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万見
- PDB-3sob: The structure of the first YWTD beta propeller domain of LRP6 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sob
タイトルThe structure of the first YWTD beta propeller domain of LRP6 in complex with a FAB
要素
  • Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
  • antibody heavy chain
  • antibody light chain
キーワードPROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / Beta propeller / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / cellular response to cholesterol / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / Wnt signalosome / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / neural crest cell differentiation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / Regulation of FZD by ubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein localization to plasma membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / Wnt signaling pathway / endocytosis / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / 6 Propeller / Neuraminidase / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, W. / Bourhis, E. / Tam, C. / Zhang, Y. / Rouge, L. / Wu, Y. / Franke, Y. / Cochran, A.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Wnt antagonists bind through a short peptide to the first beta-propeller domain of LRP5/6.
著者: Bourhis, E. / Wang, W. / Tam, C. / Hwang, J. / Zhang, Y. / Spittler, D. / Huang, O.W. / Gong, Y. / Estevez, A. / Zilberleyb, I. / Rouge, L. / Chiu, C. / Wu, Y. / Costa, M. / Hannoush, R.N. / ...著者: Bourhis, E. / Wang, W. / Tam, C. / Hwang, J. / Zhang, Y. / Spittler, D. / Huang, O.W. / Gong, Y. / Estevez, A. / Zilberleyb, I. / Rouge, L. / Chiu, C. / Wu, Y. / Costa, M. / Hannoush, R.N. / Franke, Y. / Cochran, A.G.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Refinement description
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: antibody light chain
B: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
H: antibody heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5224
ポリマ－88,4823
非ポリマー401
水8,755486
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.037, 83.363, 62.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 antibody light chain


分子量: 25823.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 35422.859 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 20-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75581
#3: 抗体 antibody heavy chain


分子量: 27235.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979464 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979464 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 10 / Num. obs: 57170 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.9-1.97157.9
1.97-2.05178
2.05-2.14197.1
2.14-2.25197.4
2.25-2.39197.4
2.39-2.58197.6
2.58-2.84198.1
2.84-3.25198.4
3.25-4.09198.7
4.09-30197.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.071 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2122 2878 5.04 %5 percent
Rwork0.1739 ---
obs0.1758 57126 91.58 %-
all-62378 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.104 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.8893 Å20 Å24.3676 Å2
2--24.9869 Å20 Å2
3----9.0975 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.071 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5700 0 1 486 6187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1867952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2482077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086882
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051021
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9380.3368710.27831421X-RAY DIFFRACTION51
1.938-1.97150.27321010.23861689X-RAY DIFFRACTION61
1.9715-2.00730.2721170.22871912X-RAY DIFFRACTION68
2.0073-2.04590.28141070.21022262X-RAY DIFFRACTION80
2.0459-2.08760.29411420.22862717X-RAY DIFFRACTION96
2.0876-2.1330.22841480.19992700X-RAY DIFFRACTION97
2.133-2.18260.26771410.19882759X-RAY DIFFRACTION97
2.1826-2.23720.25621370.18952731X-RAY DIFFRACTION97
2.2372-2.29770.26041510.19382713X-RAY DIFFRACTION97
2.2977-2.36520.2481490.18182742X-RAY DIFFRACTION98
2.3652-2.44150.22971480.1792760X-RAY DIFFRACTION98
2.4415-2.52880.20891520.18282764X-RAY DIFFRACTION98
2.5288-2.62990.22531260.1782756X-RAY DIFFRACTION98
2.6299-2.74950.23731380.17932804X-RAY DIFFRACTION98
2.7495-2.89440.23881650.17442727X-RAY DIFFRACTION98
2.8944-3.07550.22071460.17282780X-RAY DIFFRACTION98
3.0755-3.31270.18991470.16482794X-RAY DIFFRACTION99
3.3127-3.64550.19841520.16222764X-RAY DIFFRACTION99
3.6455-4.17170.18361350.15392843X-RAY DIFFRACTION99
4.1717-5.25080.16761480.13972801X-RAY DIFFRACTION98
5.2508-29.07440.1841570.18122809X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21290.0365-0.11710.11330.06880.27260.01410.13990.04740.01460.0230.0165-0.02380.1498-00.23810.01990.00030.2952-0.00150.258232.8163-0.1543-1.7781
20.2405-0.0263-0.16730.19060.12580.1318-0.0477-0.01570.02430.0271-0.11640.00020.0498-0.091800.28930.0270.02680.3618-0.02550.301139.0835-22.9712-29.5177
30.4392-0.1089-0.03540.17890.09780.083-0.02280.1857-0.02230.01470.0285-0.0025-0.0195-0.0094-0.00010.22720.00750.00360.277-0.01810.238611.7527-8.0212-1.6913
40.08160.03430.08430.14420.18850.1557-0.0185-0.204-0.24320.0847-0.15340.05250.21940.02970.00010.36650.0220.0550.50240.06880.369529.6155-30.3204-18.4573
50.6960.198-0.36470.52950.02250.70680.0547-0.01790.02730.0123-0.03130.024-0.02570.079100.2085-0.0175-0.00790.16450.00360.20339.791415.035726.9572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN L AND RESID 1:110 )L1 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN L AND RESID 111:213 )L111 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:114 )H1 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 115:214 )H115 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND ( RESID 20:324 OR RESID 336:515 ) )B20 - 324
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND ( RESID 20:324 OR RESID 336:515 ) )B336 - 515

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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