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万見
- PDB-3t70: 5'-Diphenyl Nucleoside Inhibitors of Plasmodium falciparum dUTPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t70
タイトル5'-Diphenyl Nucleoside Inhibitors of Plasmodium falciparum dUTPase
要素
  • Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, putative
  • PEPTIDE GLY-HIS-GLY
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / dUTP binding / Nucleus / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA metabolic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / DNA replication / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DU4 / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hampton, S.E. / Baragana, B. / Schipani, A. / Bosch-Navarrete, C. / Musso-Buendia, A. / Recio, E. / Kaiser, M. / Whittingham, J.L. / Roberts, S.M. / Shevtsov, M. ...Hampton, S.E. / Baragana, B. / Schipani, A. / Bosch-Navarrete, C. / Musso-Buendia, A. / Recio, E. / Kaiser, M. / Whittingham, J.L. / Roberts, S.M. / Shevtsov, M. / Brannigan, J.A. / Kahnberg, P. / Brun, R. / Wilson, K.S. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Johansson, N.G. / Gilbert, I.H.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2011
タイトル: Design, synthesis, and evaluation of 5'-diphenyl nucleoside analogues as inhibitors of the Plasmodium falciparum dUTPase.
著者: Hampton, S.E. / Baragana, B. / Schipani, A. / Bosch-Navarrete, C. / Musso-Buendia, J.A. / Recio, E. / Kaiser, M. / Whittingham, J.L. / Roberts, S.M. / Shevtsov, M. / Brannigan, J.A. / ...著者: Hampton, S.E. / Baragana, B. / Schipani, A. / Bosch-Navarrete, C. / Musso-Buendia, J.A. / Recio, E. / Kaiser, M. / Whittingham, J.L. / Roberts, S.M. / Shevtsov, M. / Brannigan, J.A. / Kahnberg, P. / Brun, R. / Wilson, K.S. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Johansson, N.G. / Gilbert, I.H.
履歴
登録2011年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.22023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, putative
B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, putative
C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, putative
F: PEPTIDE GLY-HIS-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,96613
ポリマ－62,1674
非ポリマー1,7999
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.750, 76.750, 105.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, putative


分子量: 20632.248 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF11_0282 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8II92, dUTP diphosphatase
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE GLY-HIS-GLY


分子量: 270.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-DU4 / 2',5'-dideoxy-5'-[(diphenylmethyl)(methyl)amino]uridine


分子量: 407.462 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.2M Ammonium sulphate, 0.2M di-sodium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.56 Å / Num. all: 56711 / Num. obs: 56711 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.8→43.56 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0008精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VYQ

1vyq


解像度: 1.8→37.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.678 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23225 2862 5.1 %RANDOM
Rwork0.1992 ---
all0.20085 56711 --
obs0.20085 53806 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.139 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 120 395 3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223772
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1332.0235112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3775467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52224.906159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53115701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4361515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.21710
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6521.52316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11523630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39731640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2544.51461
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 207 -
Rwork0.321 3969 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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