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- PDB-3sn5: Crystal structure of human CYP7A1 in complex with cholest-4-en-3-one -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sn5
タイトルCrystal structure of human CYP7A1 in complex with cholest-4-en-3-one
要素Cholesterol 7-alpha-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / cholesterol 7-alpha hydroxylase / CYP7A1 / cholest-4-en-3-one / bile acid biosynthesis / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol 7alpha-monooxygenase / 24-hydroxycholesterol 7alpha-hydroxylase / cholesterol 7-alpha-monooxygenase activity / 24S-hydroxycholesterol 7-alpha-hydroxylase activity / bile acid biosynthetic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / sterol metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of bile acid biosynthetic process / cellular response to cholesterol ...cholesterol 7alpha-monooxygenase / 24-hydroxycholesterol 7alpha-hydroxylase / cholesterol 7-alpha-monooxygenase activity / 24S-hydroxycholesterol 7-alpha-hydroxylase activity / bile acid biosynthetic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / sterol metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of bile acid biosynthetic process / cellular response to cholesterol / cholesterol catabolic process / bile acid and bile salt transport / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / cholesterol homeostasis / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / PPARA activates gene expression / response to ethanol / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cholesterol 7-alpha-monooxygenase / Cytochrome P450, cholesterol 7-alpha-monooxygenase-type / : / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily ...Cholesterol 7-alpha-monooxygenase / Cytochrome P450, cholesterol 7-alpha-monooxygenase-type / : / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (8ALPHA,9BETA)-CHOLEST-4-EN-3-ONE / Cytochrome P450 7A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Strushkevich, N. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human CYP7A1 in complex with cholest-4-en-3-one
著者: Strushkevich, N. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.
履歴
登録2011年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholesterol 7-alpha-monooxygenase
B: Cholesterol 7-alpha-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,96614
ポリマ－112,9642
非ポリマー2,00212
水64936
1
A: Cholesterol 7-alpha-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4837
ポリマ－56,4821
非ポリマー1,0016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cholesterol 7-alpha-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4837
ポリマ－56,4821
非ポリマー1,0016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.160, 137.630, 160.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cholesterol 7-alpha-monooxygenase / CYP7A1 / CYPVII / Cholesterol 7-alpha-hydroxylase / Cytochrome P450 7A1


分子量: 56481.836 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-503 / 変異: T104L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP7A1, CYP7 / プラスミド: pCW-LIC-29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P22680, EC: 1.14.13.17
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-K2B / (8ALPHA,9BETA)-CHOLEST-4-EN-3-ONE / コレスタ-4-エン-3-オン


分子量: 384.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 18% PEG550 MME, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 33172 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 67.448 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 14.24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.75-2.820.992.4181742435100
2.82-2.90.7862.9174382323100
2.9-2.980.5883.8171862297100
2.98-3.070.474.7166822224100
3.07-3.180.3725.8160852145100
3.18-3.290.2887.215792211599.9
3.29-3.410.2219.1150712008100
3.41-3.550.16111.8146001962100
3.55-3.710.12614.213931187399.9
3.71-3.890.09917.2131231764100
3.89-4.10.08719.612790172599.8
4.1-4.350.07123.2121571648100
4.35-4.650.06425.6111971524100
4.65-5.020.0626.5104591429100
5.02-5.50.0626.797081333100
5.5-6.150.06426.687171210100
6.15-7.10.05827.577101083100
7.1-8.70.05231.46380915100
8.7-12.30.04734.2496974299.9
12.30.04732.3251641790.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DAX

3dax


解像度: 2.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9453 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: Cholestenone restraints are based on PDB entry 2X5W and were optimized on the prodrg server. Solvent atoms were added based on peaks in the Fo-Fc map. Non-crystallographic symmetry in the ...詳細: Cholestenone restraints are based on PDB entry 2X5W and were optimized on the prodrg server. Solvent atoms were added based on peaks in the Fo-Fc map. Non-crystallographic symmetry in the peak positions was considered in the rejection and addition of some sites. Solvent atoms were not included in refinement and structure factor calculation. Some of the assigned water positions likely represent other molecule/atom/ion types. REFMAC, Phenix, coot, and the molprobity server were also used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2204 1775 5.36 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.1824 ---
obs0.1845 33114 --
原子変位パラメータBiso max: 213.76 Å2 / Biso mean: 77.1253 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.2742 Å20 Å20 Å2
2--2.9195 Å20 Å2
3----10.1937 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.386 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7215 0 150 36 7401
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2448SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes157HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1129HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7492HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion986SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8381SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7554HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10301HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.74
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.83 Å / Total num. of bins used: 17 /
Rfactor反射数
Rwork0.2229 2836
all0.2229 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6948-0.1511-0.17132.51231.51163.19840.07740.0631-0.20590.26050.1644-0.24690.22990.2599-0.2418-0.24360.0189-0.0785-0.166-0.1131-0.004519.8594-1.0888-22.1778
21.206-0.86810.16664.1852-0.83112.64960.16690.05590.1332-0.2518-0.09490.39080.021-0.043-0.072-0.24660.032-0.0649-0.2046-0.0168-0.0948-4.522135.1609-27.0853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A24 - 1429
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B25 - 1429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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