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- PDB-3ssi: PROTEINASE INHIBITOR SSI (STREPTOMYCES SUBTILISIN, INHIBITOR) FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ssi
タイトルPROTEINASE INHIBITOR SSI (STREPTOMYCES SUBTILISIN, INHIBITOR) FROM STREPTOMYCES ALBOGRISEOLUS
要素STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR / SSI / SUBTILISIN BPN
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor, conserved site / Streptomyces subtilisin-type inhibitors signature. / Subtilisin Inhibitor / Subtilisin inhibitor-like / Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor / Subtilisin inhibitor / Subtilisin inhibitor-like superfamily / Subtilisin inhibitor-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces albogriseolus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Suzuki, T. / Nonaka, T. / Mitsui, Y.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Modulation of the Protein Proteinase Inhibitor Ssi (Streptomyces Subtilisin Inhibitor)
著者: Suzuki, T.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of an Engineered Subtilisin Inhibitor Complexed with Bovine Trypsin
著者: Takeuchi, Y. / Nonaka, T. / Nakamura, K.T. / Kojima, S. / Miura, K. / Mitsui, Y.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Crystal Structure of the Complex of Subtilisin Bpn' and Streptomyces Subtilisin Inhibitor at 1.8 A Resolution
著者: Takeuchi, Y. / Satow, Y. / Nakamura, K.T. / Mitsui, Y.
#3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1991
タイトル: Molecular Recognition at the Active Site of Subtilisin Bpn': Crystallographic Studies Using Genetically Engineered Proteinaceous Inhibitor Ssi (Streptomyces Subtilisin Inhibitor)
著者: Takeuchi, Y. / Noguchi, S. / Satow, Y. / Kojima, S. / Kumagai, I. / Miura, K. / Nakamura, K.T. / Mitsui, Y.
#4: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1985
タイトル: Interactions of Streptomyces Subtilisin Inhibitor with Streptomyces Griseus Proteases a and B. Enzyme Kinetic and Computer Simulation Studies
著者: Christensen, U. / Ishida, S. / Ishii, S. / Mitsui, Y. / Iitaka, Y. / Mcclarin, J. / Langridge, R.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Crystal Structure at 2.6 A Resolution of the Complex of Subtilisin Bpn' with Streptomyces Subtilisin Inhibitor
著者: Hirono, S. / Akagawa, H. / Mitsui, Y. / Iitaka, Y.
#7: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1980
タイトル: Solvent Accessibility and Microenvironment in a Bacterial Protein Proteinase Inhibitor Ssi (Streptomyces Subtilisin Inhibitor)
著者: Satow, Y. / Watanabe, Y. / Mitsui, Y.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Subtilisin Bpn' with its Protein Inhibitor Streptomyces Subtilisin Inhibitor. The Structure at 4.3 Angstroms Resolution
著者: Hirono, S. / Nakamura, K.T. / Iitaka, Y. / Mitsui, Y.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of a Bacterial Protein Proteinase Inhibitor (Streptomyces Subtilisin Inhibitor) at 2.6 A Resolution
著者: Mitsui, Y. / Satow, Y. / Watanabe, Y. / Iitaka, Y.
#10: ジャーナル: Nature / 年: 1979
タイトル: Crystal Structures of Streptomyces Subtilisin Inhibitor and its Complex with Subtilisin Bpn
著者: Mitsui, Y. / Satow, Y. / Watanabe, Y. / Hirono, S. / Iitaka, Y.
#11: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1978
タイトル: Crystal Structure of a Protein Proteinase Inhibitor, Ssi (Streptomyces Subtilisin Inhibitor), at 4 A Resolution
著者: Satow, Y. / Mitsui, Y. / Iitaka, Y.
#12: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1977
タイトル: Crystal Structure of a Protein Proteinase Inhibitor, Streptomyces Subtilisin Inhibitor, at 2.3 Angstrom Resolution
著者: Mitsui, Y. / Satow, Y. / Sakamaki, T. / Iitaka, Y.
#13: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1973
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of a New Alkaline Protease Inhibitor and its Complex with Subtilisin Bpn
著者: Satow, Y. / Mitsui, Y. / Iitaka, Y. / Murao, S. / Sato, S.
#5: ジャーナル: Protein Protease Inhibitor: The Case of Streptomyces Subtilisin Inhibitor (Ssi)
年: 1985
履歴
登録1996年3月1日処理サイト: BNL
置き換え1996年8月17日ID: 2SSI
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4951
ポリマ－11,4951
非ポリマー00
水55831
1
A: STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR

A: STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9902
ポリマ－22,9902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)40.740, 40.740, 115.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR / SSI


分子量: 11494.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces albogriseolus (バクテリア)
株: S-3253 / 参照: UniProt: P01006
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月26日 / 詳細: SUPPER DOUBLE FOCUSING
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→38.3 Å / Num. obs: 4866 / % possible obs: 63.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 48.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROCESSデータ収集
PROCESSデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
PROCESSデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.185 --
obs0.185 3756 75.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数722 0 0 31 753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.595
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.51
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.423
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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