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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3swz | ||||||
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タイトル | Human Cytochrome P450 17A1 in complex with TOK-001 | ||||||
![]() | Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase | ||||||
![]() | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / Cytochrome P450 / P450 / CYP17A1 / P450c17 / P450 17A1 / monooxygenase / 17a-hydroxylase / 17 / 20-lyase / heme protein / cytochrome P450 oxidoreductase / Galeterone / membrane / TOK-001 / VN/124-1 / microsome / endoplasmic reticulum / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process ...Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation / progesterone metabolic process / steroid biosynthetic process / steroid metabolic process / oxygen binding / iron ion binding / axon / neuronal cell body / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | DeVore, N.M. / Scott, E.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of cytochrome P450 17A1 with prostate cancer drugs abiraterone and TOK-001. 著者: Devore, N.M. / Scott, E.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 378.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 310.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 91.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-TOK / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 3350, 0.175 M Tris, 0.30 M ammonium sulfate, 3% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月18日 / 詳細: RH COATED FLAT MIRROR, TOROIDAL FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→37.08 Å / Num. obs: 92007 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 53.1 Å2 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 15.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3RUK 解像度: 2.4→37.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 9.339 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.294 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.79 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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