PDB-3srd: Human M2 pyruvate kinase in complex with fructose 1-6 bisphosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3srd

タイトル

Human M2 pyruvate kinase in complex with fructose 1-6 bisphosphate and Oxalate.

要素

Pyruvate kinase isozymes M1/M2

キーワード

TRANSFERASE / TIM Barrel / Phosphoryl transfer / PEP Binding / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.902 Å

データ登録者

Morgan, H.P. / O'Reilly, F. / Palmer, R. / McNae, I.W. / Nowicki, M.W. / Wear, M.A. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Allosetric regulation of M2 pyruvate kinase.
著者: Morgan, H.P. / O'Reilly, F. / Palmer, R. / McNae, I.W. / Nowicki, M.W. / Wear, M.A. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.

履歴

登録	2011年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3srd.cif.gz	779.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3srd.ent.gz	651.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3srd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3srd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3srd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3srfC 3srhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1f3w-2 2g50-2 1f3x-2 4g1n-d 5x0i-d 2vgi-d 1pkm-1 2vgb-d 3bjf-d 2g50-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (15) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2

B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2

C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2

D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2

ヘテロ分子

243 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.050, 117.370, 110.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	13 - 531
2	1	1	1	B	13 - 531
3	1	1	1	C	13 - 531
4	1	1	1	D	13 - 531

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

Pyruvate kinase isozymes M1/M2 / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...

分子量: 60188.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OIP3, PK2, PK3, PKM, PKM2 / プラスミド: pET28a_M2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase

