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- PDB-3so4: Methionine-adenosyltransferase from Entamoeba histolytica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3so4
タイトルMethionine-adenosyltransferase from Entamoeba histolytica
要素Methionine-adenosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP / S-adenosylmethionine synthetase / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / S-adenosylmethionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Methionine-adenosyltransferase from Entamoeba histolytica
著者: Merritt, E.A. / Arakaki, T. / Zhang, L. / Napuli, A. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Zucker, F. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine-adenosyltransferase
B: Methionine-adenosyltransferase
C: Methionine-adenosyltransferase
D: Methionine-adenosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,9448
ポリマ－182,7084
非ポリマー2364
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13930 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area48720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.492, 113.161, 220.848
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Tetramer

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要素

#1: タンパク質
Methionine-adenosyltransferase / S-adenosylmethionine synthase


分子量: 45677.023 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 4-397 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: 103.m00148, EHI_174250 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4M272, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: protein buffer 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl; crystallization buffer 400 mM Ammonium Acetate, 100 mM BisTris pH 6.2, 33% PEG 3350, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→50 Å / Num. obs: 23472 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Χ2: 1.106 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.2-3.272.50.7169420.999156
3.27-3.362.80.76211171.009168.5
3.36-3.452.90.59212921.004177.2
3.45-3.553.10.57314801.088189
3.55-3.663.40.48816101.043195.3
3.66-3.793.70.3616241.097198.1
3.79-3.953.90.37716751.077199.8
3.95-4.134.10.30116821.1211100
4.13-4.344.10.24216621.0951100
4.34-4.614.10.16917051.151100
4.61-4.974.20.16417121.1381100
4.97-5.474.20.14416921.114199.9
5.47-6.264.20.15517161.111199.9
6.26-7.884.20.09917501.115199.7
7.88-5040.0418131.196197

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.18→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / WRfactor Rfree: 0.2386 / WRfactor Rwork: 0.1919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7982 / SU B: 75.438 / SU ML: 0.562 / SU R Cruickshank DPI: 0.5531 / SU Rfree: 0.6828 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.683 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2839 1189 5.1 %RANDOM
Rwork0.2278 ---
obs0.2306 23302 91.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.96 Å2 / Biso mean: 80.1164 Å2 / Biso min: 24.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20 Å20 Å2
2--2.19 Å20 Å2
3----3.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11478 0 16 4 11498
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02211714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.94315802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.349319159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.52251508
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022232
LS精密化 シェル解像度: 3.178→3.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 43 -
Rwork0.386 830 -
all-873 -
obs--48.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2946-0.0905-0.08361.83130.15790.80550.09260.04280.09830.1923-0.1031-0.27050.01390.05410.01050.2010.0002-0.03270.22780.07240.078825.614-5.751-12.21
20.88130.23420.28091.86510.09041.3115-0.00260.37910.2265-0.0891-0.02740.0881-0.09960.03720.030.18630.0570.05490.34210.1310.08069.2191.405-28.581
30.5568-0.0023-0.45131.99580.24391.682-0.24330.1325-0.29410.0589-0.13710.18490.3876-0.09410.38040.3467-0.01230.18530.2174-0.1310.20931.916-55.03-28.381
41.25050.4090.04922.38550.80371.5326-0.17680.3272-0.171-0.42840.0138-0.3890.1440.1150.1630.40970.05140.20180.4435-0.06680.168720.244-52.606-44.323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 397
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 397
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 397
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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