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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3slp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Lambda Exonuclease in Complex with a 12 BP Symmetric DNA Duplex | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / Type II Restriction Endonuclease Fold / 5'-3' dsDNA exonuclease / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bell, C.E. / Zhang, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of {lambda} exonuclease in complex with DNA suggest an electrostatic ratchet mechanism for processivity. 著者: Zhang, J. / McCabe, K.A. / Bell, C.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 26222.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: exo, red-alpha, redX / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03697, exodeoxyribonuclease (lambda-induced) #2: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-非ポリマー , 4種, 499分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 22% PEG3350, 0.3 M sodium acetate, 0.1 M Tris, 5 mM calcium chloride, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月25日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→39.59 Å / Num. all: 32023 / Num. obs: 32023 / % possible obs: 87.12 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 77.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AVQ 解像度: 2.3→39.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 8.725 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.529 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.527 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
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