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- PDB-3sxk: Zn2+-bound FCD domain of TM0439, a putative transcriptional regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sxk
タイトルZn2+-bound FCD domain of TM0439, a putative transcriptional regulator
要素Transcriptional regulator, GntR family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / FADR-C / FADR / GNTR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / TRANSCRIPTION REPRESSOR / ZINC-BINDING / NICKEL-BINDING / DNA-BINDING / SURFACE ENTROPY REDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Transcriptional regulator, GntR family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Zn2+-bound FCD domain of TM0439, a putative transcriptional regulator
著者: Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of Thermotoga maritima TM0439: implications for the mechanism of bacterial GntR transcription regulators with Zn2+-binding FCD domains.
著者: Zheng, M. / Cooper, D.R. / Grossoehme, N.E. / Yu, M. / Hung, L.W. / Cieslik, M. / Derewenda, U. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A. / Giedroc, D.P. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2011年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, GntR family
B: Transcriptional regulator, GntR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,49510
ポリマ－32,9192
非ポリマー5768
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.697, 79.977, 49.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 72:118 or resseq 121:211 ) and (not element H)A0
211chain 'B' and (resseq 72:118 or resseq 121:211 ) and (not element H)B0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.536423, 0.006519, 0.843924), (0.001839, -0.999959, 0.008893), (0.843947, 0.006323, 0.536389)
ベクター: 0.097316, -3.49212, 0.005457)
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, GntR family


分子量: 16459.686 Da / 分子数: 2 / 断片: Sequence database residues 75-211 / 変異: E118A, K119A, K122A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0439 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WYS0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 200 mM (NH4)2SO4, 100 mM BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350, 0.1 mM ZnCl2, 2 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月20日 / 詳細: Mirrors Rh/Pt coated
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→45 Å / Num. all: 39975 / Num. obs: 38096 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.63-1.663.30.18112780.992165.7
1.66-1.693.40.1614830.999173.7
1.69-1.723.40.15616451.039184
1.72-1.763.70.14119530.988196.2
1.76-1.794.10.11919151.012198.3
1.79-1.844.20.119861.02198.3
1.84-1.884.20.08919601.045198.7
1.88-1.934.20.07619611.013198.7
1.93-1.994.20.06120111.022198.9
1.99-2.054.20.05419560.986198.9
2.05-2.134.20.0519790.995199
2.13-2.214.20.04219681.023199
2.21-2.314.20.0419900.984199.4
2.31-2.434.20.03519830.968199.4
2.43-2.594.20.03519790.984199.5
2.59-2.794.20.03620001.038199.5
2.79-3.074.20.04120071.055199.8
3.07-3.514.20.05320111.087199.9
3.51-4.424.10.03720021.037199.8
4.42-454.10.02720290.948198.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_817精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB: 3FMS, Chain A: 72-211

3fms


解像度: 1.63→39.922 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8657 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1923 1017 2.67 %SCALEPACK2MTZ FREEFAC 0.05, RANDOM
Rwork0.1701 ---
obs0.1707 38057 95.19 %-
all-39980 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.428 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 125.25 Å2 / Biso mean: 27.8605 Å2 / Biso min: 9.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5556 Å20 Å2-4.9651 Å2
2---7.6176 Å2-0 Å2
3---6.1102 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→39.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2301 0 22 288 2611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0292408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7623240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007417
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.327932
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1103X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.336
12B1103X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.336
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6299-1.71590.30061140.23364010412473
1.7159-1.82340.23321610.20255433559497
1.8234-1.96420.20091270.16565449557699
1.9642-2.16180.20151640.15815461562599
2.1618-2.47460.17271330.15185538567199
2.4746-3.11750.2011590.165555435702100
3.1175-39.93360.1761590.17455606576599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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