[日本語] English
万見
- PDB-3su6: Crystal structure of NS3/4A protease variant A156T in complex wit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3su6
タイトルCrystal structure of NS3/4A protease variant A156T in complex with vaniprevir
要素NS3 protease, NS4A protein
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / serine protease / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b ...Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SU3 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Romano, K.P.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: The Molecular Basis of Drug Resistance against Hepatitis C Virus NS3/4A Protease Inhibitors.
著者: Romano, K.P. / Ali, A. / Aydin, C. / Soumana, D. / Ozen, A. / Deveau, L.M. / Silver, C. / Cao, H. / Newton, A. / Petropoulos, C.J. / Huang, W. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2011年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NS3 protease, NS4A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6256
ポリマ－21,5171
非ポリマー1,1085
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.981, 58.451, 59.829
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NS3 protease, NS4A protein


分子量: 21517.355 Da / 分子数: 1
断片: NS4A (UNP residues 1674-1688), NS3 (UNP residues 1027-1208)
変異: A1027S, P1028G, I1029D, L1039E, L1040E, I1043Q, I1044E, L1047Q, A1066T, C1073S, C1078L, I1098T, P1112Q, S1165A, C1185S, C1679S, V1686I, I1687N
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: subtype 1a, BID-V318 / 遺伝子: NS3-NS4A / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8DG50

-
非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物 ChemComp-SU3 / (5R,7S,10S)-10-tert-butyl-N-{(1R,2R)-1-[(cyclopropylsulfonyl)carbamoyl]-2-ethylcyclopropyl}-15,15-dimethyl-3,9,12-trioxo-6,7,9,10,11,12,14,15,16,17,18,19-dodecahydro-1H,5H-2,23:5,8-dimethano-4,13,2,8,11-benzodioxatriazacyclohenicosine-7(3H)-carboxamide / vaniprevir / MK-7009


分子量: 757.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H55N5O9S / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細VANIPREVIR (MK-7009) IS A MACROCYCLIC, PEPTIDOMIMETIC HCV NS3/4A PROTEASE INHIBITOR FROM MERCK. THE ...VANIPREVIR (MK-7009) IS A MACROCYCLIC, PEPTIDOMIMETIC HCV NS3/4A PROTEASE INHIBITOR FROM MERCK. THE DRUG MIMICS THE PEPTIDE BACKBONE OF PROTEINS, ALTHOUGH THE DRUG MOIETIES CANNOT BE SEQUENCED USING AMINO ACID NOMENCLATURE.
配列の詳細THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY ...THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY CORRESPOND TO RESIDUES NUMBERING 1678-1688 OF DATABASE SEQUENCE REFERENCE (UNP A8DG50). THIS PEPTIDE IS COVALENTLY LINKED TO THE N-TERMINUS OF NS3. C1679S MUTATION WAS ENGINEERED TO PREVENT DISULFIDE FORMATION. THE V1686I AND I1687N WERE ENGINEERED TO OPTIMIZE THE LINKER BETWEEN THE COFACTOR 4A AND NS3.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 20-25% PEG 3350, 0.1M MES (pH 6.5), 4% ammonium sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器日付: 2010年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 76300 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.1-1.142.70.32360151.003177.7
1.14-1.183.60.28473261.002193.9
1.18-1.245.30.25177611.003199.2
1.24-1.35.60.20577891199.4
1.3-1.395.70.15778221199.8
1.39-1.495.70.11378601199.9
1.49-1.645.80.08478741.001199.9
1.64-1.885.80.06979071.0011100
1.88-2.375.60.06479451.003199.4
2.37-505.80.03480011.002196.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→33.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.1762 / WRfactor Rwork: 0.1569 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9201 / SU B: 0.756 / SU ML: 0.017 / SU R Cruickshank DPI: 0.0297 / SU Rfree: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1653 3827 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.1508 76063 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.58 Å2 / Biso mean: 12.9318 Å2 / Biso min: 4.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→33.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 70 194 1686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.9992164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7793.0062456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4645212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73622.94151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25115229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0281510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0551.51013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2691.5418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74821634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4413559
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6554.5518
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.85432592
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 230 -
Rwork0.237 4095 -
all-4325 -
obs--75 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る