[日本語] English
万見
- PDB-3soh: Architecture of the Flagellar Rotor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3soh
タイトルArchitecture of the Flagellar Rotor
要素
  • Flagellar motor switch protein FliG
  • Flagellar motor switch protein FliM
キーワードMOTOR PROTEIN / protein-protein complex / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar motor switch protein FliG, alpha-alpha superhelical domain / CheC-like / Chemotaxis protein chec / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliG / Flagellar motor switch protein FliG, alpha-helical / Flagellar motor switch protein FliG, C-terminal / Flagellar motor switch protein FliG, N-terminal domain / Flagellar motor switch protein FliG, middle domain ...Flagellar motor switch protein FliG, alpha-alpha superhelical domain / CheC-like / Chemotaxis protein chec / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliG / Flagellar motor switch protein FliG, alpha-helical / Flagellar motor switch protein FliG, C-terminal / Flagellar motor switch protein FliG, N-terminal domain / Flagellar motor switch protein FliG, middle domain / FliG C-terminal domain / FliG middle domain / FliG N-terminal domain / CheC-like superfamily / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar motor switch protein FliG / Flagellar motor switch protein FliM
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Koushik, P. / Gonzalez-Bonet, G. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R. / Blair, D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Architecture of the flagellar rotor.
著者: Paul, K. / Gonzalez-Bonet, G. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R. / Blair, D.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Database references
改定 1.22018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Flagellar motor switch protein FliM
B: Flagellar motor switch protein FliG
C: Flagellar motor switch protein FliM
D: Flagellar motor switch protein FliG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4974
ポリマ－61,4974
非ポリマー00
水181
1
A: Flagellar motor switch protein FliM
B: Flagellar motor switch protein FliG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7482
ポリマ－30,7482
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Flagellar motor switch protein FliM
D: Flagellar motor switch protein FliG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7482
ポリマ－30,7482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.390, 91.390, 226.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Flagellar motor switch protein FliM


分子量: 21797.041 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 46-233) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_0679 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZE6
#2: タンパク質 Flagellar motor switch protein FliG


分子量: 8951.303 Da / 分子数: 2 / 断片: middle domain (UNP residues 117-193) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: fliG, TM_0220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WY63
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.59 %
結晶化手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 10% dioxane, 1.6 M ammonium sulfate, EVAPORATION

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→26.21 Å / Num. all: 13308 / Num. obs: 13308 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 78.6 Å2 / Rsym value: 0.0919 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2HP7 AND 1LKV

2hp7

1lkv


解像度: 3.5→26.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 57158.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 1275 10.1 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs0.253 12574 87.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 80.3469 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 128.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-33.21 Å20 Å20 Å2
2--33.21 Å20 Å2
3----66.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.63 Å0.51 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.95 Å0.89 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→26.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4284 0 0 1 4285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it15.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it23.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it23.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it33.172.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 189 10.3 %
Rwork0.406 1648 -
obs--78.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る