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- PDB-3soq: The structure of the first YWTD beta propeller domain of LRP6 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3soq
タイトルThe structure of the first YWTD beta propeller domain of LRP6 in complex with a DKK1 peptide
要素
  • Dickkopf-related protein 1
  • Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
キーワードPROTEIN BINDING/Antagonist / beta propeller / PROTEIN BINDING-Antagonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / Signaling by LRP5 mutants / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation ...negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / Signaling by LRP5 mutants / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / endoderm formation / motor learning / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / synapse pruning / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / endocardial cushion development / heart induction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / receptor antagonist activity / regulation of receptor internalization / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / co-receptor binding / low-density lipoprotein particle receptor activity / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / cellular response to cholesterol / heart valve development / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / negative regulation of presynapse assembly / Wnt signalosome / embryonic limb morphogenesis / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / limb development / negative regulation of ossification / face morphogenesis / neural crest cell differentiation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of Wnt signaling pathway / mesoderm formation / negative regulation of BMP signaling pathway / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / response to retinoic acid / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / forebrain development / coreceptor activity / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of cell cycle / negative regulation of protein binding / Regulation of FZD by ubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein localization to plasma membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / positive regulation of JNK cascade / growth factor activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / Wnt signaling pathway / endocytosis / nervous system development / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / learning or memory / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / : / : / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 ...: / : / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / : / : / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / 6 Propeller / Neuraminidase / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / Dickkopf-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, W. / Bourhis, E. / Zhang, Y. / Rouge, L. / Wu, Y. / Franke, Y. / Cochran, A.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Wnt antagonists bind through a short peptide to the first beta-propeller domain of LRP5/6.
著者: Bourhis, E. / Wang, W. / Tam, C. / Hwang, J. / Zhang, Y. / Spittler, D. / Huang, O.W. / Gong, Y. / Estevez, A. / Zilberleyb, I. / Rouge, L. / Chiu, C. / Wu, Y. / Costa, M. / Hannoush, R.N. / ...著者: Bourhis, E. / Wang, W. / Tam, C. / Hwang, J. / Zhang, Y. / Spittler, D. / Huang, O.W. / Gong, Y. / Estevez, A. / Zilberleyb, I. / Rouge, L. / Chiu, C. / Wu, Y. / Costa, M. / Hannoush, R.N. / Franke, Y. / Cochran, A.G.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
Z: Dickkopf-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9886
ポリマ－36,4712
非ポリマー5184
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.320, 46.976, 68.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-488-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AZ

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 35685.926 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75581
#2: タンパク質・ペプチド Dickkopf-related protein 1 / Dickkopf-1 / Dkk-1 / hDkk-1 / SK


分子量: 784.862 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38-44 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide D / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94907

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糖 , 2種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 268分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M potassium thiocyanate and 30% (w/v) PEG MME 2000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 26003 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→23.044 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 1273 5 %5 percent
Rwork0.177 ---
obs0.1792 25483 97.87 %-
all-26003 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.31 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8836 Å20 Å2-1.4179 Å2
2--1.7669 Å2-0 Å2
3---2.1167 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 31 266 2765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9253504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.589931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.97530.29731170.25372248X-RAY DIFFRACTION83
1.9753-2.06510.25631530.1952676X-RAY DIFFRACTION99
2.0651-2.17390.2221350.17462747X-RAY DIFFRACTION100
2.1739-2.310.23531230.17132744X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.48810.23181490.1782755X-RAY DIFFRACTION100
2.4881-2.73820.23571550.18292727X-RAY DIFFRACTION100
2.7382-3.13350.23381450.18412757X-RAY DIFFRACTION100
3.1335-3.94470.20491680.16732706X-RAY DIFFRACTION100
3.9447-23.04540.19811280.16752850X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.296 Å / Origin y: -0.7198 Å / Origin z: -16.6998 Å
111213212223313233
T0.1218 Å20.0203 Å2-0.0007 Å2-0.0952 Å2-0.0139 Å2--0.1121 Å2
L1.2441 °2-0.3821 °20.2664 °2-0.6375 °2-0.2375 °2--1.0585 °2
S0.0814 Å °0.0393 Å °-0.0647 Å °-0.0462 Å °-0.0202 Å °0.0696 Å °0.0391 Å °-0.016 Å °-0.0006 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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