ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | MOLREP | | 位相決定 | | PHENIX | 1.7_650精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | MAR345dtb | | データ収集 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.595→9.979 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.7322 / SU ML: 0 / σ(F): 0.65 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2667 | 188 | 4.52 % |
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Rwork | 0.2447 | - | - |
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obs | 0.2465 | 4163 | 99.24 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.797 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 160.35 Å2 / Biso mean: 65.6299 Å2 / Biso min: 25.94 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.595→9.979 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 989 | 0 | 0 | 14 | 1003 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.003 | 1011 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.222 | 1356 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.016 | 159 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.001 | 173 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d23.857 | 382 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5945→9.9795 Å / Total num. of bins used: 1
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2667 | 188 | - |
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Rwork | 0.2447 | 3975 | - |
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all | - | 4163 | - |
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obs | - | - | 99 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.8827 | -0.1832 | -0.0374 | 1.8681 | -0.175 | 0.0172 | 0.1985 | 0.2531 | 0.2992 | 0.0659 | -0.3004 | -0.058 | 0.0372 | 0.0641 | 0.1217 | 0.4373 | 0.126 | 0.0643 | 0.4776 | -0.0183 | 0.3663 | 7.5051 | 0.2165 | -14.5232 | 2 | 0.7452 | 0.9929 | -0.052 | 1.347 | -0.1264 | 0.8907 | 0.242 | 0.0455 | 0.0686 | -0.1175 | 0.1027 | 0.8083 | 0.4574 | 0.2021 | -0.2742 | 0.4303 | 0.1469 | -0.2344 | 0.2842 | 0.0177 | 0.3547 | 3.5403 | -8.1672 | -19.4884 | 3 | 1.0966 | -0.9904 | 1.379 | 1.1412 | -1.6214 | 2.4803 | 0.1082 | -0.1586 | -0.3049 | -0.2494 | 0.3881 | 0.7131 | 0.3932 | -0.2408 | -0.5014 | 0.334 | -0.1 | -0.0049 | 0.3331 | 0.0233 | 0.5549 | 1.5064 | -15.9402 | -11.9143 | 4 | 0.718 | 0.6096 | -0.6236 | 0.9408 | 0.2228 | 1.8197 | 0.1406 | -0.0006 | -0.153 | 0.0098 | -0.1769 | -0.3784 | -0.1809 | 0.4757 | 0.0737 | 0.2062 | -0.0001 | -0.0031 | 0.365 | 0.0673 | 0.276 | 13.1042 | -8.1445 | -14.0282 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resseq 1:13)A0 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resseq 14:54)A0 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resseq 55:82)A0 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resseq 83:127)A0 | | | | | | | | |
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