PDB-3t4q: Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t4q

タイトル

Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with trans-zeatin riboside (hydrolysed)

要素

Histidine kinase 4

キーワード

hormone receptor / sensor histidine kinase / PAS domain / endoplasmic reticulum

機能・相同性

機能・相同性情報

cytokinin receptor activity / transmembrane histidine kinase cytokinin receptor activity / embryonic root morphogenesis / regulation of shoot system development / regulation of meristem development / carbohydrate homeostasis / regulation of seed germination / sulfate transport / cellular response to sucrose stimulus / protein histidine kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hothorn, M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for cytokinin recognition by Arabidopsis thaliana histidine kinase 4.
著者: Hothorn, M. / Dabi, T. / Chory, J.

履歴

登録	2011年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Other
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t4q.cif.gz	231.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t4q.ent.gz	186.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t4q_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t4q_full_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示
XML形式データ	3t4q_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	3t4q_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t4jSC 3t4kC 3t4lC 3t4oC 3t4sC 3t4tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t4j-d 3t4o-d 3t4t-d 3t4l-d 3t4s-d 3t4k-d 4c2f-d 3guy-1 5v9t-2 5osw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (13) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (13)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (8)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine kinase 4

B: Histidine kinase 4

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.900, 59.900, 297.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Histidine kinase 4 / Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / ...Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / Cytokinin receptor CRE1 / Phosphoprotein phosphatase AHK4 / Protein AUTHENTIC HIS-KINASE 4 / Protein ROOT AS IN WOL 1 / Protein WOODEN LEG 分子量: 30735.533 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 149-418 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AHK4, At2g01830, CRE1, RAW1, T23K3.2, WOL / プラスミド: pMH-HSsumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) 参照: UniProt: Q9C5U0, histidine kinase, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ZEA / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / TRANS-ZEATIN / 6-(4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニルアミノ)-9H-プリン分子量: 219.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 3,350, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月2日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: Co2+ Ka / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.36 Å / Num. all: 28135 / Num. obs: 28135 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.27 / Num. unique all: 3227 / R_sym value: 0.198 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T4J

3t4j

解像度: 2.3→29.36 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2369	1420	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1784	-	-	-
obs	0.1814	28132	97.95 %	-
all	-	28135	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.832 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6837 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.6837 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.3674 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4209	0	39	432	4680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4496
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.553	6110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.14	1719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	667
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	806

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2999-2.382	0.2876	135	0.1908	2496	X-RAY DIFFRACTION	95
2.382-2.4773	0.2878	128	0.1891	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4773-2.59	0.242	156	0.1876	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.7265	0.2476	139	0.1785	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7265-2.8972	0.2543	161	0.1812	2589	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8972-3.1206	0.2706	145	0.1825	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1206-3.4342	0.276	126	0.182	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4342-3.9302	0.2232	129	0.1765	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9302-4.9478	0.1882	149	0.1492	2732	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9478-29.3629	0.2243	152	0.1967	2837	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0598	0.0071	-0.0215	0.0431	-0.0066	0.0257	0.0364	-0.1325	-0.0412	0.0325	-0.1256	0.0283	0.0289	-0.0073	-0.0115	0.0346	-0.0232	0.051	0.3411	0.038	0.0467	-6.1418	13.1499	32.5227
2	0.171	-0.0415	-0.0952	0.0259	0.0244	0.0528	-0.015	0.0173	-0.0113	-0.0419	-0.0644	-0.0216	-0.0558	-0.019	0.0119	0.0273	0.0076	0.0065	0.1298	0.0251	0.0627	10.1308	25.996	12.9533
3	0.1821	-0.0277	0.0123	0.0323	-0.011	0.0255	0.0623	-0.0331	-0.0791	0.0087	-0.0015	0.048	0.0474	0.0543	0.0401	-0.0363	-0.0095	0.0336	0.2613	0.0053	0.0608	6.394	16.6352	24.3748
4	0.0089	0.0005	-0.0071	0.0056	0.0002	0.0134	0.0287	-0.0688	-0.0023	0.0448	-0.0579	-0.0014	-0.0047	0.005	-0.0138	0.0818	-0.0459	0.0119	0.3779	0.0595	0.0694	4.6454	13.3881	47.1787
5	0.0714	-0.0022	0.0163	0.061	0.0458	0.0416	0.0186	-0.0194	0.0137	0.0623	0.0127	-0.0244	0.0374	0.0091	-0.0126	0.0737	0.0269	-0.0499	0.2528	0.0914	0.0616	-16.5801	-0.2857	36.6683
6	0.0087	-0.008	0.0069	0.0083	-0.0076	0.0074	0.0093	0.0419	0.0121	-0.0254	-0.0127	-0.0062	-0.0122	0.0034	-0.0012	0.0884	0.0555	0.0316	0.2195	0.0764	0.127	-14.1124	12.2778	8.9199
7	0.0292	0.0174	0.0144	0.0177	0.0026	0.0025	0.0313	-0.0022	-0.0189	-0.0291	-0.0094	-0.0145	0.0016	-0.0663	0.0021	-0.2773	0.1347	-0.187	0.2348	0.0854	-0.0042	-29.4069	5.6359	10.0577
8	0.137	-0.069	-0.0588	0.081	-0.0036	0.052	0.0226	0.0222	0.0815	0.0215	0.041	-0.0209	-0.0285	-0.0485	-0.0014	0.0469	0.0201	-0.0343	0.2099	0.0624	0.0929	-28.4048	9.6933	20.6866
9	0.0013	0.0006	0.002	0.0037	-0.0013	0.005	0.018	0.0251	-0.0049	0.007	0.0143	0.008	0.0165	0.0004	-0.0166	0.1896	0.1064	-0.0493	0.3024	0.0227	0.1378	-16.0844	-11.7567	31.6989
10	0.0094	0.0161	-0.0192	0.0251	-0.0329	0.118	0.0032	0.0304	-0.0133	0.0091	0.0386	0.0178	0.0006	-0.0601	-0.0165	0.1363	0.013	0.0092	0.2916	0.0239	0.139	-30.378	-8.7693	36.9634
11	0.0455	0.0095	0.0353	0.0307	0.003	0.0311	0.0212	0.0247	0.0297	0.0219	0.0021	-0.005	-0.0011	-0.0157	-0.003	0.0731	0.0667	-0.0268	0.1708	0.0646	0.0875	-25.9052	-4.1605	40.4586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 126:197)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 198:244)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 245:334)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 335:393)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 127:171)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 172:190)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 191:272)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 273:323)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 324:341)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 342:370)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 371:393)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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