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- PDB-3swd: E. coli MurA in complex with UDP-N-acetylmuramic acid and covalen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3swd
タイトルE. coli MurA in complex with UDP-N-acetylmuramic acid and covalent adduct of PEP with Cys115
要素UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / MURA / CLOSE ENZYME STATE / CELL WALL / BIOGENESIS/DEGRADATION / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / : / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPZ / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Evidence of kinetic control of ligand binding and staged product release in MurA (enolpyruvyl UDP-GlcNAc synthase)-catalyzed reactions .
著者: Jackson, S.G. / Zhang, F. / Chindemi, P. / Junop, M.S. / Berti, P.J.
履歴
登録2011年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Other
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 0THIS ENTRY 3SWD REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R3ISSSF DETERMINED ...THIS ENTRY 3SWD REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R3ISSSF DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 3ISS: AUTHOR S.G.JACKSON,F.ZHANG,P.CHINDEMI,M.S.JUNOP,P.J.BERTI
Remark 200AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3ISS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
I: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
J: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
K: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
L: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)547,09024
ポリマ－538,93712
非ポリマー8,15312
水14,250791
1
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－44,9111
非ポリマー6791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,3638
ポリマ－179,6464
非ポリマー2,7184
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area52480 Å2
手法PISA
14
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,3638
ポリマ－179,6464
非ポリマー2,7184
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8770 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area52700 Å2
手法PISA
15
I: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
J: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
K: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
L: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,3638
ポリマ－179,6464
非ポリマー2,7184
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8590 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area53230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.510, 120.910, 139.730
Angle α, β, γ (deg.)111.52, 104.44, 90.19
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT


分子量: 44911.449 Da / 分子数: 12 / 変異: N67D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3189, JW3156, murA, murZ / プラスミド: PET41A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A749, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-EPZ / (2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid / UDP-N-アセチルムラミン酸


分子量: 679.416 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N3O19P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.3 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ISS

3iss


解像度: 2.5→47.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2837044.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 8367 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 167316 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.4465 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.53 Å21.29 Å24.09 Å2
2---4.04 Å2-1.92 Å2
3----0.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37716 0 528 791 39035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d11.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it8.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.552.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 1368 4.9 %
Rwork0.318 26414 -
obs--97.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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