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万見
- PDB-3t3o: Molecular basis for the recognition and cleavage of RNA (CUGG) by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t3o
タイトルMolecular basis for the recognition and cleavage of RNA (CUGG) by the bifunctional 5'-3' exo/endoribonuclease RNase J
要素
  • Metal dependent hydrolase
  • O2'methyl-RNA
キーワードHYDROLASE/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / Metallo-beta-lactamase / RNase J / Endoribonuclease / 5'-3' Exoribonuclease / Metal dependent hydrolase / RNA / hydrolase / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #580 / Metallo-hydrolase/oxidoreductase / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Beta-lactamase superfamily domain / Sugar transport proteins signature 1. ...Ubiquitin-like (UB roll) - #580 / Metallo-hydrolase/oxidoreductase / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Beta-lactamase superfamily domain / Sugar transport proteins signature 1. / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Ubiquitin-like (UB roll) / 4-Layer Sandwich / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Ribonuclease J
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dorleans, A. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Piton, J. / Zig, L. / Gilet, L. / Putzer, H. / Condon, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis for the Recognition and Cleavage of RNA by the Bifunctional 5'-3' Exo/Endoribonuclease RNase J.
著者: Dorleans, A. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Piton, J. / Zig, L. / Gilet, L. / Putzer, H. / Condon, C.
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Derived calculations
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal dependent hydrolase
B: O2'methyl-RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3894
ポリマ－64,2312
非ポリマー1582
水1,74797
1
A: Metal dependent hydrolase
B: O2'methyl-RNA
ヘテロ分子

A: Metal dependent hydrolase
B: O2'methyl-RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,7788
ポリマ－128,4634
非ポリマー3154
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area26600 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area80140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)99.350, 117.940, 229.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 Metal dependent hydrolase


分子量: 62612.379 Da / 分子数: 1 / 断片: RNASE J / 変異: H77A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: ttc0775, TT_C0775 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q72JJ7, 加水分解酵素
#2: RNA鎖 O2'methyl-RNA


分子量: 1619.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 4-nt 2'-O-methylated RNA with FLUORESCEIN-12-URIDINE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2-4% PEG 4K, 0.02M ammonium sulfate, 0.1M Na-MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月6日
詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
放射モノクロメーター: cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→72.1 Å / Num. all: 23196 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 61.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.11
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSPackageデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSPackageデータ削減
XDSCONVデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→27.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2849 1182 5.12 %RANDOM
Rwork0.2271 ---
obs0.2299 23081 --
all-24632 --
原子変位パラメータBiso mean: 69.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.2736 Å20 Å20 Å2
2---31.5604 Å20 Å2
3---15.2868 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.419 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4330 111 7 97 4545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084554HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.066185HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1611SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes656HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4554HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion588SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5222SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3034 171 6.09 %
Rwork0.275 2639 -
all0.2768 2810 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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