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万見
- PDB-3ssw: E. coli trp aporepressor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ssw
タイトルE. coli trp aporepressor
要素Trp operon repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helix-turn-Helix motif / DNA binding / trp operator
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TrpR-like / Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6693 Å
データ登録者Benoff, B. / Carey, J. / Berman, H.M. / Lawson, C.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Environment-dependent long-range structural distortion in a temperature-sensitive point mutant.
著者: Carey, J. / Benoff, B. / Harish, B. / Yuan, L. / Lawson, C.L.
履歴
登録2011年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Database references
改定 1.22011年12月28日Group: Database references
置き換え2012年8月15日ID: 1P6Z
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Trp operon repressor
N: Trp operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4782
ポリマ－24,4782
非ポリマー00
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.692, 54.335, 56.945
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Trp operon repressor


分子量: 12238.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4393, JW4356, rtrY, trpR / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Hampton Research Crystal Screen condition #6: 30% (w/v) PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月21日
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.669→50 Å / Num. all: 24536 / Num. obs: 24536 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.669-1.730.5972.5223410.759194.8
1.73-1.80.44524710.809199.4
1.8-1.880.31124560.892199.3
1.88-1.980.20824311.082199.7
1.98-2.10.14824681.163199.8
2.1-2.270.10724631.3131100
2.27-2.490.08624841.3991100
2.49-2.860.0724831.21100
2.86-3.60.05824940.932199.8
3.6-500.04924450.389196.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OZ9 DIMER

2oz9


解像度: 1.6693→24.045 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8482 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: maximum likelihood / σ(F): 1 / 位相誤差: 22.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 2311 9.95 %10% random selection
Rwork0.1762 ---
obs0.1803 23235 93.84 %-
all-23235 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.935 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 114.37 Å2 / Biso mean: 37.0888 Å2 / Biso min: 16.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4803 Å20 Å2-5.5099 Å2
2---2.3574 Å2-0 Å2
3---7.8377 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6693→24.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1596 0 0 201 1797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0221657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4912249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.795649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6693-1.70340.27861230.23699951118111876
1.7034-1.74040.26211280.207110371165116583
1.7404-1.78090.22961210.185611601281128188
1.7809-1.82540.22511310.193311571288128889
1.8254-1.87470.23111430.178511981341134190
1.8747-1.92990.26241320.185811781310131093
1.9299-1.99210.25571380.174912781416141696
1.9921-2.06330.22991260.181812631389138997
2.0633-2.14580.20611490.164712571406140698
2.1458-2.24340.20181580.148913021460146099
2.2434-2.36160.22381520.167712691421142198
2.3616-2.50940.23071380.169412851423142399
2.5094-2.70290.23861520.176313161468146899
2.7029-2.97450.23181250.1816132214471447100
2.9745-3.40390.22721220.1691132514471447100
3.4039-4.28460.19251370.146113131450145098
4.2846-24.04770.19291360.18912691405140593
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.7226 Å / Origin y: 0.1041 Å / Origin z: 17.9897 Å
111213212223313233
T0.1766 Å2-0.0025 Å2-0.0061 Å2-0.1491 Å20.0012 Å2--0.1618 Å2
L1.3753 °20.103 °2-0.0407 °2-0.5821 °2-0.0259 °2--0.9709 °2
S0.0232 Å °0.1373 Å °0.0341 Å °-0.0805 Å °-0.0168 Å °0.0593 Å °0.0731 Å °-0.0432 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allR5 - 105
2X-RAY DIFFRACTION1allN8 - 105
3X-RAY DIFFRACTION1allN1 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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