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- PDB-3sqb: Structure of the major type 1 pilus subunit FimA bound to the Fim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sqb
タイトルStructure of the major type 1 pilus subunit FimA bound to the FimC chaperone
要素
  • Chaperone protein fimC
  • Type-1 fimbrial protein, A chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/CHAPERONE / immunoglobin-like fold / involved in type 1 pilus assembly / STRUCTURAL PROTEIN-CHAPERONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain ...Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Type-1 fimbrial protein, A chain / Chaperone protein FimC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Scharer, M.A. / Eidam, O. / Grutter, M.G. / Glockshuber, R. / Capitani, G.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Quality control of disulfide bond formation in pilus subunits by the chaperone FimC.
著者: Crespo, M.D. / Puorger, C. / Scharer, M.A. / Eidam, O. / Grutter, M.G. / Capitani, G. / Glockshuber, R.
履歴
登録2011年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22012年10月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein fimC
B: Type-1 fimbrial protein, A chain
C: Chaperone protein fimC
D: Type-1 fimbrial protein, A chain
E: Chaperone protein fimC
F: Type-1 fimbrial protein, A chain
G: Chaperone protein fimC
H: Type-1 fimbrial protein, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,52915
ポリマ－155,8428
非ポリマー6877
水86548
1
A: Chaperone protein fimC
B: Type-1 fimbrial protein, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2795
ポリマ－38,9612
非ポリマー3183
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
2
C: Chaperone protein fimC
D: Type-1 fimbrial protein, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3296
ポリマ－38,9612
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
3
E: Chaperone protein fimC
F: Type-1 fimbrial protein, A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9612
ポリマ－38,9612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
4
G: Chaperone protein fimC
H: Type-1 fimbrial protein, A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9612
ポリマ－38,9612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.620, 142.180, 171.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
12D
22B
13C
23E
33G
14D
24F
15D
25H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain C and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...C5 - 23
121chain C and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...C31 - 93
131chain C and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...C110 - 122
141chain C and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...C130 - 175
151chain C and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...C185 - 203
211chain A and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...A5 - 23
221chain A and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...A31 - 93
231chain A and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...A110 - 122
241chain A and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...A130 - 175
251chain A and (resseq 5:23 or resseq 31:93 or resseq...A185 - 203
112chain D and (resseq 17:24 or resseq 29:123 or resseq...D17 - 24
122chain D and (resseq 17:24 or resseq 29:123 or resseq...D29 - 123
132chain D and (resseq 17:24 or resseq 29:123 or resseq...D129 - 139
212chain B and (resseq 17:24 or resseq 29:123 or resseq...B17 - 24
222chain B and (resseq 17:24 or resseq 29:123 or resseq...B29 - 123
232chain B and (resseq 17:24 or resseq 29:123 or resseq...B129 - 139
113chain C and (resseq 1:73 or resseq 83:92 or resseq 101:136 )C1 - 73
123chain C and (resseq 1:73 or resseq 83:92 or resseq 101:136 )C83 - 92
133chain C and (resseq 1:73 or resseq 83:92 or resseq 101:136 )C101 - 136
213chain E and (resseq 1:70 or resseq 83:92 or resseq 101:136 )E1 - 70
223chain E and (resseq 1:70 or resseq 83:92 or resseq 101:136 )E83 - 92
233chain E and (resseq 1:70 or resseq 83:92 or resseq 101:136 )E101 - 136
313chain G and (resseq 1:73 or resseq 83:92 or resseq 102:117 )G1 - 73
323chain G and (resseq 1:73 or resseq 83:92 or resseq 102:117 )G83 - 92
333chain G and (resseq 1:73 or resseq 83:92 or resseq 102:117 )G102 - 117
114chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )D18 - 25
124chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )D29 - 37
134chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )D48 - 119
144chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )D129 - 137
154chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )D149 - 158
214chain F and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )F18 - 25
224chain F and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )F29 - 37
234chain F and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )F48 - 119
244chain F and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )F129 - 137
254chain F and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq 48:119 or resseq 129:137 or resseq 149:158 )F149 - 158
115chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...D18 - 25
125chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...D29 - 37
135chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...D48 - 119
145chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...D123 - 124
155chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...D129 - 137
165chain D and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...D149 - 159
215chain H and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...H18 - 25
225chain H and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...H29 - 37
235chain H and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...H48 - 119
245chain H and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...H123 - 124
255chain H and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...H129 - 137
265chain H and (resseq 18:25 or resseq 29:37 or resseq...H149 - 159

