PDB-3t4l: Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t4l

タイトル

Arabidopsis histidine kinase 4 sensor domain in complex with trans-zeatin

要素

Histidine kinase 4

キーワード

hormone receptor / sensor histidine kinase / PAS domain / endoplasmic reticulum

機能・相同性

機能・相同性情報

cytokinin receptor activity / transmembrane histidine kinase cytokinin receptor activity / embryonic root morphogenesis / regulation of shoot system development / regulation of meristem development / carbohydrate homeostasis / regulation of seed germination / sulfate transport / cellular response to sucrose stimulus / protein histidine kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Hothorn, M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for cytokinin recognition by Arabidopsis thaliana histidine kinase 4.
著者: Hothorn, M. / Dabi, T. / Chory, J.

履歴

登録	2011年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3t4l.ent.gz	209.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3t4l_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t4l_full_validation.pdf.gz	475.3 KB	表示
XML形式データ	3t4l_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	3t4l_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3t4jSC 3t4kC 3t4oC 3t4qC 3t4sC 3t4tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t4k-d 3t4o-d 3t4t-d 3t4q-d 3t4j-d 3t4s-d 1ebu-2 6wt7-1 2ew8-d 1ebu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (13) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (13)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (8)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine kinase 4

B: Histidine kinase 4

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.790, 59.790, 297.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Histidine kinase 4 / Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / ...Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / Cytokinin receptor CRE1 / Phosphoprotein phosphatase AHK4 / Protein AUTHENTIC HIS-KINASE 4 / Protein ROOT AS IN WOL 1 / Protein WOODEN LEG 分子量: 30735.533 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 149-418 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AHK4, At2g01830, CRE1, RAW1, T23K3.2, WOL / プラスミド: pMH-HSsumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) 参照: UniProt: Q9C5U0, histidine kinase, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ZEA / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / TRANS-ZEATIN / 6-(4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニルアミノ)-9H-プリン分子量: 219.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 3,350, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99988 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→19.82 Å / Num. all: 94704 / Num. obs: 94704 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 19.81
反射シェル	解像度: 1.53→1.57 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique all: 6916 / R_sym value: 0.647 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T4J

