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- PDB-3t32: Crystal structure of a putative C-S lyase from Bacillus anthracis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t32
タイトルCrystal structure of a putative C-S lyase from Bacillus anthracis
要素Aminotransferase, class I/II
キーワードLYASE / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / aminotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminotransferase, class I/II / Aminotransferase, classes I and II
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Peterson, S.N. / Porebski, P. / Minor, W. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a putative C-S lyase from Bacillus anthracis
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Peterson, S.N. / Porebski, P. / Minor, W. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年8月10日ID: 3KAX
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase, class I/II
B: Aminotransferase, class I/II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2072
ポリマ－89,2072
非ポリマー00
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.291, 84.655, 170.750
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aminotransferase, class I/II / Aminotransferase / classes I and II / putative C-S lyase


分子量: 44603.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS4776, BA_5138, GBAA_5138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q81K67, UniProt: A0A6L7H8L3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 200mM potassium sulphate, 10mM pyridoxyl-5-phosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12714 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日 / 詳細: bimorph KB mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 52327 / Num. obs: 51856 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5164 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KAX

3kax
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→28.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8586 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.35 / σ(I): 2.35 / 位相誤差: 20.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2066 2599 5.03 %random
Rwork0.1736 ---
all0.1755 52139 --
obs0.1753 51696 99.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.344 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 158.08 Å2 / Biso mean: 38.8 Å2 / Biso min: 12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3708 Å2-0 Å2-0 Å2
2---9.3184 Å20 Å2
3---4.9476 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5826 0 0 452 6278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8968185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058903
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3472239
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.03640.28851130.249925412654265597.8
2.0364-2.07550.28111270.23525232650265198.6
2.0755-2.11790.23081160.216625632679267999.4
2.1179-2.16390.23671340.192325702704270599.7
2.1639-2.21420.24311170.189725762693269399.7
2.2142-2.26960.21431570.186725702727272899.9
2.2696-2.33090.22371410.193225432684268599.9
2.3309-2.39950.24341400.1896258027202721100
2.3995-2.47690.23421450.178925802725272799.8
2.4769-2.56530.21141250.1887260527302730100
2.5653-2.6680.21641350.182525632698269899.9
2.668-2.78930.23611390.188925962735273599.9
2.7893-2.93620.21571280.19326112739273999.6
2.9362-3.120.21591400.186125832723272499.5
3.12-3.36050.22431340.185525922726272699.3
3.3605-3.69810.19221530.166125962749274999
3.6981-4.23170.18261560.136725932749274998.6
4.2317-5.32580.1771580.136126072765276697.9
5.3258-28.48650.18031410.168727052846285196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.587-0.9015-1.04653.62280.12111.38640.20730.12840.0039-0.5331-0.1291-0.1384-0.0041-0.0712-0.06170.443-0.0361-0.06520.3322-0.02910.219610.72522.557310.7127
21.77770.04860.37932.13570.10051.82090.0156-0.07550.00740.0648-0.00790.1233-0.0039-0.080.00590.1018-0.01410.01690.12350.02390.14745.672221.051733.957
32.8829-0.3693-1.51571.59710.5083.9298-0.0345-0.1722-0.2810.13260.0180.14710.19450.0144-0.0150.1257-0.0238-0.00110.16890.04710.20494.55710.75942.0761
41.0606-0.2733-0.18282.24370.12640.98680.06450.1519-0.0563-0.29320.00570.17990.0396-0.1202-0.06640.1546-0.0225-0.03350.19840.02050.16041.951721.928525.9872
55.3346-2.80932.26344.6745-1.49532.59610.26440.1217-0.6292-0.5058-0.03680.25770.4875-0.0267-0.24410.3805-0.0556-0.03390.1691-0.06220.282411.5329-0.333417.3969
62.2112-1.00340.79221.99650.74463.083-0.0076-0.101-0.15640.00410.0559-0.17080.23530.3306-0.03210.14870.02140.04740.15630.04270.297825.70863.66230.4316
73.26220.67330.81961.35080.10284.6903-0.08680.4376-0.407-0.44630.1847-0.38750.45260.5834-0.07690.36220.02320.0870.2451-0.05840.342624.94750.403219.8501
80.00810.0877-0.03391.525-0.74042.1835-0.00910.04-0.1032-0.53960.10590.10660.09560.0803-0.02850.6203-0.03680.11440.32950.02430.208410.939736.2997.3409
90.9693-0.03820.16361.2456-0.40560.9699-0.03310.07340.1309-0.1729-0.0743-0.4302-0.11330.1473-0.00860.1693-0.01090.08120.1580.04480.239919.754749.562524.654
101.1872-0.4060.03721.5317-0.26561.2934-0.13470.12760.1977-0.40890.19650.0857-0.0699-0.11720.06840.41350.0353-0.00370.28620.17930.30073.356761.762610.4964
111.2449-0.17070.91070.27310.11094.0467-0.12140.26490.2218-0.49470.27660.4636-0.1305-0.5523-0.14660.4295-0.0565-0.11730.34640.18270.3079-2.848359.54512.0073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 24:63)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 64:138)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 139:195)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 196:280)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 281:305)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 306:358)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 359:383)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 24:63)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 64:280)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 281:340)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 341:383)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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