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- PDB-3sls: Crystal Structure of human MEK-1 kinase in complex with UCB135377... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sls
タイトルCrystal Structure of human MEK-1 kinase in complex with UCB1353770 and AMPPNP
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Serine-threonine kinase / Signalling / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants / regulation of Golgi inheritance / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / protein kinase activator activity / endodermal cell differentiation / face development / MAPK3 (ERK1) activation / Bergmann glial cell differentiation / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / ERK1 and ERK2 cascade / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / myelination / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Signal transduction by L1 / cell motility / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / neuron differentiation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / chemotaxis / MAPK cascade / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / heart development / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / protein kinase activity / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-77D / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Meier, C. / Ceska, T.A.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Engineering human MEK-1 for structural studies: A case study of combinatorial domain hunting.
著者: Meier, C. / Brookings, D.C. / Ceska, T.A. / Doyle, C. / Gong, H. / McMillan, D. / Saville, G.P. / Mushtaq, A. / Knight, D. / Reich, S. / Pearl, L.H. / Powell, K.A. / Savva, R. / Allen, R.A.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Fused thiophene derivatives as MEK inhibitors.
著者: Laing, V.E. / Brookings, D.C. / Carbery, R.J. / Simorte, J.G. / Hutchings, M.C. / Langham, B.J. / Lowe, M.A. / Allen, R.A. / Fetterman, J.R. / Turner, J. / Meier, C. / Kennedy, J. / Merriman, M.
履歴
登録2011年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9608
ポリマ－67,7862
非ポリマー2,1746
水6,485360
1
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9804
ポリマ－33,8931
非ポリマー1,0873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9804
ポリマ－33,8931
非ポリマー1,0873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.502, 153.890, 48.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLUGLU5AA42 - 1021 - 61
21METMETGLUGLU5BB42 - 1021 - 61
12ALAALASERSER3AA106 - 21265 - 171
22ALAALASERSER3BB106 - 21265 - 171
13SERSERGLNGLN2AA228 - 236187 - 195
23SERSERGLNGLN2BB228 - 236187 - 195
14GLNGLNILEILE3AA243 - 263202 - 222
24GLNGLNILEILE3BB243 - 263202 - 222
15GLUGLUHOHHOH3AA - I310 - 376269
25GLUGLUHOHHOH3BB - J310 - 376269
16HOHHOHHOHHOH5AI377 - 382
26HOHHOHHOHHOH5BJ377 - 382

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MAP kinase kinase 1 / MAPKK 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 33893.227 Da / 分子数: 2 / 断片: MEK-1 F11 fragment / 変異: delta 264-307 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Human MEK-1 kinase, MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-77D / 2-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-5,5-dimethyl-8-oxo-N-[(3R)-piperidin-3-yl]-5,6,7,8-tetrahydro-4H-thieno[2,3-c]azepine-3-carboxamide


分子量: 556.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26FIN4O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% PEG-3350, 200mM Ammonium fluoride, 4% Glycerol, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→30.29 Å / Num. obs: 30851

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 8.965 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28654 1508 5.1 %RANDOM
Rwork0.20574 ---
obs0.20975 28304 99.26 %-
all-29851 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.581 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å20 Å21.48 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4526 0 126 360 5012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2872.0076439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6855587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28224.394198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.48715843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.51526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.23250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.090.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2920.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5731.52924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01824659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17732008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8234.51776
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
691tight positional0.040.05
283medium positional0.270.5
816loose positional0.65
691tight thermal0.080.5
283medium thermal0.392
816loose thermal0.8710
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 108 -
Rwork0.301 2055 -
obs--98.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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