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- PDB-3slc: Crystal structure of apo form of acetate kinase (AckA) from Salmo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3slc
タイトルCrystal structure of apo form of acetate kinase (AckA) from Salmonella typhimurium
要素Acetate kinase
キーワードTRANSFERASE / Actin-like ATPase domain / ASKHA superfamily of phosphotransferase / Acetokinase / ATP binding / Phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


formate kinase activity / acetate kinase / propionate kinase activity / acetate kinase activity / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetate kinase AckA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chittori, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural and mechanistic investigations on Salmonella typhimurium acetate kinase (AckA): identification of a putative ligand binding pocket at the dimeric interface
著者: Chittori, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2011年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetate kinase
B: Acetate kinase
C: Acetate kinase
D: Acetate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,4738
ポリマ－180,2254
非ポリマー2484
水3,675204
1
A: Acetate kinase
B: Acetate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2995
ポリマ－90,1122
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area29660 Å2
手法PISA
2
C: Acetate kinase
D: Acetate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1753
ポリマ－90,1122
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)283.159, 62.168, 91.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Acetate kinase / Acetokinase


分子量: 45056.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: 12529 / 遺伝子: ackA / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P63411, acetate kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: under-oil microbatch / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 30%(w/v) PEG 4000, 0.2M Calcium Chloride, pH 7.5, UNDER-OIL MICROBATCH, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月5日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 43980 / Num. obs: 42614 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.138
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique all: 4322 / % possible all: 84.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IIR

2iir


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 36.705 / SU ML: 0.334 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28324 2151 5.1 %RANDOM
Rwork0.22082 ---
obs0.224 40430 96.54 %-
all-44122 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å2-0.19 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----0.67 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11736 0 16 204 11956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02111972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9771.9616223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.02451577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15724.367490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.382151936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4181557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1621.57797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.309212409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4334175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7564.53812
LS精密化 シェル解像度: 2.702→2.772 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 133 -
Rwork0.346 2379 -
obs--78.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.853-0.85440.36571.0145-0.22241.49540.07320.2317-0.0049-0.0883-0.0414-0.08120.12450.4411-0.03180.06690.0297-0.00050.1496-0.01440.0882-40.2311-4.243932.5785
21.5405-0.6798-0.15041.63-0.22640.86330.0490.3250.1334-0.1779-0.03840.235-0.1083-0.0989-0.01060.0812-0.0017-0.02750.08070.0440.1696-68.875621.239725.4179
31.82480.35770.49881.0382-0.01332.3364-0.117-0.1710.3181-0.02530.0760.2965-0.6218-0.99170.0410.25760.26020.02790.6610.03730.16784.93950.263524.3481
40.765-0.17760.03330.27840.13653.33450.01540.186-0.0211-0.08380.0645-0.09530.3663-0.048-0.07990.1359-0.05390.0050.0981-0.04430.104733.7362-20.598512.8934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 400
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 400
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 400
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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