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- PDB-3czb: Crystal structure of putative transglycosylase from Caulobacter c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3czb
タイトルCrystal structure of putative transglycosylase from Caulobacter crescentus
要素Putative transglycosylase
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan turnover / outer membrane / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization
類似検索 - 分子機能
Barwin-like endoglucanases / Lytic transglycosylase MltA, domain B / Membrane-bound lytic murein transglycosylase A / MltA specific insert domain / MltA specific insert domain / 3D domain / 3D domain / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Ribosomal Protein L25; Chain P ...Barwin-like endoglucanases / Lytic transglycosylase MltA, domain B / Membrane-bound lytic murein transglycosylase A / MltA specific insert domain / MltA specific insert domain / 3D domain / 3D domain / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Ribosomal Protein L25; Chain P / Barwin-like endoglucanases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
peptidoglycan lytic exotransglycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter crescentus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Chattopadhyay, K. / Toro, R. / Wasserman, S. / Freeman, J. / Logan, C. / Bain, K. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. ...Ramagopal, U.A. / Chattopadhyay, K. / Toro, R. / Wasserman, S. / Freeman, J. / Logan, C. / Bain, K. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative transglycosylase from Caulobacter crescentus.
著者: Ramagopal, U.A. / Chattopadhyay, K. / Toro, R. / Wasserman, S. / Freeman, J. / Logan, C. / Bain, K. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transglycosylase
B: Putative transglycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3359
ポリマ－74,6632
非ポリマー6727
水2,954164
1
A: Putative transglycosylase
ヘテロ分子

B: Putative transglycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3359
ポリマ－74,6632
非ポリマー6727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z+2/31
Buried area1570 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area30890 Å2
手法PISA
2
A: Putative transglycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5243
ポリマ－37,3311
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Putative transglycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8126
ポリマ－37,3311
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.604, 129.604, 88.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Putative transglycosylase


分子量: 37331.414 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 56-395 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア)
株: CB15 / 遺伝子: CC_3740 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9A226
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 4% 2,2,2-Trifluoroethanol, 1.6M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 31-ID10.979
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.979
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2008年4月1日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年4月5日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 22.5 % / Av σ(I) over netI: 6.2 / 数: 678563 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 0.96 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30161 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385099.210.072.47420.8
4.275.3810010.0681.66522.4
3.734.2710010.0741.24822.6
3.393.7310010.0940.9222.7
3.153.3910010.1260.70622.8
2.963.1510010.1870.60122.8
2.822.9610010.2740.55422.8
2.692.8210010.4110.51622.8
2.592.6910010.6050.49822.7
2.52.5910010.8150.47722.6
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 30161 / Num. obs: 30161 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5922.60.81529510.4771,2100
2.59-2.6922.70.60530030.4981,2100
2.69-2.8222.80.41129780.5161,2100
2.82-2.9622.80.27429920.5541,2100
2.96-3.1522.80.18730140.6011,2100
3.15-3.3922.80.12629800.7061,2100
3.39-3.7322.70.09430210.921,2100
3.73-4.2722.60.07430141.2481,2100
4.27-5.3822.40.06830671.6651,2100
5.38-5020.80.0731412.4741,299.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→30.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.618 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1544 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 30123 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20.4 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4866 0 35 164 5065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.9766837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0135647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.42921.943211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.63515726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7511550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.43380
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.5375
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9423286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.86135106
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3921955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.25431731
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 127 -
Rwork0.33 2023 -
all-2150 -
obs--99.44 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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