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万見
- PDB-3smr: Crystal structure of human WD repeat domain 5 with compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3smr
タイトルCrystal structure of human WD repeat domain 5 with compound
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSCRIPTION / WDR5 / SGC / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / WD repeat domain 5
機能・相同性
機能・相同性情報


MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NP7 / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Dong, A. / Dombrovski, L. / Wasney, G.A. / Tempel, W. / Senisterra, G. / Bolshan, Y. / Smil, D. / Nguyen, K.T. / Hajian, T. / Poda, G. ...Dong, A. / Dombrovski, L. / Wasney, G.A. / Tempel, W. / Senisterra, G. / Bolshan, Y. / Smil, D. / Nguyen, K.T. / Hajian, T. / Poda, G. / Al-Awar, R. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Vedadi, M. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2013
タイトル: Small-molecule inhibition of MLL activity by disruption of its interaction with WDR5.
著者: Senisterra, G. / Wu, H. / Allali-Hassani, A. / Wasney, G.A. / Barsyte-Lovejoy, D. / Dombrovski, L. / Dong, A. / Nguyen, K.T. / Smil, D. / Bolshan, Y. / Hajian, T. / He, H. / Seitova, A. / ...著者: Senisterra, G. / Wu, H. / Allali-Hassani, A. / Wasney, G.A. / Barsyte-Lovejoy, D. / Dombrovski, L. / Dong, A. / Nguyen, K.T. / Smil, D. / Bolshan, Y. / Hajian, T. / He, H. / Seitova, A. / Chau, I. / Li, F. / Poda, G. / Couture, J.F. / Brown, P.J. / Al-Awar, R. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Vedadi, M.
履歴
登録2011年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
C: WD repeat-containing protein 5
D: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,08663
ポリマ－137,1604
非ポリマー2,92759
水14,808822
1
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,16117
ポリマ－34,2901
非ポリマー87116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,03718
ポリマ－34,2901
非ポリマー74717
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,97513
ポリマ－34,2901
非ポリマー68512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,91315
ポリマ－34,2901
非ポリマー62314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.171, 93.467, 64.786
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-677-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34289.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E.coli BL21(DE3) V2RpRARE / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物
ChemComp-NP7 / 2-chloro-N-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-5-nitrophenyl]benzamide


分子量: 374.821 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19ClN4O3
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 32 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 822 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24% PEG3350,9.2M NH4 Acetate, 0.1 Bis Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月10日 / 詳細: VeriMax HR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 104206 / Num. obs: 104206 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique all: 5202 / Rsym value: 0.807 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O9K

2o9k


解像度: 1.82→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 6.578 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20612 1043 1 %RANDOM
Rwork0.17729 ---
all0.17757 104206 --
obs0.17759 103163 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2 Å20 Å21.52 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9233 0 228 822 10283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1341.9513280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84451233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.51925.122369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.264151555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2641514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.351.56101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.64529849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.98833675
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5674.53431
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.818→1.865 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 85 -
Rwork0.305 7383 -
obs--97.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5264-0.5685-0.38422.16870.3181.3033-0.0561-0.0475-0.03630.1235-0.01170.04950.0917-0.04560.06770.0278-0.00440.00010.0465-0.01640.0118123.576747.364533.0886
21.09610.0105-0.48271.3668-0.13831.1315-0.0182-0.0330.00780.0208-0.0375-0.05610.0651-0.00480.05570.0235-0.02340.00390.0394-0.01270.016120.63790.496932.5156
31.28840.08390.3341.9663-0.29030.83380.10920.07320.1580.1971-0.12370.1487-0.1250.07710.01450.0902-0.02270.0410.03960.00190.0349104.071123.671959.1255
40.9792-0.03170.30951.5245-0.12410.877-0.00380.1152-0.00990.1226-0.0350.0966-0.07680.11080.03880.0605-0.02940.03350.05660.00220.0368104.09669.85759.7434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 334
2X-RAY DIFFRACTION1A1000
3X-RAY DIFFRACTION1A500 - 692
4X-RAY DIFFRACTION2B31 - 334
5X-RAY DIFFRACTION2B1000
6X-RAY DIFFRACTION2B500 - 731
7X-RAY DIFFRACTION3C31 - 334
8X-RAY DIFFRACTION3C1000
9X-RAY DIFFRACTION3C500 - 709
10X-RAY DIFFRACTION4D31 - 334
11X-RAY DIFFRACTION4D1000
12X-RAY DIFFRACTION4D500 - 724

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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