BASAL BODY / CENTRIOLE / CARTWHEEL / TRYPANOSOMATIDS

機能・相同性

機能・相同性情報

ciliary basal body / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

van Breugel, M.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structure of the SAS-6 cartwheel hub from Leishmania major.
著者: van Breugel, M. / Wilcken, R. / McLaughlin, S.H. / Rutherford, T.J. / Johnson, C.M.

履歴

登録	2014年1月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年4月19日	Group: Data collection
改定 1.4	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ckp.cif.gz	453.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ckp.ent.gz	381.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ckp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/4ckp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/4ckp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ckmSC 4cknC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3j1w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAS-6

B: SAS-6

C: SAS-6

D: SAS-6

E: SAS-6

F: SAS-6

150 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAS-6

B: SAS-6

C: SAS-6

D: SAS-6

E: SAS-6

F: SAS-6

A: SAS-6

B: SAS-6

C: SAS-6

D: SAS-6

E: SAS-6

F: SAS-6

A: SAS-6

B: SAS-6

C: SAS-6

D: SAS-6

E: SAS-6

F: SAS-6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
449 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	482.681, 482.681, 43.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.4989, 0.8666, -0.005611), (0.8666, 0.499, 0.003026), (0.005421, -0.003353, -1)	-6.738, 3.591, 33.59
2	given	(0.7653, -0.6429, -0.03131), (0.6412, 0.7658, -0.04945), (0.05576, 0.01777, 0.9983)	1.782, 3.134, 6.539
3	given	(0.2296, 0.973, -0.02508), (0.9728, -0.2302, -0.02704), (-0.03208, -0.01819, -0.9993)	0.5291, 3.637, 29.57
4	given	(0.1343, -0.9909, -0.00725), (0.9906, 0.1345, -0.02694), (0.02767, -0.003563, 0.9996)	-3.532, 4.378, 3.434
5	given	(0.8197, 0.5728, 0.003394), (0.5728, -0.8196, -0.01106), (-0.00355, 0.01101, -0.9999)	2.735, -0.04475, 32.28

#1: タンパク質	SAS-6 分子量: 24936.201 Da / 分子数: 6 断片: N-TERMINAL DOMAIN AND PART OF THE COILED COIL DOMAIN, RESIDUES 97-320 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア) 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: E9AFQ5

#1: タンパク質

SAS-6

分子量: 24936.201 Da / 分子数: 6
断片: N-TERMINAL DOMAIN AND PART OF THE COILED COIL DOMAIN, RESIDUES 97-320
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: E9AFQ5

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.23 詳細: 100 MM BISTRIS PH 6.23, 100 MM NAACETATE (NOT PH ADJUSTED), 26.5-27% (W/V) PEG-400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97813
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97813 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→66.94 Å / Num. obs: 49349 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 22.3 % / B_iso Wilson estimate: 98.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.34 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 3.45→3.57 Å / 冗長度: 19.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CKM

4ckm

解像度: 3.45→42.901 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 31.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	4865	5.1 %
R_work	0.2239	-	-
obs	0.2248	48521	97.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 150 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→42.901 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8777	0	0	0	8777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8951
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.348	12146
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.568	3322
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1385
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1600

