PDB-3t49: Crystal structure of truncated form of Staphylococcal Complement ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t49

タイトル

Crystal structure of truncated form of Staphylococcal Complement Inhibitor B (SCIN-B) at 1.5 Angstrom

要素

Fibrinogen-binding protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Secreted / Virulence

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Garcia, B.L. / Geisbrecht, B.V. / Summers, B.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Diversity in the C3b Convertase Contact Residues and Tertiary Structures of the Staphylococcal Complement Inhibitor (SCIN) Protein Family.
著者: Garcia, B.L. / Summers, B.J. / Lin, Z. / Ramyar, K.X. / Ricklin, D. / Kamath, D.V. / Fu, Z.Q. / Lambris, J.D. / Geisbrecht, B.V.

履歴

登録	2011年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t49.cif.gz	188.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t49.ent.gz	154.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t49_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t49_full_validation.pdf.gz	470 KB	表示
XML形式データ	3t49_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	3t49_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t46C 3t47C 3t48C 3t4aC 2qffS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kur-8 3kur-5 3t7l-d 4ph1-3 5l7a-3 3kur-7 3s8w-2 2ywq-1 1kn6-d 2o2o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fibrinogen-binding protein

B: Fibrinogen-binding protein

C: Fibrinogen-binding protein

D: Fibrinogen-binding protein

ヘテロ分子

33.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Fibrinogen-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fibrinogen-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.41 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fibrinogen-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Fibrinogen-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.31 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.668, 66.937, 60.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fibrinogen-binding protein / SCIN-B 分子量: 8214.452 Da / 分子数: 4 / 断片: SCIN-B, residues 49-116 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: SAV1159 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99UU9, UniProt: A0A0H3JZ23*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 12mg/ml protein, 0.1M sodium citrate, 1M ammonium sulfate, pH 3.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月23日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 30.29 / 数: 436966 / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.01 / D res high: 1.45 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 62067 / % possible obs: 98.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.12	50	99.7	1	0.027	1.014	7.5
2.48	3.12	100	1	0.054	0.98	7.6
2.17	2.48	100	1	0.061	0.943	7.6
1.97	2.17	100	1	0.075	0.987	7.5
1.83	1.97	99.9	1	0.117	1.041	7.5
1.72	1.83	99.8	1	0.166	1.041	7.5
1.63	1.72	99.6	1	0.217	0.971	7.4
1.56	1.63	99.3	1	0.274	1.039	6.9
1.5	1.56	96.9	1	0.348	1.085	6
1.45	1.5	90.3	1	0.38	1.076	4.8

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 64317 / Num. obs: 62067 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.013 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.45-1.5	4.8	0.38	5669	1.076	1	90.3
1.5-1.56	6	0.348	6071	1.085	1	96.9
1.56-1.63	6.9	0.274	6245	1.039	1	99.3
1.63-1.72	7.4	0.217	6241	0.971	1	99.6
1.72-1.83	7.5	0.166	6233	1.041	1	99.8
1.83-1.97	7.5	0.117	6300	1.041	1	99.9
1.97-2.17	7.5	0.075	6282	0.987	1	100
2.17-2.48	7.6	0.061	6303	0.943	1	100
2.48-3.12	7.6	0.054	6320	0.98	1	100
3.12-50	7.5	0.027	6403	1.014	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QFF

2qff

解像度: 1.45→23.927 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.9098 / SU ML: 0.13 / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1661	1932	3.24 %	random
R_work	0.1406	-	-	-
all	0.1415	61920	-	-
obs	0.1415	59720	94.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.778 Å² / k_sol: 0.437 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.27 Å² / B_iso mean: 19.5499 Å² / B_iso min: 6.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1526 Å²	-0 Å²	-0.4746 Å²
2-	-	0.668 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.8205 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→23.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2224	0	44	426	2694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2402
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.531	3239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.305	978

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.45-1.4843	0.2388	108	0.1797	3189	3297	73
1.4843-1.5244	0.2396	123	0.1552	3703	3826	86
1.5244-1.5693	0.1822	131	0.1409	3915	4046	91
1.5693-1.6199	0.195	139	0.1265	4083	4222	94
1.6199-1.6778	0.1901	136	0.1197	4156	4292	95
1.6778-1.745	0.1502	140	0.1144	4175	4315	96
1.745-1.8243	0.1321	137	0.1103	4193	4330	97
1.8243-1.9205	0.1595	145	0.1182	4258	4403	98
1.9205-2.0408	0.156	142	0.1201	4292	4434	99
2.0408-2.1982	0.1528	146	0.1193	4321	4467	99
2.1982-2.4193	0.1359	144	0.1195	4336	4480	100
2.4193-2.7689	0.1421	146	0.1357	4367	4513	99
2.7689-3.4868	0.1527	146	0.1507	4372	4518	100
3.4868-23.9303	0.2009	149	0.179	4428	4577	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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