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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3stn | ||||||
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タイトル | Structure of human LFABP (apo-LFABP) | ||||||
要素 | Fatty acid-binding protein, liver | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / LFABP / Palmitic acid (パルミチン酸) / Fatty acid binding (脂肪酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / Triglyceride catabolism ...response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / phospholipid binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to hypoxia / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.595 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, A. / Sharma, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Fatty acid induced remodeling within the Human liver fatty acid binding protein 著者: Sharma, A. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3stn.cif.gz | 63.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3stn.ent.gz | 47.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3stn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/3stn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/3stn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14599.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP1, FABPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07148 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.15M potassium bromide, 30% polyethylene glycol monomethyl ether (PEG MME) 2000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 4305 / Num. obs: 4274 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.68 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / % possible all: 92.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.595→9.979 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.7322 / SU ML: 0 / σ(F): 0.65 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.797 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 160.35 Å2 / Biso mean: 65.6299 Å2 / Biso min: 25.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.595→9.979 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5945→9.9795 Å / Total num. of bins used: 1
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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