PDB-3sr3: Crystal structure of the w180a mutant of microcin immunity protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sr3

タイトル

Crystal structure of the w180a mutant of microcin immunity protein mccf from Bacillus anthracis shows the active site loop in the open conformation.

要素

Microcin immunity protein MccF

キーワード

HYDROLASE / CSGID / Structural Genomics / MccF protein / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.495 Å

データ登録者

Nocek, B. / Zhou, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural and functional characterization of microcin C resistance peptidase MccF from Bacillus anthracis.
著者: Nocek, B. / Tikhonov, A. / Babnigg, G. / Gu, M. / Zhou, M. / Makarova, K.S. / Vondenhoff, G. / Van Aerschot, A. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Severinov, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月17日	Group: Structure summary
改定 1.2	2012年5月9日	Group: Database references
改定 1.3	2013年1月9日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sr3.cif.gz	268.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sr3.ent.gz	226.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3sr3_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sr3_full_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示
XML形式データ	3sr3_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	3sr3_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3sr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3sr3	HTTPS FTP

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関連構造データ

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その他のデータベース	TargetDB: idp00038

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Microcin immunity protein MccF

B: Microcin immunity protein MccF

75.8 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.315, 97.137, 125.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Microcin immunity protein MccF 分子量: 37908.164 Da / 分子数: 2 / 変異: W180A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS1809, BA_1949, GBAA_1949 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q81RT8, UniProt: A0A6L8PEJ7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Microcin immunity protein MccF

分子量: 37908.164 Da / 分子数: 2 / 変異: W180A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS1809, BA_1949, GBAA_1949 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q81RT8, UniProt: A0A6L8PEJ7*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium Floride 20% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.495→40 Å / Num. all: 10100 / Num. obs: 93524 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.56 / Num. measured obs: 3455

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.495→29.874 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 15.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1782	4649	4.98 %
R_work	0.1488	-	-
all	0.153	98085	-
obs	0.1503	93436	91.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.328 Å² / k_sol: 0.405 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0168 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.0341 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0174 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.495→29.874 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4983	0	0	644	5627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.554	7115
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.823	1948
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	794
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	914