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.613277, 0.507624, 0.605152), (-0.404084, 0.456663, -0.792575), (-0.678681, -0.7306, -0.074938)57.580898, -29.633699, 5.34699
2given(-0.560904, 0.514493, 0.648602), (-0.417791, 0.500459, -0.758282), (-0.714729, -0.696303, -0.065759)56.660702, -27.167101, 8.0676
3given(0.584875, 0.669279, -0.458244), (0.397537, 0.255923, 0.881174), (0.707026, -0.697545, -0.11638)10.0167, 29.8234, -19.8197
4given(-0.99998, -0.000225, -0.006376), (-0.002046, 0.957876, 0.287175), (0.006043, 0.287182, -0.957857)23.0611, 22.693899, -72.037804
5given(0.561011, 0.678382, -0.47441), (0.401726, 0.277976, 0.872551), (0.723798, -0.680093, -0.116576)8.82329, 29.993299, -18.8909
6given(-0.999935, 0.011444, 3.96102), (0.010942, 0.954976, 0.296482), (0.003355, 0.296463, -0.955038)24.318899, 23.1724, -71.3563

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Chaperone protein fimC


分子量: 23582.914 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 37-241 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b4316, fimC, JW4279 / プラスミド: pfimChis-cyt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31697
#2: タンパク質
Type-1 fimbrial protein, A chain / Type-1A pilin


分子量: 15377.686 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 37-182 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b4314, fimA, JW4277, pilA / プラスミド: pfimAt-cyt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04128

-
非ポリマー , 4種, 55分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細FOR CHAINS B,D,F,H: THE FIRST 13 RESIDUES OF FIMA WERE REMOVED FROM THE CONSTRUCT AND REPLACED BY A ...FOR CHAINS B,D,F,H: THE FIRST 13 RESIDUES OF FIMA WERE REMOVED FROM THE CONSTRUCT AND REPLACED BY A (HIS)6-TAG DIRECTLY BEFORE RESIDUE 14.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M magnesium chloride, 13% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90.6 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.071 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月24日 / 詳細: dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2-cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.071 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→60 Å / Num. obs: 32913 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 10.89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.2-3.30.7692.3419430284099.9
3.3-3.80.4364.61745351022499.9
3.8-40.2777.719635274099.7
4-50.12613.82600358218100
5-60.09817.29259433662100
6-80.08418.63204112972100
8-100.06822.4668571084100
10-200.05823.346113103499.3
20-300.0592254410793
30-400.0616.29652365.7
40-500.05714.158440
500.07910.677527.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å29.61 Å
Translation3.2 Å29.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BWU

3bwu


解像度: 3.2→58.386 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.96 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3004 1021 3.11 %random
Rwork0.2605 ---
obs0.2617 32880 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 86.253 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 264.09 Å2 / Biso mean: 103.8051 Å2 / Biso min: 27.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6446 Å20 Å2-0 Å2
2--3.8113 Å2-0 Å2
3----3.1667 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→58.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7747 0 45 48 7840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82710743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6612630
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C1178X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
12A1178X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
21D778X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
22B778X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
31C748X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.09
32E748X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.09
33G480X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
41D528X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
42F528X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
51D402X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
52H402X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.2-3.36870.32621420.2822444245844584100
3.3687-3.57970.35741450.2839450946544654100
3.5797-3.85610.32271430.2946448646294629100
3.8561-4.2440.28441440.2414450446484648100
4.244-4.85790.25481460.208455547014703100
4.8579-6.11940.25471480.2395460947574757100
6.1194-58.39570.33991530.291547544907490799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2099-0.786-0.95761.4734-1.37932.91940.00880.8356-0.5641-0.90030.39550.15160.4077-0.337-0.1770.7022-0.0840.03560.5624-0.25610.278332.8558-32.8936-33.0924
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63X-RAY DIFFRACTION25(chain H and (resid 60: 76 or resid 111:120 or resid 145:159))H145 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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