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4501-3.4892	0.4459	122	0.399	2342	X-RAY DIFFRACTION	74
3.4892-3.5303	0.3887	148	0.3868	2609	X-RAY DIFFRACTION	83
3.5303-3.5733	0.369	132	0.368	2841	X-RAY DIFFRACTION	88
3.5733-3.6185	0.3287	148	0.3839	2890	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6185-3.6661	0.361	165	0.3757	2962	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6661-3.7163	0.4258	156	0.3728	3059	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7163-3.7694	0.3995	181	0.33	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7694-3.8256	0.3408	162	0.315	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8256-3.8853	0.3482	196	0.3245	3155	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8853-3.949	0.3695	160	0.3348	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.949-4.017	0.3918	128	0.31	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
4.017-4.09	0.3311	214	0.286	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.1686	0.2671	162	0.2703	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1686-4.2536	0.2862	186	0.2653	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2536-4.3461	0.2274	176	0.2452	3124	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3461-4.447	0.2465	164	0.2496	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
4.447-4.5581	0.258	158	0.2241	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5581-4.6812	0.1801	207	0.2003	3106	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6812-4.8188	0.1993	158	0.194	3133	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8188-4.9741	0.2423	130	0.2155	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9741-5.1516	0.2243	158	0.2169	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1516-5.3575	0.2438	154	0.1985	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3575-5.6009	0.2325	178	0.226	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6009-5.8954	0.24	156	0.2111	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8954-6.2638	0.2173	148	0.187	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2638-6.7457	0.1907	116	0.201	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7457-7.4214	0.2497	178	0.1927	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4214-8.488	0.1786	172	0.1636	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
8.488-10.6668	0.1903	174	0.1628	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
10.6668-42.9042	0.1558	178	0.1378	3063	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1176	-1.6407	0.5875	5.1458	-1.1167	5.3926	-0.1348	0.1786	-0.2646	0.1308	0.0669	0.1744	-0.957	1.1279	-0.0007	1.0131	0.2727	0.0079	2.0761	0.0659	0.718	-36.6095	-99.7064	14.2528
2	6.2483	-1.3578	0.8907	3.8853	-0.8111	4.5076	-0.3003	-0.2524	-0.2263	0.4061	0.1616	0.2927	-0.9247	0.0363	0.1012	1.8301	0.7023	0.0581	1.1501	0.0072	0.6251	-74.7911	-77.3494	19.2034
3	3.8745	-0.0394	1.4529	5.5874	-1.6266	5.9268	-0.0955	0.0029	-0.1487	0.4978	0.1108	0.2411	0.2577	0.8885	-0.0486	1.4752	0.5229	0.2712	1.0289	0.074	0.6109	-94.8055	-54.1075	13.8347
4	4.0151	-0.7261	0.7326	5.6836	-2.8449	3.813	-0.0037	-0.0367	-0.1207	0.3956	-0.2122	0.4472	-0.5572	0.709	0.1379	2.527	0.1357	0.0241	0.8007	-0.0147	0.7317	-108.5419	-11.8628	18.8032
5	3.7076	1.9089	-0.9654	5.5282	-1.9937	4.4298	0.0828	-0.0599	0.0717	-0.2085	-0.1796	0.2756	0.5697	0.831	0.0523	2.5242	0.1249	0.0478	0.7585	-0.0181	0.7206	-107.2429	18.5504	14.0066
6	3.9054	0.7902	-0.8616	6.0342	-1.3718	3.382	0.2506	-0.4155	0.1227	0.0642	-0.0891	0.1431	0.3483	0.8041	-0.1712	1.8061	-0.6069	-0.094	1.4728	0.0986	0.7196	-89.0741	59.0786	18.881
7	2.9504	0.6852	1.64	7.8083	0.6261	2.8179	-0.0575	1.5206	-1.2231	-2.0023	0.7436	1.0971	-0.0236	0.2637	-0.5724	1.3671	0.6867	-0.3255	2.4142	0.0093	1.5246	-62.4945	-100.6201	13.097
8	3.1438	-0.9496	-1.9913	2.9552	-0.7919	2.3513	0.5299	-1.0802	-1.8037	1.9502	-0.2275	-0.0826	-0.5373	-0.7596	-0.2249	1.3798	0.6844	-0.1922	1.9571	0.3579	1.5126	-62.4923	-101.2543	20.3393
9	5.8595	1.4757	0.0496	0.9458	0.3395	3.6394	-0.0701	1.3542	0.4092	-0.2097	0.2521	1.173	0.179	-1.2988	-0.1686	1.3165	0.5812	0.0411	1.297	0.1593	1.5734	-124.6557	-38.5771	16.0593
10	2.9713	0.9603	-1.3931	2.9386	-1.0897	2.5862	0.701	-1.5981	0.2776	0.1502	-0.2721	1.329	-0.2896	-1.0755	-0.2535	1.58	0.3041	0.1252	1.2413	0.2395	1.4213	-123.6774	-40.9353	21.6167
11	3.9952	-3.2854	0.8134	1.1709	-0.1418	0.0478	-0.1502	0.6172	-0.3342	0.0429	-0.0305	0.3468	0.5725	-0.4236	0.2114	2.0485	-0.1695	0.0682	1.0556	0.1834	1.1006	-120.9613	50.3083	13.7764
12	8.6425	-2.8371	-1.0325	1.274	0.631	1.5986	-0.3619	-1.8086	0.5414	0.9219	0.2666	0.1999	0.149	0.004	0.0272	2.1387	-0.2742	0.2474	1.0565	-0.0475	1.0217	-120.7203	47.303	19.5064

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESSEQ 129:271
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND RESSEQ 129:271
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND RESSEQ 129:271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D AND RESSEQ 130:271
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E AND RESSEQ 130:271
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F AND RESSEQ 130:271
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND RESSEQ 272:304
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND RESSEQ 272:305
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND RESSEQ 272:317
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND RESSEQ 272:317
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN E AND RESSEQ 272:319
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN F AND RESSEQ 272:318

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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