PDB-3t14: Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Cys128Ala var...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t14

タイトル

Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Cys128Ala variant from Acidithiobacillus ferrooxidans with bound disulfide

要素

Sulfide-quinone reductase, putative

キーワード

OXIDOREDUCTASE / sulfide:quinone oxidoreductase / Cys128Ala variant / integral monotopic membrane protein / complex with disulfide

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial sulfide:quinone reductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / aerobic electron transport chain / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / quinone binding / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Cherney, M.M. / Zhang, Y. / James, M.N.G. / Weiner, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure-activity characterization of sulfide:quinone oxidoreductase variants.
著者: Cherney, M.M. / Zhang, Y. / James, M.N. / Weiner, J.H.

履歴

登録	2011年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月7日	Group: Other
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t14.cif.gz	183.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t14.ent.gz	144.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t14_validation.pdf.gz	933.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t14_full_validation.pdf.gz	940.4 KB	表示
XML形式データ	3t14_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	3t14_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sx6C 3sxiC 3sy4C 3syiC 3sz0C 3szcC 3szfC 3szwC 3t0kC 3t2kC 3t2yC 3hyv 3hyw 3hyx 3kpk 3t2z 3t31 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t0k-1 3szw-1 3sx6-1 3szf-1 3sz0-1 3t31-1 3sxi-1 3vny-2 3szc-1 3t2z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sulfide-quinone reductase, putative

ヘテロ分子

49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfide-quinone reductase, putative

ヘテロ分子

A: Sulfide-quinone reductase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.700, 149.700, 81.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質	Sulfide-quinone reductase, putative 分子量: 47733.895 Da / 分子数: 1 / 変異: C128A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア) 株: ATCC 23270 / DSM 14882 / NCIB 8455 / 遺伝子: AFE_1792 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7JBP8
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 191分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S
#6: 化合物	ChemComp-S2H / Hydrogen disulfide / 二硫化水素分子量: 66.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30% PEG 600, 0.1 M bis-tris buffer, 0.1 M MgSO4, 0.05% DDM, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月28日
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→43.22 Å / Num. all: 27334 / Num. obs: 24355 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.142 / R_sym value: 0.142 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.978 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3889 / R_sym value: 0.978 / % possible all: 69.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.21→43.215 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2329	2331	5.12 %	random
R_work	0.1733	-	-	-
obs	0.1763	24355	89.01 %	-
all	-	51111	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.731 Å² / k_sol: 0.337 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.7539 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.7539 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.5079 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→43.215 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3221	0	106	185	3512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3416
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.127	4632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.116	1284
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	501
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.21-2.2551	0.4268	72	0.3153	1313	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2551-2.3041	0.2919	117	0.2705	2243	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3041-2.3577	0.2812	161	0.2416	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3577-2.4167	0.2909	120	0.2521	2844	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4167-2.482	0.3377	162	0.2367	2824	X-RAY DIFFRACTION	99
2.482-2.5551	0.2802	158	0.2137	2819	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5551-2.6375	0.2583	168	0.2138	2821	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6375-2.7318	0.3396	88	0.2236	1595	X-RAY DIFFRACTION	56
2.7318-2.8411	0.3575	166	0.2186	2812	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8411-2.9704	0.2907	147	0.1973	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9704-3.127	0.2815	162	0.1804	2859	X-RAY DIFFRACTION	99
3.127-3.3228	0.2202	184	0.1806	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3228-3.5793	0.2282	111	0.1592	2318	X-RAY DIFFRACTION	81
3.5793-3.9392	0.1469	95	0.1434	1718	X-RAY DIFFRACTION	74
3.9392-4.5087	0.1732	140	0.1248	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5087-5.6785	0.1785	150	0.1239	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6785-43.2229	0.22	130	0.1712	2875	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4649	0.8098	-0.1472	1.9931	-0.3252	0.873	0.026	-0.3565	-0.1195	0.3762	-0.0391	0.1403	0.004	-0.2625	-0.0015	0.2838	-0.043	0.0427	0.3229	0.0328	0.2167	40.626	-26.796	12.2489
2	2.2266	-0.4853	-0.1611	2.9572	-0.5195	1.9926	0.0682	-0.1941	0.0441	0.2866	-0.1128	-0.76	-0.1659	0.3071	0.0458	0.2098	-0.0626	-0.0425	0.2568	0.0338	0.4635	64.4148	-17.1479	6.1879
3	4.2512	0.4461	-0.1006	1.9383	-0.5087	0.8876	-0.0081	0.338	0.057	-0.1267	0.0687	-0.0745	0.1488	-0.2185	-0.0521	0.2177	-0.0382	0.0081	0.2728	-0.0002	0.1731	45.7678	-25.8313	-2.5634
4	2.4355	0.9182	-0.3788	3.7845	-0.1321	2.3125	0.0604	0.0172	0.2125	-0.222	0.1026	0.3293	0.0054	-0.5914	-0.1192	0.2041	-0.0057	0.0454	0.2748	0.0444	0.3032	43.6347	-10.3095	-1.882
5	4.0507	3.3772	-3.7908	3.4281	-2.8432	3.5799	0.1442	0.0592	0.8974	0.4434	0.1286	0.6831	0.0521	-0.4303	-0.2519	0.3718	0.0628	0.1065	0.3501	-0.022	0.4207	42.1025	-7.3433	11.6873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:161)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 162:232)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 233:341)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 342:377)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 378:410)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-
非ポリマー , 5種, 191分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-非ポリマー , 5種, 191分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-
非ポリマー , 5種, 191分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)