PDB-3t15: Structure of green-type Rubisco activase from tobacco

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t15

タイトル

Structure of green-type Rubisco activase from tobacco

要素

Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Rubisco activase / AAA+ protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase activator activity / chloroplast stroma / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Stotz, M. / Wendler, P. / Mueller-Cajar, O. / Hartl, F.U. / Bracher, A. / Hayer-Hartl, M.

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Structure of green-type Rubisco activase from tobacco.
著者: Mathias Stotz / Oliver Mueller-Cajar / Susanne Ciniawsky / Petra Wendler / F Ulrich Hartl / Andreas Bracher / Manajit Hayer-Hartl /

要旨: Rubisco, the enzyme that catalyzes the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis, is subject to inactivation by inhibitory sugar phosphates. Here we report the 2.95-Å crystal structure of ...

履歴

登録	2011年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月23日	Group: Database references
改定 1.2	2011年12月28日	Group: Database references
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.4	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t15.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t15.ent.gz	88.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3t15_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t15_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	3t15_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	3t15_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t15	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1940C 3zw6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xw2-d 2aji-d 2ilk-1 5djz-d 6d82-d 3es6-1 5l0d-1 6mo2-d 3czb-3 3oln-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.635, 103.635, 56.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

詳細

THE ANALYSIS OF THE CBBX PROTEIN IN SOLUTION AND EM STUDIES SUGGEST THAT THE BIOLOGICALLY ACTIVE OLIGOMER IS A HEXAMER, BUT IT CANNOT BE GENERATED BY THE APPLICATION OF SYMMETRY OPERATORS TO THE CHAINS IN THE COORDINATE FILE.

#1: タンパク質	Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic / RA 1 / RuBisCO activase 1 分子量: 32856.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: Rca1 / プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q40460

#1: タンパク質

Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic / RA 1 / RuBisCO activase 1

分子量: 32856.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: Rca1 / プラスミド: pHUE / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q40460

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 50 mM MES-Na pH 6.0 and 350 mM magnesium formate, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.5 % / Av σ(I) over netI: 9.7 / 数: 29140 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_sym value: 0.053 / D res high: 3.312 Å / D res low: 47.946 Å / Num. obs: 5298 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
10.47	47.95	98.5	1	0.029	0.029	5.1
7.41	10.47	100	1	0.027	0.027	5.3
6.05	7.41	100	1	0.037	0.037	5.5
5.24	6.05	100	1	0.04	0.04	5.5
4.68	5.24	100	1	0.04	0.04	5.6
4.28	4.68	100	1	0.053	0.053	5.6
3.96	4.28	100	1	0.097	0.097	5.6
3.7	3.96	100	1	0.184	0.184	5.6
3.49	3.7	100	1	0.385	0.385	5.7
3.31	3.49	98.1	1	0.612	0.612	5.3

反射

解像度: 2.949→51.848 Å / Num. all: 7453 / Num. obs: 7453 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.95-3.11	3.7	0.505	1.5	3960	1065	0.505	100
3.11-3.3	3.7	0.247	3.2	3822	1022	0.247	99.9
3.3-3.53	3.7	0.113	6.6	3516	952	0.113	100
3.53-3.81	3.7	0.074	9.7	3347	906	0.074	100
3.81-4.17	3.6	0.057	11.3	2990	822	0.057	100
4.17-4.66	3.7	0.049	11.6	2779	756	0.049	100
4.66-5.39	3.6	0.048	11.4	2410	670	0.048	100
5.39-6.6	3.5	0.048	12	1991	562	0.048	99.8
6.6-9.33	8.3	0.062	8.7	3690	445	0.062	100
9.33-56.725	6.2	0.061	8.6	1564	253	0.061	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	33.316	46.83	7.503	S	20	1
2	26.382	51.369	-1.644	S	20	0.824
3	46.362	42.132	-12.373	S	20	0.8
4	45.257	62.223	0.206	S	20	0.75
5	54.118	61.817	4.747	S	20	0.583
6	31.864	51.493	4.48	S	20	0.572
7	64.851	58.2	1.362	S	20	0.501
8	51.495	59.39	27.031	S	20	0.493
9	28.194	41.506	1.624	S	20	0.492
10	36.422	49.869	-15.204	S	20	0.384
11	68.117	66.627	3.479	S	20	0.312
12	32.883	40.73	9.432	S	20	0.3
13	59.283	61.026	7.951	S	20	0.26
14	36.744	52.206	17.08	S	20	0.248
15	34.847	27.746	-0.415	S	20	0.161
16	58.464	73.693	3.268	S	20	0.11
17	33.047	51.846	9.481	S	20	0.05

Phasing dm

FOM : 0.61 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.61 / 反射: 5404 / Reflection acentric: 4954 / Reflection centric: 450

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.4-47.923	0.98	0.98	0.99	248	194	54
5.9-9.4	0.92	0.93	0.86	729	644	85
4.7-5.9	0.85	0.86	0.76	909	828	81
4.1-4.7	0.73	0.73	0.69	919	852	67
3.5-4.1	0.44	0.45	0.32	1607	1499	108
3.3-3.5	0.2	0.21	0.12	992	937	55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / WR_factor R_free: 0.3269 / WR_factor R_work: 0.2716 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.761 / SU B: 47.761 / SU ML: 0.406 / SU R Cruickshank DPI: 0.3741 / SU R_free: 0.4735 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2962	350	4.7 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.2292	7051	99.93 %	-
all	-	7056	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 210.76 Å² / B_iso mean: 117.6419 Å² / B_iso min: 80.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.81 Å²	0.9 Å²	0 Å²
2-	-	1.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1919	0	0	0	1919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.449	1.959	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.81	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.059	24.744	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.922	15	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.891	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.267	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.435	1.5	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.771	2	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.185	3	705
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.983	4.5	599

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.025 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	27	-
R_work	0.288	494	-
all	-	521	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	32.3803	-8.2345	8.4307	2.712	1.1371	19.6165	-0.4032	0.4364	1.6888	-0.3394	0.0345	-3.2018	-0.7891	0.4721	0.3687	0.0811	-0.0606	-0.1412	-0.1078	0.1346	0.3079	30.8417	35.4545	-4.7065
2	6.154	-2.542	1.2179	5.1663	-0.9179	4.8272	-0.6501	-1.0044	-0.4634	1.1417	0.3179	0.4227	0.5383	-0.5694	0.3322	0.1937	0.092	-0.0591	0.1573	-0.0488	-0.1941	13.9145	32.1544	3.3552
3	17.1131	12.0276	11.6827	9.4276	5.7867	14.0082	-0.6504	-0.5978	-0.9008	0.9362	0.3379	3.6836	0.1448	-1.3814	0.3125	0.5612	0.0555	0.3637	0.8335	0.0486	0.1979	1.2242	28.8378	8.7897
4	3.5576	-1.5252	1.3784	3.3928	-2.2792	3.425	0.1569	0.3346	0.0353	0.0312	-0.4423	-0.6608	0.2495	0.1997	0.2854	0.1147	0.059	-0.0557	-0.0793	0.0866	-0.0813	41.2302	14.4512	-3.6981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	68 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	145 - 176
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	219 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	237 - 252
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	191 - 207
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	253 - 360

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関連情報:EMDBヘッダ

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