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- PDB-4yy6: Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yy6
タイトルCrystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide
要素
  • Bromodomain-containing protein 9
  • Histone H4
キーワードPROTEIN BINDING / Bromodomain-butyryllysine complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / : / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold ...Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Histone-fold / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Tang, Y. / Bellon, S. / Cochran, A.G. / Poy, F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Subset of Human Bromodomains Recognizes Butyryllysine and Crotonyllysine Histone Peptide Modifications.
著者: Flynn, E.M. / Huang, O.W. / Poy, F. / Oppikofer, M. / Bellon, S.F. / Tang, Y. / Cochran, A.G.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32016年3月9日Group: Experimental preparation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
Z: Histone H4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5592
ポリマ－13,5592
非ポリマー00
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.799, 35.070, 30.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.320, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8 / BRD9


分子量: 12444.461 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain (UNP residues 17-123) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4


分子量: 1114.279 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal tail (UNP residues 2-12) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: lysine residues butyrylated / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62805
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH 4.0, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 22761 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.03 / Net I/av σ(I): 12.982 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 70650
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.45-1.520.2716631.01370.3
1.5-1.562.40.22720741.00988
1.56-1.632.70.20423131.04197.8
1.63-1.7230.18523761.02999.7
1.72-1.833.30.16423711.05299.9
1.83-1.973.50.1323741.01899.7
1.97-2.173.50.1123971.06799.5
2.17-2.483.40.0923921.02199.5
2.48-3.123.50.07623891.0199.5
3.12-503.30.05824121.01797.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HME

3hme


解像度: 1.45→26.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.151 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2084 1169 5.1 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1813 21583 94.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.63 Å2 / Biso mean: 22.649 Å2 / Biso min: 11.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.01 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→26.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数902 0 0 147 1049
Biso mean---31.23 -
残基数----112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.019923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4911.9891232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8865110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66323.42138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52315165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.813154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021686
LS精密化 シェル解像度: 1.446→1.484 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 47 -
Rwork0.285 1008 -
all-1055 -
obs--60.67 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.4842 Å / Origin y: -13.775 Å / Origin z: 1.9147 Å
111213212223313233
T0.0718 Å20.0005 Å20.0184 Å2-0.0586 Å2-0.0079 Å2--0.009 Å2
L1.9172 °2-0.278 °20.2048 °2-0.0939 °2-0.0354 °2--0.3054 °2
S-0.0003 Å °-0.08 Å °0.0716 Å °-0.0033 Å °0.0013 Å °-0.0032 Å °0.0082 Å °0.0512 Å °-0.001 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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