ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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ADSC | Quantumデータ収集 | PHASER | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.6.4_486)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→25.574 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 26.4 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2342 | 2314 | 10.12 % | random |
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Rwork | 0.2087 | - | - | - |
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obs | 0.2113 | 22863 | 90.47 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.859 Å2 / ksol: 0.464 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 6.3499 Å2 | 1.8666 Å2 | -3.0107 Å2 |
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2- | - | 1.2253 Å2 | -6.4771 Å2 |
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3- | - | - | -7.5752 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.574 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1880 | 0 | 8 | 161 | 2049 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.002 | 1951 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.566 | 2632 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d8.939 | 747 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.038 | 295 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 333 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.8004-1.8372 | 0.3512 | 96 | 0.2845 | 894 | X-RAY DIFFRACTION | 65 | 1.8372-1.8771 | 0.3767 | 96 | 0.2857 | 921 | X-RAY DIFFRACTION | 70 | 1.8771-1.9208 | 0.3176 | 114 | 0.2415 | 1033 | X-RAY DIFFRACTION | 76 | 1.9208-1.9688 | 0.2895 | 144 | 0.2092 | 1113 | X-RAY DIFFRACTION | 85 | 1.9688-2.022 | 0.2584 | 144 | 0.2112 | 1169 | X-RAY DIFFRACTION | 90 | 2.022-2.0815 | 0.2462 | 135 | 0.2031 | 1256 | X-RAY DIFFRACTION | 94 | 2.0815-2.1486 | 0.2687 | 132 | 0.2035 | 1270 | X-RAY DIFFRACTION | 94 | 2.1486-2.2254 | 0.2327 | 145 | 0.2052 | 1259 | X-RAY DIFFRACTION | 96 | 2.2254-2.3144 | 0.2573 | 146 | 0.1979 | 1259 | X-RAY DIFFRACTION | 94 | 2.3144-2.4197 | 0.2529 | 137 | 0.2223 | 1272 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 2.4197-2.5471 | 0.2554 | 152 | 0.2188 | 1252 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 2.5471-2.7066 | 0.2638 | 139 | 0.2349 | 1294 | X-RAY DIFFRACTION | 96 | 2.7066-2.9153 | 0.2624 | 142 | 0.2375 | 1302 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 2.9153-3.2081 | 0.2244 | 143 | 0.2147 | 1291 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 3.2081-3.6712 | 0.2131 | 154 | 0.1995 | 1340 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 3.6712-4.6209 | 0.1821 | 149 | 0.1683 | 1315 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 4.6209-25.5768 | 0.2249 | 146 | 0.2179 | 1309 | X-RAY DIFFRACTION | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.9096 | -0.4783 | -1.0033 | 1.0411 | -0.075 | 1.8453 | 0.0374 | 0.2103 | -0.0491 | -0.1561 | -0.0901 | 0.0094 | -0.0119 | -0.2255 | 0.0553 | 0.1476 | 0.0195 | 0.0035 | 0.1991 | -0.0036 | 0.1264 | 6.4001 | 6.4654 | 2.0083 | 2 | 1.707 | 0.4413 | 1.6329 | 0.907 | 0.2199 | 2.4926 | -0.0489 | -0.2573 | 0.0683 | 0.2351 | -0.074 | 0.0803 | 0.1949 | -0.3673 | 0.1073 | 0.2246 | 0.0152 | 0.0084 | 0.2031 | -0.0118 | 0.164 | -6.4469 | 18.3866 | -17.0553 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B | |
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