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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3szw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Cys128Ser variant from Acidithiobacillus ferrooxidans in complex with decylubiquinone | ||||||
![]() | Sulfide-quinone reductase, putative | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / sulfide:quinone oxidoreductase / Cys128Ser variant / integral monotopic membrane protein / complex with decylubiquinone | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial sulfide:quinone reductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / quinone binding / nucleotide binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cherney, M.M. / Zhang, Y. / James, M.N.G. / Weiner, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-activity characterization of sulfide:quinone oxidoreductase variants. 著者: Cherney, M.M. / Zhang, Y. / James, M.N. / Weiner, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3sx6C ![]() 3sxiC ![]() 3sy4C ![]() 3syiC ![]() 3sz0C ![]() 3szcC ![]() 3szfC ![]() 3t0kC ![]() 3t14C ![]() 3t2kC ![]() 3t2yC ![]() 3t31S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 47749.895 Da / 分子数: 1 / 変異: C128S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 23270 / DSM 14882 / NCIB 8455 / 遺伝子: AFE_1792 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#3: 糖 | ChemComp-LMT / |
-非ポリマー , 5種, 294分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/DCQ.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DCQ.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-DCQ / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#6: 化合物 | ChemComp-H2S / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30% PEG 600, 0.1 M bis-tris buffer,0.1 M MgSO4, 0.05% DDM, 5 mM decylubiquinone, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日 |
放射 | モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→75 Å / Num. all: 27876 / Num. obs: 27876 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.5 % / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 21.6 % / Rmerge(I) obs: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 1.113 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 精密化 開始モデル: PDB ENTRY 3T31 解像度: 2.2→50.748 Å / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.88 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50.748 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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