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万見
- PDB-3t46: Crystal structure of Staphylococcal Complement Inhibitor D (SCIN-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t46
タイトルCrystal structure of Staphylococcal Complement Inhibitor D (SCIN-D) at 1.5 Angstrom
要素SCIN-D
キーワードIMMUNE SYSTEM / Secreted / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal complement inhibitor SCIN / Staphylococcal complement inhibitor SCIN / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Staphylococcal complement inhibitor / Staphylococcal complement inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Garcia, B.L. / Geisbrecht, B.V. / Summers, B.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Diversity in the C3b Convertase Contact Residues and Tertiary Structures of the Staphylococcal Complement Inhibitor (SCIN) Protein Family.
著者: Garcia, B.L. / Summers, B.J. / Lin, Z. / Ramyar, K.X. / Ricklin, D. / Kamath, D.V. / Fu, Z.Q. / Lambris, J.D. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCIN-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3485
ポリマ－10,2561
非ポリマー924
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: SCIN-D
ヘテロ分子

A: SCIN-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,69710
ポリマ－20,5132
非ポリマー1848
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area1480 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.860, 28.860, 262.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

NA

21A-102-

NA

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要素

#1: タンパク質 SCIN-D


分子量: 10256.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-114 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: SAV0229, SAV_0229 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99WZ4, UniProt: A0A0H3JPM4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 10mg/ml protein, 0.1M bis-Tris, 15% w/v PEG 3350, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97243 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 330 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月6日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97243 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 11553 / Num. obs: 11413 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / % possible all: 95.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T48

3t48


解像度: 1.5→24.993 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8496 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 20.32 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1088 10.01 %random
Rwork0.2217 ---
all0.2241 10868 --
obs0.2241 10868 93.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.099 Å2 / ksol: 0.491 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 64.37 Å2 / Biso mean: 16.3075 Å2 / Biso min: 4.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.906 Å20 Å20 Å2
2---0.906 Å20 Å2
3---2.7317 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数606 0 4 68 678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.994829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.787233
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.56830.30471220.27421091121388
1.5683-1.6510.27751260.24121135126191
1.651-1.75440.34731300.24451165129593
1.7544-1.88980.28621310.23051185131693
1.8898-2.07990.26241350.21721215135093
2.0799-2.38060.22971350.21421211134694
2.3806-2.99850.22051440.20941293143797
2.9985-24.9970.22211650.21751485165099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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