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- PDB-3t0j: Crystal structure of inositol monophosphatase - II from Staphyloc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t0j
タイトルCrystal structure of inositol monophosphatase - II from Staphylococcus aureus MSSA476
要素Inositol monophosphatase family protein
キーワードHYDROLASE / FIG superfamily / Phosphatase
機能・相同性D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Dutta, A. / Bhattacharyya, S. / Dutta, D. / Das, A.K.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of inositol monophosphatase - II from Staphylococcus aureus MSSA476
著者: Dutta, A. / Bhattacharyya, S. / Dutta, D. / Das, A.K.
履歴
登録2011年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol monophosphatase family protein
B: Inositol monophosphatase family protein
C: Inositol monophosphatase family protein
D: Inositol monophosphatase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,38614
ポリマ－125,8414
非ポリマー1,54510
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7910 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area41670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.137, 55.209, 149.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Inositol monophosphatase family protein / IMPase II


分子量: 31460.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MSSA476 / 遺伝子: SAS1042 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q6GAA7
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.3M Ammonium dihydrogen phosphate, 25% (w/v) PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月22日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.586→123.436 Å / Num. all: 37905 / Num. obs: 37905 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.59-2.7360.6870.6271.23150252750.2760.6870.627395.1
2.73-2.896.30.5420.4961.63310152580.2150.5420.4963.8100
2.89-3.096.30.3780.3472.23111849310.150.3780.3475.2100
3.09-3.346.30.2730.253.12902045960.1090.2730.257100
3.34-3.666.40.1680.1544.62684242260.0670.1680.15410.4100
3.66-4.096.30.1240.1146.62446338540.0490.1240.11413.6100
4.09-4.726.30.0980.0898.22162334090.0390.0980.08916.6100
4.72-5.786.30.0980.08981836028960.0390.0980.08916.2100
5.78-8.186.30.0990.097.91427922720.040.0990.0915.4100
8.18-19.7376.10.0530.04812.1720011880.0220.0530.04825.192.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 25.611 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2676 1899 5 %RANDOM
Rwork0.1831 ---
obs0.1874 37905 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.19 Å2 / Biso mean: 30.198 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å2-1.83 Å2
2--2.9 Å20 Å2
3----3.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8097 0 92 294 8483
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.9611372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17251045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45825.414399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.244151317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0591530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6151.55189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1528340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84733186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0344.53030
LS精密化 シェル解像度: 2.586→2.653 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 127 -
Rwork0.242 2441 -
all-2568 -
obs--90.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.104-0.53210.2931.0968-0.30941.05640.011-0.1222-0.06890.0858-0.0255-0.03240.0625-0.08680.01450.1359-0.01690.00180.01810.0010.0906-11.8626-28.073154.18
21.06450.1110.54710.90630.5113.04170.07720.1617-0.0334-0.0571-0.0258-0.08590.10340.1852-0.05140.02390.02070.0180.0330.00360.062.1643-19.756228.2414
32.3828-0.01730.07050.74430.43861.65740.02820.22580.05410.0235-0.0490.01010.0319-0.05730.02080.0169-0.0014-0.00140.07280.01310.0035-31.3013-19.41768.0582
41.30260.0379-0.08321.2141-0.72852.55870.01120.0465-0.03470.0850.03670.142-0.149-0.3972-0.04790.01920.03120.01920.1018-0.00040.0393-47.4467-11.831333.5633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 272
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 271
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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