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万見
- PDB-3szr: Crystal structure of modified nucleotide-free human MxA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3szr
タイトルCrystal structure of modified nucleotide-free human MxA
要素Interferon-induced GTP-binding protein Mx1
キーワードPROTEIN BINDING / Interferon-induced antiviral GTPase / membrane associated
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-27-mediated signaling pathway / response to type I interferon / negative regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / defense response / Interferon alpha/beta signaling / nuclear membrane / microtubule binding ...interleukin-27-mediated signaling pathway / response to type I interferon / negative regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / defense response / Interferon alpha/beta signaling / nuclear membrane / microtubule binding / defense response to virus / microtubule / innate immune response / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dynamin, middle domain / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. ...Dynamin, middle domain / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced GTP-binding protein Mx1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gao, S. / Daumke, O.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2011
タイトル: Structure of myxovirus resistance protein a reveals intra- and intermolecular domain interactions required for the antiviral function.
著者: Gao, S. / von der Malsburg, A. / Dick, A. / Faelber, K. / Schroder, G.F. / Haller, O. / Kochs, G. / Daumke, O.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22011年11月16日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced GTP-binding protein Mx1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1771
ポリマ－69,1771
非ポリマー00
水00
1
A: Interferon-induced GTP-binding protein Mx1

A: Interferon-induced GTP-binding protein Mx1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,3542
ポリマ－138,3542
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_553-x,y,-z-21
手法PISA
2
A: Interferon-induced GTP-binding protein Mx1

A: Interferon-induced GTP-binding protein Mx1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,3542
ポリマ－138,3542
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.820, 134.080, 58.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE BIOLOGICALLY RELEVANT ASSEMBLY IS LINEAR OLIGOMER CREATED BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY ALONG THE C-AXIS OF THE CRYSTAL.THERE ARE TWO INTERFACES INVOLVED IN THE BUILDING OF THE OLIGOMER WHICH IS SEEN IN THE ASSEMBLIES GIVEN IN REMARK 350.

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要素

#1: タンパク質 Interferon-induced GTP-binding protein Mx1 / Interferon-induced protein p78 / IFI-78K / Interferon-regulated resistance GTP-binding protein MxA ...Interferon-induced protein p78 / IFI-78K / Interferon-regulated resistance GTP-binding protein MxA / Myxoma resistance protein 1 / Myxovirus resistance protein 1 / Interferon-induced GTP-binding protein Mx1 / N-terminally processed


分子量: 69176.812 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-662 / 変異: Y440A,R441A,G442A,R443A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MX1 / プラスミド: pSKB-LNB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Rosetta / 参照: UniProt: P20591

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 7% PEG3350, 100 mM HEPES (pH 7.6), 80 mM NaCl, 2.5% 2-methyl-2,4-pentandiol (MPD), 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月30日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→35 Å / Num. all: 14649 / Num. obs: 10349 / % possible obs: 70.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.06 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 9.33
反射 シェル解像度: 3.5→4.15 Å / 冗長度: 3.03 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 1699 / Rsym value: 0.595 / % possible all: 29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0086精密化
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
iMOSFLMデータ削減
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2AKA chain B and PDB entry 3LJB chain B

2aka

3ljb


解像度: 3.5→34.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 85.978 / SU ML: 0.584 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R Free: 0.799 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2954 520 5 %RANDOM
Rwork0.2616 ---
all0.26324 14578 --
obs0.26324 9831 71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 140.837 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.29 Å20 Å2-1.4 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---1.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→34.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4507 0 0 0 4507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.9726148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17737800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5065552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34125.067223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24415897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9781529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02858
LS精密化 シェル解像度: 3.502→3.592 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 5 -
Rwork0.501 51 -
obs--5.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6063-0.94851.56115.60961.55118.719-0.3805-0.4068-1.03680.23310.3862-0.57980.91850.4325-0.00571.05280.9510.08461.10550.26220.6738.918-21.47430.724
26.6127-1.7997-0.70087.8728-4.72427.019-0.3022-0.3413-0.50390.24290.55750.33070.91521.1491-0.25530.55180.61680.01840.8321-0.09370.157823.213-3.98112.535
33.92651.4794-2.86316.2095-7.469814.4673-0.2304-0.48630.5749-0.14450.3086-0.0810.28910.753-0.07820.2480.03310.06460.3448-0.21970.362624.48412.613-45.562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A64 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 63
3X-RAY DIFFRACTION2A341 - 365
4X-RAY DIFFRACTION2A638 - 662
5X-RAY DIFFRACTION3A366 - 637

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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