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- PDB-3spc: Inward rectifier potassium channel Kir2.2 in complex with dioctan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3spc
タイトルInward rectifier potassium channel Kir2.2 in complex with dioctanoylglycerol pyrophosphate (DGPP)
要素Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
キーワードMETAL TRANSPORT / PIP / membrane protein / lipid / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization ...Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-P8P / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.454 Å
データ登録者Hansen, S.B. / Tao, X. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structural basis of PIP(2) activation of the classical inward rectifier K(+) channel Kir2.2.
著者: Hansen, S.B. / Tao, X. / Mackinnon, R.
履歴
登録2011年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1018
ポリマ－39,3621
非ポリマー7397
水1,58588
1
A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子

A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子

A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子

A: Inward-rectifier K+ channel Kir2.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,40332
ポリマ－157,4474
非ポリマー2,95628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area27640 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area57030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.904, 82.904, 191.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

K

21A-502-

K

31A-503-

K

41A-504-

K

51A-508-

K

61A-510-

K

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要素

#1: タンパク質 Inward-rectifier K+ channel Kir2.2 / inward rectifier potassium channel 2.2


分子量: 39361.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: Kir2.2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: D2YW45, UniProt: F1NHE9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-P8P / (2R)-3-{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate / dioctanoylglycerol pyrophosphate / DGPP 8:0


分子量: 504.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H38O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.52 %
結晶化手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 6.2% PEG400, 0.5 M potassium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.0, HANGING DROP, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→16 Å / Num. obs: 23341 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JYC

3jyc


解像度: 2.454→15.657 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2237 1120 5.05 %R-Free values were generated from PDB entry 3JYC and extended to higher resolution frames.
Rwork0.1929 ---
obs0.1944 22164 94.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.91 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7079 Å20 Å2-0 Å2
2--4.7079 Å20 Å2
3----9.4158 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.454→15.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 0 34 88 2727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112729
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8823639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.018983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4542-2.56540.36791290.28572360X-RAY DIFFRACTION85
2.5654-2.70.2781400.24512471X-RAY DIFFRACTION89
2.7-2.86820.2521460.21822557X-RAY DIFFRACTION92
2.8682-3.08810.23311450.21032638X-RAY DIFFRACTION95
3.0881-3.3960.25661420.19482731X-RAY DIFFRACTION98
3.396-3.88090.19591480.18232763X-RAY DIFFRACTION100
3.8809-4.8650.19351480.1612797X-RAY DIFFRACTION100
4.865-15.65720.22791220.20242727X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6881-1.1765-1.32543.4751-0.79631.2424-0.0213-0.3494-0.17220.41050.0303-0.30330.39430.67830.00030.63670.0857-0.08140.6430.0130.603610.673-7.700341.4676
22.29990.26580.36012.89930.08862.52170.03110.01610.2993-0.0917-0.119-0.4487-0.35890.3577-0.00010.6795-0.1234-0.02370.67230.02970.690515.41114.738996.6326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 69:187))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 42:62) or (resseq 193:372))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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