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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3snm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a lectin from Canavalia maritima seeds complexed with Indole-3-Acetic Acid | ||||||
![]() | Concanavalin-A | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Sugar binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Delatorre, P. / Silva-Filho, J.C. / Nobrega, R.B. / Rocha, B.C. / Cavada, B.S. / Gadelha, C.A.A. / Santi-Gadelha, T. / Alencar, K.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interactions between indole-3-acetic acid (IAA) with a lectin from Canavalia maritima seeds reveal a new function for lectins in plant physiology. 著者: Delatorre, P. / Silva-Filho, J.C. / Rocha, B.A. / Santi-Gadelha, T. / da Nobrega, R.B. / Gadelha, C.A. / do Nascimento, K.S. / Nagano, C.S. / Sampaio, A.H. / Cavada, B.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25494.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 64分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/IND.gif)
![](data/chem/img/IAC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/IND.gif)
![](data/chem/img/IAC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MN / |
#4: 化合物 | ChemComp-IND / |
#5: 化合物 | ChemComp-IAC / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Buffer Tris 0.1 M pH 8.5, PEG 4000 30%, lithium sulphate 0.2M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月10日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.433 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.15→24.36 Å / Num. all: 12629 / Num. obs: 11903 / % possible obs: 96.4843 % / Observed criterion σ(I): 4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.088 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→24.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.154→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
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