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万見
- PDB-3sma: A new N-acetyltransferase fold in the structure and mechanism of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sma
タイトルA new N-acetyltransferase fold in the structure and mechanism of the phosphonate biosynthetic enzyme FrbF
要素FrbF
キーワードTRANSFERASE / N-acetyl transferase / acetyl CoA binding
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / antibiotic biosynthetic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / ACETYL COENZYME *A / CMP-5'-(N-hydroxy-3-aminopropyl)phosphonate acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces rubellomurinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bae, B. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: New N-Acetyltransferase Fold in the Structure and Mechanism of the Phosphonate Biosynthetic Enzyme FrbF.
著者: Bae, B. / Cobb, R.E. / Desieno, M.A. / Zhao, H. / Nair, S.K.
履歴
登録2011年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Database references
改定 1.22011年10月26日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FrbF
B: FrbF
C: FrbF
D: FrbF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,5848
ポリマ－126,3464
非ポリマー3,2384
水9,206511
1
A: FrbF
B: FrbF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7924
ポリマ－63,1732
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
2
C: FrbF
ヘテロ分子

D: FrbF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7924
ポリマ－63,1732
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.832, 35.692, 136.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.60, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
FrbF


分子量: 31586.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rubellomurinus (バクテリア)
遺伝子: frbF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0ZQ43
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1 Tris, 20%-25% peg 4000, 20% glycerol, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→45.34 Å / Num. all: 93253 / Num. obs: 74767 / Biso Wilson estimate: 26.44 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→45.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8846 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8466 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 3757 5.03 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.1954 74765 --
原子変位パラメータBiso mean: 35.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.177 Å20 Å2-0.1135 Å2
2---24.8038 Å20 Å2
3---19.6268 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.254 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8139 0 204 511 8854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018560HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1111679HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2797SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes211HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1294HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8560HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1045SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10033SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2974 284 5.41 %
Rwork0.2391 4965 -
all0.2423 5249 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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