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- PDB-3snm: Crystal structure of a lectin from Canavalia maritima seeds compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3snm
タイトルCrystal structure of a lectin from Canavalia maritima seeds complexed with Indole-3-Acetic Acid
要素Concanavalin-A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Sugar binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia lineata (ハマナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Delatorre, P. / Silva-Filho, J.C. / Nobrega, R.B. / Rocha, B.C. / Cavada, B.S. / Gadelha, C.A.A. / Santi-Gadelha, T. / Alencar, K.L.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2013
タイトル: Interactions between indole-3-acetic acid (IAA) with a lectin from Canavalia maritima seeds reveal a new function for lectins in plant physiology.
著者: Delatorre, P. / Silva-Filho, J.C. / Rocha, B.A. / Santi-Gadelha, T. / da Nobrega, R.B. / Gadelha, C.A. / do Nascimento, K.S. / Nagano, C.S. / Sampaio, A.H. / Cavada, B.S.
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8825
ポリマ－25,4941
非ポリマー3874
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,52620
ポリマ－101,9774
非ポリマー1,54916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area9250 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area32700 Å2
手法PISA
3
A: Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,76310
ポリマ－50,9882
非ポリマー7758
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.190, 70.740, 97.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Concanavalin-A / Con A


分子量: 25494.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia lineata (ハマナタマメ) / 参照: UniProt: P81460

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非ポリマー , 5種, 64分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-IND / INDOLE / インド-ル


分子量: 117.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7N
#5: 化合物 ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸


分子量: 175.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2 / コメント: ホルモン*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Buffer Tris 0.1 M pH 8.5, PEG 4000 30%, lithium sulphate 0.2M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.433 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月10日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.433 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.941
11K, H, -L20.059
反射解像度: 2.15→24.36 Å / Num. all: 12629 / Num. obs: 11903 / % possible obs: 96.4843 % / Observed criterion σ(I): 4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0066精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→24.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 8.562 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22539 584 4.7 %RANDOM
Rwork0.20627 ---
obs0.20714 11903 96.48 %-
all-12629 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→24.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 24 60 1839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0221818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6541.9562476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9125229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84124.7374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.90815279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.852156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7161.51150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.65821861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0283668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4874.5615
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.65431818
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.084366
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.43131777
LS精密化 シェル解像度: 2.154→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 47 -
Rwork0.209 812 -
obs--91.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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