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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t35 | ||||||
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タイトル | Arabidopsis thaliana dynamin-related protein 1A in postfission state | ||||||
![]() | Dynamin-related protein 1A, LINKER, Dynamin-related protein 1A | ||||||
![]() | MOTOR PROTEIN / dynamin-like protein 1A / GTPase / membrane fission | ||||||
機能・相同性 | ![]() cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis / stigma development / regulation of plant-type cell wall organization or biogenesis / regulation of lipid localization / regulation of phragmoplast microtubule organization / cell plate / cytokinesis by cell plate formation / trichome branching / root hair initiation / xylem and phloem pattern formation ...cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis / stigma development / regulation of plant-type cell wall organization or biogenesis / regulation of lipid localization / regulation of phragmoplast microtubule organization / cell plate / cytokinesis by cell plate formation / trichome branching / root hair initiation / xylem and phloem pattern formation / response to boron-containing substance / cellular response to boron-containing substance levels / phragmoplast / protein histidine kinase binding / embryo development ending in seed dormancy / clathrin-coated endocytic vesicle / plasmodesma / clathrin-dependent endocytosis / plant-type vacuole / regulation of establishment of cell polarity / clathrin-coated vesicle / plastid / clathrin binding / regulation of endocytosis / chloroplast thylakoid membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / cell cortex / microtubule / cytoskeleton / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yan, L.M. / Ma, Y.Y. / Sun, Y.N. / Lou, Z.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for mechanochemical role of Arabidopsis thaliana dynamin-related protein in membrane fission 著者: Yan, L.M. / Ma, Y.Y. / Sun, Y.N. / Gao, J. / Chen, X. / Liu, J. / Wang, C. / Rao, Z. / Lou, Z.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 286.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 75.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 101.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39911.703 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-325, 579-606 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GDP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.82 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 160mM sodium formate, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 40mM magnesium chloride, 6%(w/v) 2-Propanol, 20mM HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.592→50 Å / Num. obs: 28872 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2X2E 解像度: 3.592→43.323 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 26.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.2 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.592→43.323 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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