PDB-3sz3: Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Vibrio cho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sz3

タイトル

Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Vibrio cholerae with an endogenous tryptophan

要素

Tryptophanyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Rossmann Fold

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Cooper, D.R. / Kudritska, M. / Chruszcz, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Vibrio cholerae with an endogenous tryptophan
著者: Cooper, D.R. / Kudritska, M. / Chruszcz, M. / Grabowski, M. / Anderson, W.F. / Minor, W.

履歴

登録	2011年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sz3.cif.gz	158 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sz3.ent.gz	123 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sz3_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sz3_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
XML形式データ	3sz3_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	3sz3_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3sz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3sz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n9iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m5w-d 6dfu-d 6ncr-d 3n9i-d 3tzl-d 2el7-d 2hfe-d 1d2r-2 4lbe-d 5ebw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90805

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophanyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophanyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

A: Tryptophanyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.020, 94.047, 47.036
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Tryptophanyl-tRNA synthetase / Tryptophan--tRNA ligase / TrpRS 分子量: 37747.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: trpS, VC_2623 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9KNV7, tryptophan-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 60% Tascimate, pH 7, vapor diffusion

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97903 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97903 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 54037 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 19.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.53	5.9	0.403	2646	0.562	1	98.5
1.53-1.55	6.1	0.346	2618	0.558	1	98.6
1.55-1.58	6.2	0.302	2666	0.574	1	99.2
1.58-1.62	6.3	0.26	2674	0.603	1	99.4
1.62-1.65	6.4	0.232	2656	0.62	1	99.5
1.65-1.69	6.5	0.2	2655	0.637	1	99.6
1.69-1.73	6.5	0.173	2674	0.682	1	99.7
1.73-1.78	6.6	0.152	2654	0.695	1	99.7
1.78-1.83	6.7	0.119	2691	0.738	1	99.8
1.83-1.89	6.7	0.099	2691	0.778	1	99.8
1.89-1.96	6.8	0.082	2703	0.824	1	99.7
1.96-2.04	6.9	0.064	2680	0.898	1	99.9
2.04-2.13	7	0.053	2695	0.951	1	99.9
2.13-2.24	7.1	0.046	2706	0.994	1	100
2.24-2.38	7.2	0.04	2725	1.038	1	100
2.38-2.56	7.3	0.036	2713	1.07	1	100
2.56-2.82	7.3	0.031	2731	1.126	1	100
2.82-3.23	7.3	0.027	2770	1.221	1	100
3.23-4.07	7.2	0.025	2783	1.502	1	100
4.07-40	6.7	0.031	2906	2.069	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N9I

3n9i

解像度: 1.5→26.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.1805 / WR_factor R_work: 0.1597 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8963 / SU B: 2.43 / SU ML: 0.044 / SU R Cruickshank DPI: 0.0711 / SU R_free: 0.0689 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.179	2745	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1596	-	-	-
obs	0.1606	53996	99.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.33 Å² / B_iso mean: 22.8065 Å² / B_iso min: 9.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2621	0	17	431	3069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.966	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.909	3	4706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.426	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.97	24.729	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.268	15	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.368	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.806	1.5	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.216	1.5	720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.407	2	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.105	3	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.372	4.5	977

LS精密化シェル

解像度: 1.503→1.542 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	192	-
R_work	0.185	3499	-
all	-	3691	-
obs	-	-	92.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2632	0.3139	-0.1251	0.7801	-0.146	0.2902	0.0088	-0.0014	0.0523	0.0145	0.0082	-0.0133	-0.0406	-0.028	-0.017	0.0257	-0.0048	-0.0082	0.0331	0.0099	0.0315	4.353	20.611	19.119
2	4.6179	2.034	-2.7716	3.9733	2.5452	6.2761	0.0761	-0.2709	-0.1408	0.0022	-0.1852	-0.0466	-0.0807	0.0755	0.1091	0.048	-0.0063	-0.0103	0.0456	0.0182	0.041	4.293	7.943	23.752
3	0.572	0.0913	-0.115	0.986	0.2605	0.5273	-0.0118	0.1638	0.0936	-0.2079	0.0234	0.0558	-0.0068	-0.0043	-0.0115	0.0783	-0.0051	-0.022	0.0655	0.0268	0.0214	-6.287	9.365	7.434
4	2.0073	-1.9177	0.2109	5.2547	-1.4201	1.3094	0.3832	0.4054	0.2754	-0.5988	-0.5038	-0.2971	0.0578	0.0406	0.1206	0.1151	0.0843	0.0578	0.1051	0.055	0.0504	13.451	42.992	5.582
5	0.8408	-0.472	0.2839	4.9999	-3.3688	2.8366	0.0686	-0.1415	0.0416	0.248	-0.1776	-0.181	-0.2382	0.0829	0.1091	0.0498	-0.0372	-0.0296	0.0666	0.0289	0.0657	16.253	26.747	25.539
6	3.068	2.1243	1.4923	2.179	1.0433	0.9013	0.0481	-0.1729	0.0473	0.0878	-0.117	0.0716	0.0056	-0.0336	0.0689	0.0313	-0.0184	-0.002	0.0461	0.0075	0.0153	-2.368	8.843	26.903

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	84 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	86 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	189 - 288
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	289 - 303
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	304 - 333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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