3t4j

解像度: 1.53→19.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.993 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20006	4718	5 %	RANDOM
R_work	0.17963	-	-	-
all	0.18065	89986	-	-
obs	0.18065	89986	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.379 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.54 Å²	0.27 Å²	0 Å²
2-	-	0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→19.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4209	0	39	575	4823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4591
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.383	1.958	6265
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.888	3	7631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.549	5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.573	23.693	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.704	15	797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.32	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	981
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.657	1.5	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.213	1.5	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.124	2	4479
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.908	3	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.96	4.5	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	329	-
R_work	0.258	6528	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9091	2.4931	1.486	16.8506	-8.5723	6.5567	0.362	-0.5112	0.1365	1.7808	-0.5307	-0.0499	-0.7479	0.1607	0.1687	0.4608	0.125	0.0258	1.2161	0.1342	0.158	-4.237	7.436	66.789
2	0.2259	0.0743	-0.9707	0.0943	-1.2396	18.5602	-0.044	-0.106	-0.0593	0.0013	-0.0344	0.0104	0.2403	-0.0547	0.0784	0.0952	-0.0218	0.0143	0.2187	0.0283	0.1242	-5.153	9.968	35.275
3	2.006	0.4791	0.3192	1.0599	0.0564	1.1728	0.0795	-0.0312	0.1121	-0.0554	-0.0781	0.0786	-0.0766	-0.2416	-0.0015	0.0561	0.0449	0.0043	0.162	0.0241	0.1123	-3.534	19.662	15.7
4	4.2256	-1.1489	1.1462	4.4304	0.5733	10.5039	0.0019	0.016	0.1837	-0.0853	-0.063	-0.0652	-0.4929	0.1374	0.0611	0.0949	0.0191	0.022	0.1004	0.031	0.1382	10.8	29.557	10.746
5	2.1916	0.3531	-0.3947	1.6955	0.2086	1.8912	0.0211	-0.1247	0.1614	0.1361	-0.0396	-0.148	-0.1636	0.1081	0.0184	0.0453	0.0181	0.0048	0.1442	0.0148	0.0857	10.542	22.16	19.979
6	2.1483	-0.9217	-1.4527	2.2537	1.7868	4.3915	0.0537	-0.0098	-0.1154	0.1248	-0.078	0.0977	0.1067	-0.055	0.0244	0.0177	0.0137	0.0055	0.1309	0.0606	0.1006	7.194	13.398	22.49
7	10.2923	7.2252	-12.5442	6.0454	-7.9545	16.0426	0.4974	0.0494	0.4804	0.3891	-0.0448	0.4677	-0.5811	-0.166	-0.4526	0.1593	0.0014	0.0465	0.3014	0.018	0.1847	-6.318	21.046	44.333
8	7.7031	-2.5903	-5.3293	3.9512	3.1966	6.4472	0.0364	-0.486	0.3027	0.2497	0.0589	-0.2358	0.011	0.4208	-0.0953	0.166	-0.015	0.001	0.3116	0.0481	0.1415	7.715	15.704	45.713
9	6.8846	-21.7687	-11.8553	120.5805	-13.8819	71.7576	-0.1389	-0.4644	2.0597	1.1821	4.8364	-4.7953	0.1951	-2.7168	-4.6975	1.2717	0.9475	-0.4567	2.8287	-0.9362	1.8892	5.948	18.284	59.084
10	3.8455	-0.5895	-4.9138	0.8195	0.7566	11.2579	-0.0064	-0.4253	-0.1041	0.2047	-0.0607	-0.1227	0.3841	0.3892	0.0671	0.1085	-0.012	0.004	0.2815	0.0775	0.1324	4.903	9.58	45.144
11	5.551	0.0175	0.6036	7.121	-5.2804	14.2904	0.0854	-0.5538	-0.3533	0.5613	0.1179	0.23	0.2782	-0.2211	-0.2033	0.1732	0.0189	-0.0291	0.2602	0.0426	0.1257	-16.425	-11.875	52.826
12	0.2854	-0.56	0.4037	10.7021	-11.0845	11.6169	-0.0508	-0.079	0.0182	0.2562	-0.1467	-0.2159	-0.2044	0.2211	0.1975	0.1071	0.0114	-0.0329	0.2191	0.0104	0.1044	-16.215	4.599	30.11
13	3.3729	0.1409	0.0128	2.3954	-0.0691	2.4823	0.0827	0.1292	0.0711	-0.1685	-0.1452	-0.1524	-0.0292	0.0884	0.0625	0.0222	0.035	-0.0036	0.1703	0.0201	0.0794	-15.821	10.047	12.769
14	5.0874	-0.4523	0.2371	5.6901	-0.3213	6.0434	0.0125	0.4014	0.1325	-0.6081	0.0083	-0.1196	-0.0633	0.1424	-0.0208	0.093	0.0526	-0.0147	0.2333	-0.0031	0.0678	-32.183	8.868	1.478
15	4.1761	-0.5397	1.7886	1.1622	-0.6596	1.2963	0.0906	0.1014	-0.3371	-0.1056	-0.0034	0.0592	0.2098	-0.0277	-0.0872	0.0855	0.0387	0.0044	0.2117	0.0016	0.0893	-30.415	2.704	8.409
16	2.2845	-1.4575	0.5037	3.4526	-1.2469	2.063	0.0077	-0.0666	0.0814	0.1953	-0.0099	0.0166	-0.0259	0.032	0.0023	0.0278	0.02	-0.0116	0.1962	0.0103	0.0542	-28.553	7.2	21.941
17	5.1808	-1.9867	1.4252	3.3163	-0.8518	2.5056	0.0751	0.0137	-0.5692	0.2622	0.0756	0.3374	0.2633	-0.0939	-0.1507	0.2066	0.0207	-0.0201	0.2473	0.0175	0.1693	-26.443	-9.817	38.014
18	1.9811	-1.5422	2.04	2.5019	-1.8302	4.3062	-0.1618	-0.2485	-0.1523	0.5462	0.2704	0.1688	-0.1609	-0.2482	-0.1087	0.1564	0.0467	0.0099	0.2466	0.0482	0.1241	-26.327	-2.387	37.332

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	126 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	136 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	171 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	211 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	229 - 272
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	273 - 325
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	326 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	340 - 361
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	364 - 369
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	370 - 393
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	127 - 144
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	145 - 166
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	167 - 206
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	207 - 227
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	228 - 259
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	260 - 333
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	334 - 373
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	374 - 393

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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