PDB-3soj: Francisella tularensis pilin PilE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3soj

タイトル

Francisella tularensis pilin PilE

要素

PilE

キーワード

CELL ADHESION / pilus subunit / extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Wood, T. / Arvai, A.S. / Shin, D.S. / Hartung, S. / Kolappan, S. / Craig, L. / Tainer, J.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Ultrahigh Resolution and Full-length Pilin Structures with Insights for Filament Assembly, Pathogenic Functions, and Vaccine Potential.
著者: Hartung, S. / Arvai, A.S. / Wood, T. / Kolappan, S. / Shin, D.S. / Craig, L. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2011年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月4日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月14日	Group: Refinement description
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3soj.cif.gz	112.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3soj.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3soj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/3soj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/3soj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sokC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6i80-1 5tcm-3 1e6i-d 3gax-2 3rms-1 1z3m-d 4nyv-4 4yy6-d 1un3-d 3m1b-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3)

登録構造単位

A: PilE

B: PilE

ヘテロ分子

24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PilE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PilE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.887, 62.160, 82.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PilE / Type IV pili fiber building block protein 分子量: 12179.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT0889c, FTT_0889c, pilE2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Escherichia coli Origami2 (DE3) / 参照: UniProt: Q5NGF6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 38% PEG 2000 MME 5% saturated LiSO4 25mM Bis-Tris propane 20mM Xylitol 10mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-1	1	1.0, 0.9
	SSRL	BL9-1	2

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月9日

放射

モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9	1

反射

解像度: 1→34.4 Å / Num. all: 95136 / Num. obs: 94896 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

反射シェル

最高解像度: 1 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SHELXS	位相決定
PHENIX	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1→34.4 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1813	4745	5 %	Random 10%
R_work	0.1597	-	-	-
all	0.1608	95136	-	-
obs	0.1608	94891	99.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.543 Å² / k_sol: 0.412 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5109 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4315 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.9425 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→34.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1698	0	5	316	2019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2033
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.366	2809
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.902	730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	379

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1-1.011	0.3341	135	0.3262	2779	X-RAY DIFFRACTION	94
1.011-1.0229	0.2573	168	0.2565	2967	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0229-1.0354	0.2691	160	0.2259	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0354-1.0485	0.2157	158	0.2075	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0485-1.0623	0.202	160	0.1827	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0623-1.0768	0.1947	172	0.1651	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0768-1.0922	0.2119	145	0.155	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0922-1.1085	0.1626	162	0.1483	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1085-1.1258	0.1776	158	0.1447	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1258-1.1443	0.1937	165	0.1433	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1443-1.164	0.2038	167	0.1383	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
1.164-1.1852	0.1678	149	0.1409	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1852-1.208	0.1568	134	0.14	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
1.208-1.2326	0.1743	167	0.1401	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2326-1.2594	0.1604	166	0.1427	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2594-1.2887	0.1787	157	0.1412	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2887-1.321	0.1801	166	0.1428	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
1.321-1.3567	0.1644	163	0.1406	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3567-1.3966	0.1737	159	0.1351	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3966-1.4417	0.1888	168	0.1464	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4417-1.4932	0.1848	140	0.1445	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4932-1.553	0.1801	175	0.1406	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.553-1.6237	0.174	157	0.1445	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6237-1.7093	0.1762	152	0.152	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7093-1.8164	0.1929	159	0.1593	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8164-1.9566	0.1747	145	0.1585	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9566-2.1535	0.1732	153	0.1576	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1535-2.465	0.1755	171	0.1571	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.465-3.1053	0.1885	149	0.1782	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1053-34.4241	0.176	165	0.167	3266	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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