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- PDB-3t4o: Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with dihy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3t4o | ||||||
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Title | Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with dihydrozeatin | ||||||
![]() | Histidine kinase 4 | ||||||
![]() | hormone receptor / sensor histidine kinase / PAS domain / endoplasmic reticulum | ||||||
Function / homology | ![]() cytokinin receptor activity / transmembrane histidine kinase cytokinin receptor activity / embryonic root morphogenesis / regulation of shoot system development / regulation of meristem development / carbohydrate homeostasis / regulation of seed germination / sulfate transport / cellular response to sucrose stimulus / protein histidine kinase binding ...cytokinin receptor activity / transmembrane histidine kinase cytokinin receptor activity / embryonic root morphogenesis / regulation of shoot system development / regulation of meristem development / carbohydrate homeostasis / regulation of seed germination / sulfate transport / cellular response to sucrose stimulus / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / protein histidine kinase activity / response to water deprivation / cellular response to phosphate starvation / osmosensory signaling pathway / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / defense response to bacterium / protein phosphorylation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hothorn, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for cytokinin recognition by Arabidopsis thaliana histidine kinase 4. Authors: Hothorn, M. / Dabi, T. / Chory, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 207.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 474.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3t4jSC ![]() 3t4kC ![]() 3t4lC ![]() 3t4qC ![]() 3t4sC ![]() 3t4tC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30735.533 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 149-418 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9C5U0, histidine kinase, protein-serine/threonine phosphatase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MLI / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 16% PEG 3,350, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99988 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→19.69 Å / Num. all: 64550 / Num. obs: 64550 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.6 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20.15 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.79 Å / Redundancy: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique all: 4596 / Rsym value: 0.108 / % possible all: 97.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3T4J Resolution: 1.75→19.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.148 / SU ML: 0.074 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.103 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.652 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→19.69 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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