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4946-1.5116	0.2548	112	0.2239	1862	X-RAY DIFFRACTION	58
1.5116-1.5293	0.2241	104	0.2089	2281	X-RAY DIFFRACTION	71
1.5293-1.548	0.2217	128	0.2004	2360	X-RAY DIFFRACTION	73
1.548-1.5676	0.2082	134	0.1892	2475	X-RAY DIFFRACTION	78
1.5676-1.5882	0.2177	136	0.1802	2633	X-RAY DIFFRACTION	82
1.5882-1.61	0.2036	160	0.1731	2773	X-RAY DIFFRACTION	87
1.61-1.633	0.1855	140	0.1704	3125	X-RAY DIFFRACTION	97
1.633-1.6573	0.2183	176	0.1581	3109	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6573-1.6832	0.1905	171	0.1497	3141	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6832-1.7108	0.1952	155	0.145	3118	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7108-1.7403	0.1764	172	0.1433	3163	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7403-1.772	0.2087	143	0.1466	3150	X-RAY DIFFRACTION	97
1.772-1.806	0.1617	170	0.1378	3116	X-RAY DIFFRACTION	98
1.806-1.8429	0.1987	179	0.1436	3102	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8429-1.883	0.1658	156	0.138	3109	X-RAY DIFFRACTION	97
1.883-1.9268	0.1961	150	0.138	3161	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9268-1.9749	0.1766	189	0.1367	3086	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9749-2.0283	0.1752	149	0.1385	3157	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0283-2.088	0.1658	177	0.1392	3089	X-RAY DIFFRACTION	97
2.088-2.1554	0.1534	162	0.132	3107	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1554-2.2324	0.1634	155	0.1321	3109	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2324-2.3217	0.1573	152	0.1283	3107	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3217-2.4273	0.1644	164	0.1311	3105	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4273-2.5553	0.1694	140	0.1367	3112	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5553-2.7152	0.1589	169	0.1313	3060	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7152-2.9247	0.1705	160	0.1494	3077	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9247-3.2187	0.1859	170	0.1509	3067	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2187-3.6838	0.1604	169	0.1497	3052	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6838-4.6384	0.1574	144	0.1382	3037	X-RAY DIFFRACTION	90
4.6384-29.8798	0.2239	163	0.2003	2944	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.199	-0.0004	0.1066	0.1928	0.0876	0.1227	0.0088	-0.0329	-0.0174	-0.0699	-0.013	-0.0091	-0.0317	-0.0155	0.006	0.0947	0.0139	-0.0138	0.0743	-0.0025	0.0727	2.8056	27.5042	-14.193
2	0.0848	0.0086	-0.0671	0.292	0.089	0.2033	0.0635	0.0341	-0.0284	-0.1639	-0.0951	-0.1086	0.0154	-0.0318	0.0135	0.219	-0.0202	-0.0015	0.1105	0.0271	0.1245	10.1833	34.9351	-19.2427
3	0.3041	-0.0976	0.236	0.0427	-0.1067	0.2734	-0.0922	0.0098	0.2438	-0.0461	-0.0381	0.0144	-0.2874	0.0461	0.04	0.1899	0.0086	-0.0402	0.0853	0.0204	0.1234	2.1123	36.9231	-16.2321
4	0.4144	-0.0271	0.1388	0.1853	0.1128	0.5254	-0.0189	0.0275	-0.0129	0.008	0.013	-0.0057	-0.0773	-0.02	0.0078	0.0596	0.0095	-0.004	0.0685	-0.0126	0.0564	5.8716	21.6174	-5.7274
5	0.2956	0.1416	0.2499	0.3348	0.149	0.4317	0.0008	0.0287	-0.0349	-0.0264	0.0034	0.02	-0.0376	-0.0555	0.0011	0.0669	0.0084	-0.0021	0.0895	0.0014	0.0676	-0.0086	18.7094	-15.5194
6	0.4024	0.697	-0.2938	1.2125	-0.5614	0.6603	0.2237	-0.0671	-0.0284	0.024	0.1793	-0.1902	-0.1977	0.1728	-0.0711	0.2392	-0.0627	0.0559	0.1401	-0.013	0.198	11.1484	30.4748	-29.6616
7	1.5729	0.0846	0.1853	0.4143	0.0966	0.0391	-0.0538	0.3758	0.0186	-0.1405	0.0239	0.0439	-0.159	-0.0542	0.0213	0.1635	0.0263	-0.0199	0.1205	0.0049	0.0855	-4.8251	27.2503	-27.8317
8	0.4888	0.4764	-0.14	0.5696	-0.0558	0.5289	-0.0102	-0.0335	0.1157	-0.0622	-0.0326	0.1962	-0.0736	-0.0605	0.0154	0.1094	-0.0003	-0.0207	0.1143	0.0111	0.1296	-0.3424	20.1811	-35.7065
9	0.468	0.2534	0.2119	0.1382	0.1139	0.0965	0.0305	-0.1856	0.0519	0.0385	0.1788	0.0963	0.0941	-0.1005	-0.1187	0.2063	-0.0335	-0.1178	0.3215	-0.0268	0.5435	25.7106	23.5269	-30.2359
10	0.2649	0.418	0.2194	0.7764	0.3965	0.3788	0.0729	-0.204	-0.105	-0.0137	-0.016	-0.227	-0.1115	0.1009	-0.0178	0.1541	-0.0782	0.0017	0.218	0.0199	0.1299	16.5117	22.852	-36.0212
11	0.1232	-0.0685	0.0298	0.1129	-0.0197	0.0322	-0.0015	0.0165	0.012	-0.0354	0.0075	0.0232	0.079	0.0108	-0.0069	0.0703	-0.0104	-0.0073	0.0783	-0.0176	0.0732	1.2341	5.7997	-22.4385
12	0.1988	-0.1386	-0.0011	0.1053	0.0117	0.2278	0.0738	-0.0297	0.0107	-0.0414	-0.0285	-0.0034	0.1039	0.0114	-0.0167	0.071	-0.0086	-0.0099	0.0649	-0.0151	0.0635	7.31	2.266	-23.3093
13	0.2553	-0.2921	0.1541	0.3391	-0.2081	0.1702	0.0822	0.1219	0.0015	-0.16	-0.0514	-0.0008	0.0828	0.0274	-0.0098	0.1115	0.0048	-0.0054	0.0919	-0.0097	0.0734	8.9566	3.4392	-32.1166
14	0.4701	0.0773	-0.3076	0.0292	-0.035	0.2122	-0.1381	0.0683	-0.061	-0.0684	0.0848	-0.0634	-0.0067	0.0776	0.0231	0.1144	-0.0172	-0.0051	0.1448	-0.0011	0.1014	3.4	18.6254	-26.6091
