[日本語] English
万見
- PDB-3sy8: Crystal structure of the response regulator RocR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sy8
タイトルCrystal structure of the response regulator RocR
要素RocR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / TIM barrel phosphodiesterase-A
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / phosphorelay signal transduction system / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic di-GMP phosphodiesterase RocR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen, M.W. / Kotaka, M. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Lescar, J.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the regulatory mechanism of the response regulator RocR from Pseudomonas aeruginosa in cyclic Di-GMP signaling.
著者: Chen, M.W. / Kotaka, M. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Rao, F. / Chuah, M.L.C. / Svergun, D. / Schneider, G. / Liang, Z.X. / Lescar, J.
履歴
登録2011年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RocR
B: RocR
C: RocR
D: RocR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,2469
ポリマ－175,9104
非ポリマー3365
水3,027168
1
A: RocR
B: RocR
C: RocR
D: RocR
ヘテロ分子

A: RocR
B: RocR
C: RocR
D: RocR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,49118
ポリマ－351,8208
非ポリマー67110
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area30620 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area117460 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14000 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area60040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.795, 118.795, 495.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質
RocR


分子量: 43977.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3947, rocR / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HX69
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 % / Mosaicity: 0.22 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15-20% PEG 3350, 5% glycerol, 0.2M sodium tartrate, 0.1M sodium HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 60623 / % possible obs: 82.9 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.187 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5990.62528880.97140.3
2.59-2.69100.46435261.135149.4
2.69-2.8210.80.30543540.983160.7
2.82-2.9611.30.20957031.043179.2
2.96-3.1512.90.14271031.113198.7
3.15-3.39130.08772021.21199.4
3.39-3.7312.70.05972531.348199.6
3.73-4.2712.70.03773221.269199.7
4.27-5.3812.50.0374321.171199.6
5.38-3011.40.02678401.296199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.76 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2853 3044 5 %RANDOM
Rwork0.2162 ---
obs0.2197 60309 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 148.74 Å2 / Biso mean: 66.4872 Å2 / Biso min: 21.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11699 0 19 168 11886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02211933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.98116185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.80551522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.12424.04495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.161152011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3271575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7891.57608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.518212196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.13734325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5934.53989
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 94 -
Rwork0.31 1983 -
all-2077 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30690.2772-0.96360.18510.06441.3094-0.05030.2427-0.0801-0.06710.0437-0.0324-0.1229-0.18710.00650.1132-0.029-0.0190.13040.01490.035751.097352.6499-15.8064
20.54720.2765-0.04190.8622-0.12730.2865-0.0340.0013-0.0665-0.08140.0092-0.0845-0.00580.0130.02480.07780.00720.00140.0339-0.01540.057958.298228.977314.2285
30.58130.1849-0.1610.2165-0.46211.5885-0.056-0.15960.0267-0.0144-0.0619-0.0508-0.35380.17290.11780.3416-0.0787-0.0190.07090.00160.048264.980670.613823.1401
40.91460.04020.10230.8975-0.48920.4923-0.1118-0.10280.2226-0.01920.05030.0055-0.1015-0.11010.06150.11550.0775-0.05440.0604-0.04920.07532.636563.875521.7834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 392
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 392
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 392
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 398

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る