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万見
- PDB-3sns: Crystal structure of the C-terminal domain of Escherichia coli li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sns
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of Escherichia coli lipoprotein BamC
要素Lipoprotein 34
キーワードPROTEIN TRANSPORT / alpha/beta / bacterial outer membrane protein assembly / BAM complex proteins / E. coli outer membrane / lipid anchored outer membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell surface / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamC / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / TATA-Binding Protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kim, K.H. / Aulakh, S. / Tan, W. / Paetzel, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallographic analysis of the C-terminal domain of the Escherichia coli lipoprotein BamC.
著者: Kim, K.H. / Aulakh, S. / Tan, W. / Paetzel, M.
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein 34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9273
ポリマ－12,8561
非ポリマー712
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.850, 78.850, 52.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein 34 / BamC


分子量: 12856.271 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 224-343) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2477, dapX, JW2462, nlpB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A903
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 6.5, 1.6 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98058 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月11日
詳細: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98058 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.82 Å / Num. all: 19576 / Num. obs: 19576 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2877 / Rsym value: 0.176 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxData Collectorデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YH5

2yh5


解像度: 1.5→41.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.54 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18321 999 5.1 %RANDOM
Rwork0.16085 ---
obs0.16195 18558 99.59 %-
all-19576 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数901 0 2 99 1002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5961.9541298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2045124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53526.22245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.43315158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.57154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.021734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7811.5607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6732980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7313343
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6464.5310
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 74 -
Rwork0.267 1390 -
obs-16027 99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-1.86570.0333-4.19811.54184.024913.1094-0.04610.4621-0.02570.1722-0.2086-0.00340.6986-0.98820.25470.0558-0.06760.03270.2825-0.04620.1034-25.616214.35988.8512
23.46492.8721-5.31265.5359-6.494417.4823-0.03960.11890.2462-0.11870.13220.3073-0.082-1.5622-0.09260.0675-0.0403-0.04830.2572-0.05740.0727-23.334212.5182-7.6333
32.41871.81150.21771.4714-1.66986.12110.0436-0.12770.2063-0.13480.04320.1428-0.0843-0.6816-0.08680.1668-0.0198-0.02760.1684-0.01150.125-20.740714.8055-9.0495
40.4081-0.25290.06161.66680.08231.1802-0.0684-0.043-0.02110.08120.05820.0044-0.0781-0.15970.01010.09080.01450.00070.10740.00060.1061-14.565119.18024.8988
52.5226-1.6912-3.15339.10581.03697.3289-0.0853-0.2532-0.06150.2795-0.04010.0670.2842-0.16410.12540.1412-0.0033-0.01270.0906-0.00210.1483-9.177.11716.613
60.9695-2.16120.16377.5843-1.59772.4718-0.04840.01190.02570.1389-0.0308-0.2102-0.16670.14350.07920.1077-0.0155-0.01880.0764-0.00850.1422-4.430620.13180.4903
70.54920.75180.0035.026-1.3950.9441-0.0085-0.0912-0.10830.1480.01840.03880.1248-0.0241-0.00990.12530.00730.02050.06460.00450.1325-9.20874.27772.3734
814.2325-5.232310.162220.34310.16983.4935-0.3619-1.1461-2.10741.36111.13322.1243-0.4145-0.5557-0.77130.06570.05260.19930.17560.2040.382-18.7882-2.55367.9672
98.63942.56620.20985.0864-1.1024-0.6153-0.00230.0911-0.2202-0.24620.09190.03620.2094-0.0318-0.08970.1805-0.0189-0.05260.027-0.01110.1118-10.7181-0.0816-3.2456
104.037-7.26542.345512.0833-2.82033.49560.15890.13570.1234-0.2624-0.1945-0.38620.23130.2310.03560.11170.01120.01440.08730.0060.1689-7.19811.5755-5.2866
112.7101-4.9792-4.53848.4782.10819.08310.22860.5532-0.1618-0.2833-0.1650.3962-0.4422-1.254-0.06360.09120.0997-0.05060.2111-0.02650.0932-21.328523.1426-3.49
122.8625-0.16030.60455.9713-0.5697.70320.04960.0791-0.1537-0.41520.0119-0.57650.72420.4134-0.06150.14540.00150.0070.0884-0.01990.1299-9.978411.2083-8.8904
1320.703215.2396-4.662615.6472-2.043613.2804-0.32430.7295-0.2066-0.96120.49290.14180.3547-0.2924-0.16860.235-0.0233-0.0550.0549-0.01840.0907-14.35246.1108-12.77
140.8641-2.01710.19576.58657.173512.66490.459-0.2202-0.523-0.6943-0.44720.70210.3737-0.6443-0.01180.2498-0.1567-0.19930.09110.03870.1965-19.78364.2062-5.1423
152.02710.63922.673715.13345.123112.565-0.08350.1065-0.06130.45930.13690.65490.2266-0.7247-0.05340.0609-0.07210.00230.1330.03590.1353-19.73588.81545.3316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A224 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2A230 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3A236 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4A246 - 259
5X-RAY DIFFRACTION5A260 - 265
6X-RAY DIFFRACTION6A266 - 272
7X-RAY DIFFRACTION7A273 - 288
8X-RAY DIFFRACTION8A289 - 294
9X-RAY DIFFRACTION9A295 - 301
10X-RAY DIFFRACTION10A302 - 306
11X-RAY DIFFRACTION11A307 - 314
12X-RAY DIFFRACTION12A315 - 323
13X-RAY DIFFRACTION13A324 - 328
14X-RAY DIFFRACTION14A329 - 336
15X-RAY DIFFRACTION15A337 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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