PDB-3sns: Crystal structure of the C-terminal domain of Escherichia coli li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sns

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of Escherichia coli lipoprotein BamC

要素

Lipoprotein 34

リポタンパク質

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / alpha/beta /

bacterial outer membrane protein assembly /

BAM complex proteins / E. coli outer membrane / lipid anchored outer membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane /

細胞膜 /

生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kim, K.H. / Aulakh, S. / Tan, W. / Paetzel, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallographic analysis of the C-terminal domain of the Escherichia coli lipoprotein BamC.
著者: Kim, K.H. / Aulakh, S. / Tan, W. / Paetzel, M.

履歴

登録	2011年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sns.cif.gz	65.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sns.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/3sns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/3sns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yh5S 2laf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x18-6 4dx9-25 7l61-d 7l66-d 6gpd-2 1mdv-2 2g43-2 1zx8-3 6y16-2 1fli-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein 34

ヘテロ分子

12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.850, 78.850, 52.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Lipoprotein 34 / リポタンパク質 / BamC 分子量: 12856.271 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 224-343) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2477, dapX, JW2462, nlpB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A903
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 6.5, 1.6 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98058 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月11日詳細: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98058 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→41.82 Å / Num. all: 19576 / Num. obs: 19576 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.034 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2877 / R_sym value: 0.176 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Mx	Data Collector	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YH5

2yh5

解像度: 1.5→41.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.54 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18321	999	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16085	-	-	-
obs	0.16195	18558	99.59 %	-
all	-	19576	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.966 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	901	0	2	99	1002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.596	1.954	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.204	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.535	26.222	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.433	15	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.57	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.021	734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.781	1.5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.673	2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.731	3	343
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.646	4.5	310

LS精密化シェル

解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	74	-
R_work	0.267	1390	-
obs	-	16027	99.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-1.8657	0.0333	-4.1981	1.5418	4.0249	13.1094	-0.0461	0.4621	-0.0257	0.1722	-0.2086	-0.0034	0.6986	-0.9882	0.2547	0.0558	-0.0676	0.0327	0.2825	-0.0462	0.1034	-25.6162	14.3598	8.8512
2	3.4649	2.8721	-5.3126	5.5359	-6.4944	17.4823	-0.0396	0.1189	0.2462	-0.1187	0.1322	0.3073	-0.082	-1.5622	-0.0926	0.0675	-0.0403	-0.0483	0.2572	-0.0574	0.0727	-23.3342	12.5182	-7.6333
3	2.4187	1.8115	0.2177	1.4714	-1.6698	6.1211	0.0436	-0.1277	0.2063	-0.1348	0.0432	0.1428	-0.0843	-0.6816	-0.0868	0.1668	-0.0198	-0.0276	0.1684	-0.0115	0.125	-20.7407	14.8055	-9.0495
4	0.4081	-0.2529	0.0616	1.6668	0.0823	1.1802	-0.0684	-0.043	-0.0211	0.0812	0.0582	0.0044	-0.0781	-0.1597	0.0101	0.0908	0.0145	0.0007	0.1074	0.0006	0.1061	-14.5651	19.1802	4.8988
5	2.5226	-1.6912	-3.1533	9.1058	1.0369	7.3289	-0.0853	-0.2532	-0.0615	0.2795	-0.0401	0.067	0.2842	-0.1641	0.1254	0.1412	-0.0033	-0.0127	0.0906	-0.0021	0.1483	-9.17	7.1171	6.613
6	0.9695	-2.1612	0.1637	7.5843	-1.5977	2.4718	-0.0484	0.0119	0.0257	0.1389	-0.0308	-0.2102	-0.1667	0.1435	0.0792	0.1077	-0.0155	-0.0188	0.0764	-0.0085	0.1422	-4.4306	20.1318	0.4903
7	0.5492	0.7518	0.003	5.026	-1.395	0.9441	-0.0085	-0.0912	-0.1083	0.148	0.0184	0.0388	0.1248	-0.0241	-0.0099	0.1253	0.0073	0.0205	0.0646	0.0045	0.1325	-9.2087	4.2777	2.3734
8	14.2325	-5.2323	10.1622	20.3431	0.1698	3.4935	-0.3619	-1.1461	-2.1074	1.3611	1.1332	2.1243	-0.4145	-0.5557	-0.7713	0.0657	0.0526	0.1993	0.1756	0.204	0.382	-18.7882	-2.5536	7.9672
9	8.6394	2.5662	0.2098	5.0864	-1.1024	-0.6153	-0.0023	0.0911	-0.2202	-0.2462	0.0919	0.0362	0.2094	-0.0318	-0.0897	0.1805	-0.0189	-0.0526	0.027	-0.0111	0.1118	-10.7181	-0.0816	-3.2456
10	4.037	-7.2654	2.3455	12.0833	-2.8203	3.4956	0.1589	0.1357	0.1234	-0.2624	-0.1945	-0.3862	0.2313	0.231	0.0356	0.1117	0.0112	0.0144	0.0873	0.006	0.1689	-7.198	11.5755	-5.2866
11	2.7101	-4.9792	-4.5384	8.478	2.1081	9.0831	0.2286	0.5532	-0.1618	-0.2833	-0.165	0.3962	-0.4422	-1.254	-0.0636	0.0912	0.0997	-0.0506	0.2111	-0.0265	0.0932	-21.3285	23.1426	-3.49
12	2.8625	-0.1603	0.6045	5.9713	-0.569	7.7032	0.0496	0.0791	-0.1537	-0.4152	0.0119	-0.5765	0.7242	0.4134	-0.0615	0.1454	0.0015	0.007	0.0884	-0.0199	0.1299	-9.9784	11.2083	-8.8904
13	20.7032	15.2396	-4.6626	15.6472	-2.0436	13.2804	-0.3243	0.7295	-0.2066	-0.9612	0.4929	0.1418	0.3547	-0.2924	-0.1686	0.235	-0.0233	-0.055	0.0549	-0.0184	0.0907	-14.3524	6.1108	-12.77
14	0.8641	-2.0171	0.1957	6.5865	7.1735	12.6649	0.459	-0.2202	-0.523	-0.6943	-0.4472	0.7021	0.3737	-0.6443	-0.0118	0.2498	-0.1567	-0.1993	0.0911	0.0387	0.1965	-19.7836	4.2062	-5.1423
15	2.0271	0.6392	2.6737	15.1334	5.1231	12.565	-0.0835	0.1065	-0.0613	0.4593	0.1369	0.6549	0.2266	-0.7247	-0.0534	0.0609	-0.0721	0.0023	0.133	0.0359	0.1353	-19.7358	8.8154	5.3316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	224 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	230 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	236 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	246 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	260 - 265
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	266 - 272
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	273 - 288
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	289 - 294
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	295 - 301
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	302 - 306
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	307 - 314
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	315 - 323
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	324 - 328
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	329 - 336
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	337 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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