15	0.1674	0.0276	0.1613	0.4701	0.2599	0.5011	-0.0587	-0.0178	0.0028	-0.0879	-0.0573	0.2118	-0.0252	-0.141	0.0917	0.1049	0.0138	-0.0298	0.1198	-0.0174	0.1447	-9.0427	13.4842	-30.3048
16	0.2031	-0.189	-0.0998	0.4456	0.2457	0.458	-0.0237	-0.0333	0.0223	0.0869	0.058	-0.0439	0.0789	0.1852	-0.0344	0.1189	0.0444	0.012	0.1344	-0.0081	0.1175	30.5906	-16.7648	-18.4407
17	0.2059	0.1243	-0.0673	0.1065	0.0457	0.2633	-0.0414	-0.0793	0.07	0.1055	0.1723	0.0087	0.0114	0.2457	0.0075	0.0836	0.1184	-0.0038	0.286	-0.078	0.1308	39.7271	-19.1139	-17.3252
18	0.2886	-0.1242	-0.1642	0.6243	-0.264	0.2774	0.0428	-0.0183	-0.0172	-0.0649	0.0406	-0.0286	0.0741	0.0538	-0.0251	0.1176	0.0389	0.0064	0.139	-0.0243	0.1365	30.0422	-15.6071	-28.1569
19	0.2645	-0.0653	-0.1019	0.0443	-0.0391	0.1918	0.0423	0.0372	-0.0261	-0.0655	0.0016	-0.04	0.0149	0.0442	-0.0122	0.1022	0.0298	-0.0012	0.0708	-0.0168	0.0792	22.2591	-14.6095	-24.2017
20	0.1287	0.0563	0.0665	0.0308	0.0405	0.0546	0.0753	-0.0073	-0.1248	-0.0761	-0.0354	0.0974	0.1111	-0.0152	-0.0261	0.1306	0.0024	-0.0159	0.0502	-0.0115	0.1224	13.0382	-18.8819	-19.2312
21	0.3529	-0.235	0.0014	0.2758	0.171	0.2249	-0.0193	-0.0158	0.0095	0.089	0.0493	-0.0203	0.1147	0.0778	-0.0291	0.0877	0.0203	-0.006	0.0735	-0.0005	0.0817	21.2677	-14.3135	-11.8728
22	0.1794	-0.1811	0.1198	0.5753	0.3858	0.7491	-0.1099	-0.0306	-0.0016	0.2634	0.1392	-0.0107	0.2348	0.3635	-0.0192	0.2486	0.1545	-0.081	0.2566	-0.005	0.1371	32.8547	-17.769	-1.5517
23	0.0914	-0.051	0.07	0.0767	0.0025	0.1246	-0.1298	-0.1367	-0.0357	0.2142	0.1545	-0.126	0.1076	0.1204	-0.0065	0.1941	0.0556	-0.0404	0.1483	-0.0235	0.1066	20.4504	-4.7776	5.9386
24	0.689	0.1477	0.2918	0.3466	0.0896	0.1321	-0.0856	-0.1434	0.0429	0.0409	0.0132	0.0083	0.037	-0.0128	0.063	0.078	0.0126	0.0045	0.0688	-0.0143	0.0614	11.0686	-5.368	-10.6756
25	0.3132	-0.0232	-0.0996	0.4989	0.1859	0.3304	-0.0568	0.0839	0.0079	0.0584	0.178	-0.0692	0.1139	-0.0765	-0.0873	0.1142	0.0084	-0.0093	0.1412	-0.0075	0.0973	17.717	-2.2878	-3.4639
26	0.3292	-0.0068	-0.1834	0.1815	-0.1534	0.3131	-0.0587	0.0879	0.0312	-0.0196	0.1049	-0.0074	0.0312	-0.0502	-0.0349	0.0628	0.0145	-0.005	0.0744	-0.0197	0.0586	12.6139	6.168	-5.6199
27	0.3615	-0.1934	-0.0277	0.3174	0.0714	0.3686	-0.036	-0.0478	0.1036	0.1153	0.0897	-0.0926	0.0697	0.1064	-0.0244	0.0869	0.0234	-0.0205	0.1122	-0.0223	0.0857	20.809	6.9261	-0.4064
28	0.4344	0.2124	-0.0263	0.9915	-0.296	0.0917	0.1142	0.3749	-0.0593	0.2466	-0.0182	-0.0757	0.019	-0.0205	0.0024	0.1534	0.043	-0.0368	0.1916	-0.0253	0.0962	21.3728	-0.4177	4.0608
29	0.0135	-0.0886	-0.0274	0.6866	0.0061	0.3705	-0.0949	0.1425	0.4133	0.0613	-0.0336	-0.0206	0.0308	0.2316	0.0133	0.214	0.0133	-0.1382	0.2241	0.0294	0.282	30.4618	-7.8096	-5.6551
30	0.3904	0.0159	-0.0449	0.0381	0.1006	0.3851	-0.137	-0.2435	-0.0615	0.3039	0.1075	-0.1291	0.2593	0.0585	-0.001	0.2541	0.0931	-0.0287	0.1572	0.0035	0.1262	21.6472	-14.3216	5.3291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:28)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 29:37)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 38:46)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 47:102)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 103:139)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 140:147)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 148:162)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 163:174)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 175:182)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 183:193)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 194:225)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 226:256)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 257:301)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 302:313)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 314:333)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 3:29)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 30:43)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 44:53)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 54:89)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 90:104)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 105:138)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 139:169)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 193:209)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 210:226)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 227:240)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 241:256)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 257:289)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 290:302)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 303:310)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 311:333)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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