#3: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

-
非ポリマー , 5種, 142分子

#2: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 10-16% polyethyleneglycol 8000, 20 mM triethanolamine-HCl buffer (pH 7.2), 50 mM MgCl2, 100 mM KCl, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→58.7 Å / Num. all: 129300 / Num. obs: 45352 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2.9 / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.9-2.98	2.3	0.549	31.8	3118	0.549	90
12.98-58.72	2.8	0.015	1.4	549	0.015	93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.902→54.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / SU B: 55.204 / SU ML: 0.468 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.503 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27899	2283	5 %	RANDOM
R_work	0.25298	-	-	-
obs	0.25431	43039	100 %	-
all	-	45322	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.245 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0 Å²	0.6 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.902→54.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15772	0	141	126	16039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	16173
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.046	1.98	21852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.498	5	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.685	24.012	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.87	15	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.324	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	11908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.276	1.5	10238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.525	2	16522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.578	3	5935
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.071	4.5	5330
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3920 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	B	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	C	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
4	D	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
2	B	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
3	C	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
4	D	TIGHT THERMAL	0.03	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.902→2.977 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.414	159	-
R_work	0.376	2949	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0562	1.4513	-1.2765	2.898	-1.8099	1.548	0.4971	0.1716	0.359	0.0159	-0.0894	0.7751	-0.5027	-0.2064	-0.4077	0.7005	0.1591	-0.027	0.501	0.0056	0.4547	-14.4459	9.4012	-15.0272
2	1.0449	0.2202	-0.3955	1.0503	-0.0981	1.4635	-0.0166	0.0338	0.1419	0.134	0.0158	-0.0233	-0.1679	-0.0714	0.0008	0.1526	0.0083	0.0685	0.1336	-0.0379	0.1517	-30.3724	-7.2543	9.4502
3	0.5408	-0.2287	-0.1045	0.4684	-0.388	1.1335	-0.0155	-0.0677	-0.1297	0.0533	0.0212	0.0382	0.2319	0.073	-0.0057	0.1893	0.0164	0.0508	0.1127	-0.0152	0.1397	-21.3283	-21.5186	7.8595
4	2.2898	0.3456	0.7058	1.5567	-0.2673	2.132	0.0449	0.1856	-0.0234	-0.1051	0.0192	0.0722	-0.0439	-0.1153	-0.0641	0.1826	0.0353	0.0823	0.1705	0.0276	0.1787	-36.7453	-0.4318	-14.9519
5	1.0369	0.9229	-2.4285	2.1617	-1.8754	5.7606	-0.0347	0.5163	0.2368	0.2017	0.2527	0.9716	0.7224	-1.2974	-0.218	0.5418	-0.1155	0.0483	0.6675	-0.0322	0.6215	-19.228	-14.5665	-37.699
6	0.6267	-0.0543	0.1257	0.679	-0.0869	0.7205	-0.0025	0.3806	0.3002	-0.2918	-0.0001	-0.1598	-0.2501	0.005	0.0026	0.4085	0.0827	0.1006	0.4007	0.0751	0.3805	-14.9276	14.9333	-65.8023
7	0.9361	-0.2403	-0.0164	0.3579	-0.2171	0.5106	0.0551	0.016	0.3486	0.028	0.0092	0.0382	-0.2922	-0.2224	-0.0643	0.3027	0.0817	0.0587	0.2798	0.0302	0.289	-17.953	11.4912	-53.9819
8	1.1082	-0.6224	-0.9561	1.8559	0.082	2.1237	0.1147	0.2391	-0.0005	-0.0901	-0.031	0.027	0.0355	-0.0914	-0.0837	0.2318	0.0579	0.0755	0.3049	0.0626	0.2539	-36.0581	2.7628	-38.188
9	1.0565	0.1821	0.2194	0.0393	0.0302	0.1171	0.03	-0.2177	-0.8253	-0.0666	0.0939	-0.1596	0.1935	0.1024	-0.1239	0.76	0.211	0.0133	0.6975	-0.0914	0.7516	-6.1238	-18.2214	-15.8691
10	0.8217	-0.1603	-0.184	0.7669	0.1526	0.5159	-0.041	-0.174	0.0642	0.196	0.0022	-0.0257	-0.0505	0.1434	0.0388	0.2999	-0.0238	0.0418	0.272	0.0049	0.2123	2.914	7.122	13.3579
11	1.4161	0.014	-0.2863	0.9866	0.3565	0.5584	-0.0008	-0.1452	-0.0505	0.1068	-0.0242	-0.0304	-0.0356	0.1819	0.025	0.1792	-0.0011	0.0428	0.1918	-0.0163	0.1585	-2.4454	-1.6232	3.3964
12	1.662	0.6653	-0.7913	2.0409	0.168	1.8177	0.0154	-0.0651	-0.0173	-0.0583	-0.0118	-0.1294	0.0691	0.1139	-0.0036	0.1854	0.013	0.0647	0.2319	0.0238	0.1925	15.9726	-9.1146	-13.5936
13	0.2864	0.482	-0.428	0.939	-0.7494	1.8868	0.096	-0.0532	-0.0065	0.066	-0.0629	-0.2948	-0.4736	0.5871	-0.0332	0.5698	0.0037	0.0503	0.57	-0.0202	0.6801	-1.1208	8.2096	-35.1444
14	1.1288	0.171	-0.0106	0.7012	0.0871	1.5742	-0.0458	0.1246	0.0895	-0.1093	-0.0046	0.1735	0.0742	-0.2502	0.0504	0.1751	0.025	0.0932	0.0958	0.0508	0.1511	-1.4366	-15.7336	-68.4766
15	1.5138	-0.1302	-0.229	0.6107	0.1504	1.448	0.0025	0.0233	-0.0828	-0.0408	0.0043	0.0688	0.1397	-0.059	-0.0068	0.1441	-0.0131	0.0631	0.1078	0.014	0.1317	1.0161	-15.1516	-55.8249
16	1.8144	0.019	0.5381	1.4279	-0.0361	2.3353	0.0002	-0.1724	0.014	0.1522	0.0232	0.027	-0.03	0.0253	-0.0234	0.1456	-0.0109	0.0809	0.126	0.022	0.1613	17.5169	-8.8926	-37.0702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	27 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	135 - 382
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	383 - 531
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	14 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	26 - 225
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	226 - 387
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	388 - 531
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	13 - 26
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	27 - 279
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	280 - 381
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	382 - 531
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	15 - 27
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	28 - 219
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	220 - 388
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	389 - 531

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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