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万見
- PDB-3sz9: Crystal structure of human ALDH2 modified with the beta-eliminati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sz9
タイトルCrystal structure of human ALDH2 modified with the beta-elimination product of Aldi-3; 1-(4-ethylbenzene)prop-2-en-1-one
要素Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / ALDH / Aldi-3 / inhibitor / Rossmann Fold / Oxidoreductase / Covalent adduct / Mitochondria / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / carboxylesterase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE / 1-(4-ethylphenyl)propan-1-one / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Perez-Miller, S. / Hurley, T.D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Discovery of a novel class of covalent inhibitor for aldehyde dehydrogenases.
著者: Khanna, M. / Chen, C.H. / Kimble-Hill, A. / Parajuli, B. / Perez-Miller, S. / Baskaran, S. / Kim, J. / Dria, K. / Vasiliou, V. / Mochly-Rosen, D. / Hurley, T.D.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Alda-1 is an agonist and chemical chaperone for the common human aldehyde dehydrogenase 2 variant
著者: Perez-Miller, S. / Younus, H. / Vanam, R. / Chen, C.-H. / Mochly-Rosen, D. / Hurley, T.D.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Activation of Aldehyde Dehydrogenase-2 Reduces Ischemic Damage to the Heart
著者: Chen, C.-H. / Budas, G.R. / Churchill, E.N. / Disatnik, M.-H. / Hurley, T.D. / Mochly-Rosen, D.
履歴
登録2011年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
C: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
E: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
G: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)439,84563
ポリマ－435,9978
非ポリマー3,84855
水46,7312594
1
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,79213
ポリマ－108,9992
非ポリマー79311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area34620 Å2
手法PISA
2
C: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,03717
ポリマ－108,9992
非ポリマー1,03815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area34840 Å2
手法PISA
3
E: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,16219
ポリマ－108,9992
非ポリマー1,16217
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area34670 Å2
手法PISA
4
G: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,85414
ポリマ－108,9992
非ポリマー85512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area34730 Å2
手法PISA
5
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
C: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,83030
ポリマ－217,9994
非ポリマー1,83126
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20690 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area59500 Å2
手法PISA
6
E: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
G: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,01633
ポリマ－217,9994
非ポリマー2,01729
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20780 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area59440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.522, 151.052, 177.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細There are two tetramers in the asymmetric unit (chains A, B, C, & D and chains E, F, G & H)

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / ALDH class 2 / ALDH-E2 / ALDHI


分子量: 54499.629 Da / 分子数: 8 / 断片: Mature sequence, UNP residues 18-517 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: lacks mitochondrial leader sequence / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH2, ALDM / プラスミド: pT-7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05091, aldehyde dehydrogenase (NAD+)

-
非ポリマー , 5種, 2649分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-I3E / 1-(4-ethylphenyl)propan-1-one / 1-(4-ethylphenyl)prop-2-en-1-one, bound form / p-エチルプロピオフェノン


分子量: 162.228 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE STARTING MATERIAL IS 1-(4-ETHYLPHENYL)PROP-2-EN-1-ONE. IT BINDS COVALENTLY TO CYS 302. I3E ...THE STARTING MATERIAL IS 1-(4-ETHYLPHENYL)PROP-2-EN-1-ONE. IT BINDS COVALENTLY TO CYS 302. I3E CORRESPONDS TO THE FINAL PRODUCT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: 100 MM ACES (N-[2-ACETAMIDO]-2-AMINOETHANE SULFONIC ACID), 10MM MGCL2, 100 MM GUANIDINE HCL, 16-17% W/V PEG 6000, 4MM DTT, pH 6.4, vapor diffusion, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月28日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 217889 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0.2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.145.40.529107750.908199.7
2.14-2.185.40.458108150.893199.9
2.18-2.225.50.408108330.919199.9
2.22-2.265.50.356108210.889199.9
2.26-2.315.50.31107910.885199.9
2.31-2.375.50.282108310.892199.9
2.37-2.425.50.255108530.882199.9
2.42-2.495.60.229107860.894199.7
2.49-2.565.60.197108550.879199.8
2.56-2.655.60.162108430.89199.9
2.65-2.745.60.157108740.903199.9
2.74-2.855.60.126108700.933199.8
2.85-2.985.60.11108850.972199.9
2.98-3.145.60.092109021.063199.9
3.14-3.335.50.083109291.317199.9
3.33-3.595.50.075109691.631100
3.59-3.955.50.065109721.8091100
3.95-4.525.40.049110031.524199.6
4.52-5.75.40.038111001.124199.8
5.7-505.60.033111821.066197.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1O05

1o05


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.077 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 5541 2.5 %RANDOM
Rwork0.1745 ---
obs0.1759 217729 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.92 Å2 / Biso mean: 26.0324 Å2 / Biso min: 6.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30393 0 260 2594 33247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02231436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1311.95542595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.18853945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76224.7271426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.656155102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.82515160
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.24673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02124164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0761.519683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.772231600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.199311753
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.824.510995
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 385 -
Rwork0.213 15451 -
all-15836 -
obs-15451 98.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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