PDB-3t0k: Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase from Acidithi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t0k

タイトル

Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase from Acidithiobacillus ferrooxidans with bound trisulfide and decylubiquinone

要素

Sulfide-quinone reductase, putative

キーワード

OXIDOREDUCTASE / sulfide:quinone oxidoreductase / integral monotopic membrane protein / complex with tetrasulfur and decylubiquinone

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial sulfide:quinone reductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / quinone binding / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 精密化 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cherney, M.M. / Zhang, Y. / James, M.N.G. / Weiner, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure-activity characterization of sulfide:quinone oxidoreductase variants.
著者: Cherney, M.M. / Zhang, Y. / James, M.N. / Weiner, J.H.

履歴

登録	2011年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月7日	Group: Other

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t0k.cif.gz	179.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t0k.ent.gz	149.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t0k_validation.pdf.gz	928.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t0k_full_validation.pdf.gz	935.6 KB	表示
XML形式データ	3t0k_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	3t0k_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sx6C 3sxiC 3sy4C 3syiC 3sz0C 3szcC 3szfC 3szwC 3t14C 3t2kC 3t2yC 3hyv 3hyw 3hyx 3kpk 3t2z 3t31 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t14-1 3sx6-1 3szw-1 3sz0-1 3szf-1 3t31-1 3sxi-1 3vny-2 3szc-1 3t2z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sulfide-quinone reductase, putative

ヘテロ分子

49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfide-quinone reductase, putative

ヘテロ分子

A: Sulfide-quinone reductase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.960, 149.960, 82.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Sulfide-quinone reductase, putative 分子量: 47765.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 (バクテリア) 株: ATCC 23270 / DSM 14882 / NCIB 8455 / 遺伝子: AFE_1792 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7JBP8

-
非ポリマー , 6種, 228分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-DCQ / 2-decyl-5,6-dimethoxy-3-methylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / decylubiquinone / デシルユビキノン分子量: 322.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₀O₄
#4: 化合物	ChemComp-S3H / trisulfane / 三硫化水素分子量: 98.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S₃
#5: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30% PEG 600, 0.1 M bis-tris buffer,0.1 M MgSO4, 5 mM decylubiquinone, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日
放射	モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50.9 Å / Num. all: 37192 / Num. obs: 33510 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.105 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 14.7 % / R_merge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / R_sym value: 1.022 / % possible all: 82.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	位相決定

精密化

構造決定の手法: 精密化 / 解像度: 2→39.12 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	3146	5.01 %
R_work	0.18	-	-
obs	0.1823	33510	90.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.295 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.6422 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.6422 Å²	-0 Å²
3-	-	-	11.2845 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3222	0	88	220	3530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	4611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.547	1252
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0313	0.3714	181	0.3279	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0313-2.0646	0.3536	154	0.3077	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0646-2.1002	0.217	73	0.2514	1274	X-RAY DIFFRACTION	42
2.1002-2.1384	0.284	153	0.239	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1384-2.1795	0.2532	147	0.2303	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1795-2.224	0.2908	144	0.2063	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.2723	0.2629	39	0.2086	1176	X-RAY DIFFRACTION	38
2.2723-2.3252	0.2156	153	0.194	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3252-2.3833	0.2267	159	0.2036	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3833-2.4477	0.263	190	0.2039	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4477-2.5198	0.2406	134	0.1926	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.6011	0.2487	174	0.2085	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6011-2.694	0.3142	105	0.2123	1779	X-RAY DIFFRACTION	59
2.694-2.8018	0.2717	172	0.1999	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8018-2.9293	0.2198	175	0.19	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9293-3.0837	0.2603	141	0.1955	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0837-3.2768	0.2413	155	0.1993	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2768-3.5297	0.2226	143	0.1822	2430	X-RAY DIFFRACTION	82
3.5297-3.8846	0.1906	115	0.1683	2211	X-RAY DIFFRACTION	78
3.8846-4.446	0.2021	113	0.1412	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.446-5.5989	0.1799	150	0.1326	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5989-39.1272	0.2206	176	0.1791	2975	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1169	0.5455	0.0514	3.2596	-0.537	0.9723	0.0814	-0.2856	-0.1591	0.4934	-0.0914	-0.0454	-0.0033	-0.2602	0.0114	0.3405	-0.1034	0.0077	0.4292	0.0616	0.1882	40.6203	-26.5939	12.2324
2	0.9527	-0.2368	0.0656	2.3391	-0.1381	0.089	0.1532	0.0329	0.1747	0.441	-0.5018	-2.1514	-0.2845	0.528	-0.0221	-0.0301	-0.3834	-0.1161	0.1346	0.203	0.9391	64.4343	-17.118	6.1475
3	1.9048	0.701	0.1083	3.3305	-0.8981	1.0312	-0.0142	0.2315	-0.086	-0.3625	0.0154	-0.3896	0.2258	-0.1382	-0.0225	0.3175	-0.0694	0.052	0.4005	0.012	0.2267	45.7516	-25.8621	-2.5242
4	1.4887	0.0387	-0.5474	2.6701	-0.9289	0.8938	0.0373	0.0219	0.1078	-0.1395	0.1188	0.1577	0.1318	-0.5146	-0.1749	0.3355	-0.079	0.0399	0.4012	0.0464	0.268	43.7116	-10.3374	-1.9742
5	1.8134	1.1046	-1.5833	2.4057	-1.2018	2.5249	-0.0224	0.1061	0.3553	0.4827	0.1138	0.2954	-0.1104	-0.5447	-0.0225	0.3836	0.0347	0.0678	0.4007	-0.0024	0.3575	42.17	-7.2124	11.4226

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:161)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 162:232)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 233:341)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 342:377)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 378:410)

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