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- EMDB-1940: Negative stain EM density of green-type rubisco activase (R294V) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1940
タイトルNegative stain EM density of green-type rubisco activase (R294V) from tobacco
マップデータNegative stain EM density of green-type rubisco activase from tobacco. Hexameric model based on p97 D2 ring is fitted into the structure.
試料
  • 試料: Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V)
  • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase activase 1, chloroplastic
キーワードgreen type rubisco activase / AAA+ protein / ATPase / negative stain EM
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase activator activity / chloroplast stroma / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase-like / : / Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase, AAA, helical / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Stotz M / Mueller-Cajar O / Ciniawsky S / Wendler P / Hartl FU / Bracher A / Hayer-Hartl M
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Structure of green-type Rubisco activase from tobacco.
著者: Mathias Stotz / Oliver Mueller-Cajar / Susanne Ciniawsky / Petra Wendler / F Ulrich Hartl / Andreas Bracher / Manajit Hayer-Hartl /
要旨: Rubisco, the enzyme that catalyzes the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis, is subject to inactivation by inhibitory sugar phosphates. Here we report the 2.95-Å crystal structure of ...Rubisco, the enzyme that catalyzes the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis, is subject to inactivation by inhibitory sugar phosphates. Here we report the 2.95-Å crystal structure of Nicotiana tabacum Rubisco activase (Rca), the enzyme that facilitates the removal of these inhibitors. Rca from tobacco has a classical AAA(+)-protein domain architecture. Although Rca populates a range of oligomeric states when in solution, it forms a helical arrangement with six subunits per turn when in the crystal. However, negative-stain electron microscopy of the active mutant R294V suggests that Rca functions as a hexamer. The residues determining species specificity for Rubisco are located in a helical insertion of the C-terminal domain and probably function in conjunction with the N-domain in Rubisco recognition. Loop segments exposed toward the central pore of the hexamer are required for the ATP-dependent remodeling of Rubisco, resulting in the release of inhibitory sugar.
履歴
登録2011年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年8月26日-
マップ公開2011年11月11日-
更新2011年12月9日-
現状2011年12月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3zw6
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-1940.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1940.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM density of green-type rubisco activase from tobacco. Hexameric model based on p97 D2 ring is fitted into the structure.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.31 Å/pix.
x 128 pix.
= 423.424 Å		3.31 Å/pix.
x 128 pix.
= 423.424 Å		3.31 Å/pix.
x 128 pix.
= 423.424 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.308 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.173051 - 0.324286
平均 (標準偏差)0.000455577 (±0.00858295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 423.424 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.3083.3083.308
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z423.424423.424423.424
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1730.3240.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V)

全体名称: Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V)
要素
  • 試料: Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V)
  • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase activase 1, chloroplastic

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超分子 #1000: Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V)

超分子名称: Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hexamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa / 手法: DSS cross linking, gel filtration

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分子 #1: Ribulose bisphosphate carboxylase activase 1, chloroplastic

分子名称: Ribulose bisphosphate carboxylase activase 1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Rubisco Activase (Rca)
詳細: Hexamer assembles upon addition of 1 mM ATPgammaS at 25 deg C
コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ) / 別称: Common tobacco / Organelle: Chloroplast
分子量実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pHUENtRca
配列InterPro: ATPase, AAA-type, core

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.044 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 2mM MgCl2,1mM ATPgammaS
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Grids were stained twice with 2% w/v uranyl acetate
グリッド詳細: Plain carbon
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected for at 110k magnification
日付2011年6月22日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.95 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.47 µm
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping, each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC, IMAGIC, SPIDER / 使用した粒子像数: 599

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3t15

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body. A module of alpha helical domain and alpha-beta domain of neighbouring subunit was overlaid with p97 D2 (3CF3) structure and the hexamer was fitted into the EM map
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Local minimisation, fit in map
得られたモデル

PDB-3zw6:
MODEL OF HEXAMERIC AAA DOMAIN ARRANGEMENT OF GREEN-TYPE RUBISCO ACTIVASE FROM TOBACCO.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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