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- PDB-3stu: Crystal Structure of tomato Methylketone Synthase I complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3stu
タイトルCrystal Structure of tomato Methylketone Synthase I complexed with methyl-3-hydroxydodecanoate
要素Methylketone synthase 1
キーワードHYDROLASE / methylketone / alpha/beta hydrolase / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylesterase/Alpha-hydroxynitrile lyase / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl (3S)-3-hydroxydodecanoate / DECANOIC ACID / Methylketone synthase I
類似検索 - 構成要素
生物種Lycopersicon hirsutum f. glabratum (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Auldridge, M.E. / Austin, M.B. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Emergent Decarboxylase Activity and Attenuation of alpha/beta-Hydrolase Activity during the Evolution of Methylketone Biosynthesis in Tomato.
著者: Auldridge, M.E. / Guo, Y. / Austin, M.B. / Ramsey, J. / Fridman, E. / Pichersky, E. / Noel, J.P.
履歴
登録2011年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylketone synthase 1
B: Methylketone synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6644
ポリマ－58,2622
非ポリマー4032
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.197, 105.716, 59.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Methylketone synthase 1


分子量: 29130.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lycopersicon hirsutum f. glabratum (ナス科)
遺伝子: MKS1 / プラスミド: pHis9GW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E0YCS2
#2: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸


分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2
#3: 化合物 ChemComp-DK3 / methyl (3S)-3-hydroxydodecanoate / (S)-3-ヒドロキシドデカン酸メチル


分子量: 230.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M PIPES-Na+, 22% (w/v) PEG 8000, 0.3M NaBr, 2mM dithiothreitol, 2 hr soak in 1mM methyl-3-hydroxydodecanoate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月31日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→39.5 Å / Num. all: 44670 / Num. obs: 43407 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 36.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 2.151 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
1.93-1.973.50.49928750.4993.38598.7
1.97-2.023.80.30329961.944100
2.02-2.083.70.27429652.47299.5
2.08-2.143.80.229682.08199.9
2.14-2.213.80.15529781.92299.9
2.21-2.292.70.15121943.19573.7
2.29-2.383.80.11429611.747100
2.38-2.493.80.09729512.09399.8
2.49-2.623.80.0829832.11899.9
2.62-2.783.80.07129752.24799.5
2.78-33.80.06129772.03499.5
3-3.33.80.05529492.1399.6
3.3-3.783.60.05529452.12498.2
3.78-4.763.70.04129951.73199.7
4.76-503.70.04830401.77199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YAS

7yas


解像度: 1.93→39.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.149 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2423 2186 5 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
all0.238 44670 --
obs0.2163 43407 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.72 Å2 / Biso mean: 29.1645 Å2 / Biso min: 12.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3969 0 28 246 4243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0421.9875567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1795519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86425.068146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94315707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.222158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4951.52594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93924208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16531505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9594.51357
LS精密化 シェル解像度: 1.931→1.981 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 144 -
Rwork0.353 --
obs--93.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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